發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：北京
-
-
生信 | 基因組組裝實(shí)戰(zhàn)（四）：組裝軟件mecat2、flye、wtdbg2、Canu、Falcon寫在前面 以下內(nèi)容均來自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培訓(xùn)班上記錄的課堂筆記 1.基因組概念 基因組應(yīng)該指單...
-
超幾何分布檢驗(yàn)（hypergeometric test）以及R中實(shí)現(xiàn)超幾何分布檢驗(yàn)常用來對(duì)venn圖兩個(gè)圈overlap的顯著性進(jìn)行檢驗(yàn)設(shè)總共有29個(gè)人，其中11個(gè)吸煙者，18個(gè)非吸煙者，現(xiàn)從中隨機(jī)抽取16個(gè)樣本（在此實(shí)驗(yàn)中對(duì)應(yīng)著肺癌病人），...
-
我不清楚是否有其他的方法，從邏輯上講，想知道污染reads的物種，就必須知道其他物種的reference
BLAST結(jié)果可視化
老板就是上帝 上帝說要有光，于是就有了光 導(dǎo)師說要有可視化結(jié)果，于是我努力把結(jié)果可視化~ 前情提示 為了知道測(cè)序reads中污染物的來源，我們之前學(xué)習(xí)使用了blast，甚至為...
-
轉(zhuǎn)錄組時(shí)間序列數(shù)據(jù)處理針對(duì)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，平時(shí)分析中最常見兩組之間的比較，比如不同處理或者不同突變體。面對(duì)這樣的數(shù)據(jù)用用 DESeq2 或者 edgeR 基本就差不多。如果樣本量或者不同條件很多的話可...
-
鏈特異性建庫如何區(qū)分正負(fù)鏈？
寫在前面的廢話 經(jīng)過這兩周意外的斷更，我明白了一個(gè)道理，人都是具有慣性的…… 兩周沒寫公眾號(hào)，我似乎都習(xí)慣了懶惰，文章不想更了，筆記也懶得記了。 但是我沒忍住雙十一的誘惑，一...
-
normalized signal
你考慮過computeMatrix的工作原理么?
寫在前面的話 你既然點(diǎn)進(jìn)來了，說明你多半用過這個(gè)軟件。但我猜，大多數(shù)人早期使用這個(gè)軟件的時(shí)候，一定是趕鴨子上架：因?yàn)橐媹D，所以必須會(huì)。 但你真的懂了么？ 太長不看系列 對(duì)于...
-
@05466c253c6d bedgraph文件的第四列
鏈特異性建庫如何區(qū)分正負(fù)鏈？
寫在前面的廢話 經(jīng)過這兩周意外的斷更，我明白了一個(gè)道理，人都是具有慣性的…… 兩周沒寫公眾號(hào)，我似乎都習(xí)慣了懶惰，文章不想更了，筆記也懶得記了。 但是我沒忍住雙十一的誘惑，一...
-
非鏈特異的不需要這么麻煩
鏈特異性建庫如何區(qū)分正負(fù)鏈？
寫在前面的廢話 經(jīng)過這兩周意外的斷更，我明白了一個(gè)道理，人都是具有慣性的…… 兩周沒寫公眾號(hào)，我似乎都習(xí)慣了懶惰，文章不想更了，筆記也懶得記了。 但是我沒忍住雙十一的誘惑，一...
-
應(yīng)該不會(huì)存在吧，你是從什么文件里看到這么寫的呢
DNA鏈方向上的小疑惑
雖然是做生物信息的，但是經(jīng)常被一些基礎(chǔ)性概念所困擾……而我又是一個(gè)強(qiáng)迫癥，于是把這些亂七八糟的東西整理了一下，強(qiáng)行寫了一篇小文章。東西太雜，但是彼此相關(guān)，實(shí)在想不到什么合適的...
-
基因組共線性工具M(jìn)CScanX使用說明MCScanX是檢測(cè)基因共線性和進(jìn)化分析的常用工具之一，2012發(fā)表至今引用數(shù)200+，作者之一的唐海寶老師是國內(nèi)植物基因組學(xué)生信分析、軟件開發(fā)領(lǐng)域的大拿，在學(xué)習(xí)使用MCSc...
-
學(xué)會(huì)正確選擇多序列比對(duì)（coding-sequences）軟件前幾天，實(shí)驗(yàn)室的師弟師妹通過本地blast獲取一些沒有基因組注釋物種的蛋白編碼序列。原本以為可以快速地進(jìn)行下一步的選擇壓力分析，沒想到卻在多序列比對(duì)這一環(huán)節(jié)出現(xiàn)了棘手的問題。...
-
MUMMER 兩個(gè)基因組間比較MUMmer出現(xiàn)的歷史背景測(cè)序技術(shù)剛開始發(fā)展的時(shí)候，大家得到的序列都是單個(gè)基因的長度，所以一般都是逐個(gè)基因的比較，用的都是BLAST或FASTA通過逐個(gè)基因聯(lián)配的方式搜索數(shù)據(jù)...
-
生信筆記5-GWAS與eQTL引言 GWAS與eQTL都是用于研究基因位點(diǎn)與表型之間關(guān)系的手段，彼此之間存在很多的區(qū)別與聯(lián)系。 GWAS 全基因組關(guān)聯(lián)分析（Genome Wide Association ...
-
linux系統(tǒng)的進(jìn)程優(yōu)先等級(jí)調(diào)整1.如何讓查看linux系統(tǒng)上各程序的優(yōu)先級(jí) 命令如下： ps -efl 下面這2行是優(yōu)先等級(jí) top top命令輸出中PR值和NI值有什么不同 NI 是優(yōu)先值，是用戶層面...
-
@李華_cc56 把score調(diào)整一下正負(fù)
鏈特異性建庫如何區(qū)分正負(fù)鏈？
寫在前面的廢話 經(jīng)過這兩周意外的斷更，我明白了一個(gè)道理，人都是具有慣性的…… 兩周沒寫公眾號(hào)，我似乎都習(xí)慣了懶惰，文章不想更了，筆記也懶得記了。 但是我沒忍住雙十一的誘惑，一...
-
RIdeogram：染色體數(shù)據(jù)可視化的R包已有的工具如circos, 只能繪制彎的染色體，又如R包c(diǎn)hromoMap，IdeoViz，karyploteR，ggbio和在線工具Idiographica，雖然能繪制直的...
-
主成分分析-PCA圖的優(yōu)化（R語言）
R語言的主成分分析（PCA）詳解和帶聚類的PCA圖繪制 最近有個(gè)老師在整理文章數(shù)據(jù)，由于分組較多，想展示PCA圖，說明不同分組的差異，公司默認(rèn)給出的PCA圖比較樸素，想做的好...
-
@Kernel_real 應(yīng)該能找到，只是很久沒更新專業(yè)知識(shí)了而已。
從spike-in矯正到DESeq2的原理
寫在前面的廢話 最近在處理一批RNA-seq的數(shù)據(jù)，里面混入了spike-in。利用spike-in矯正之后，樣本A的基因表達(dá)量普遍比樣本B的基因表達(dá)量高3-5倍，這和我所熟...
