什么是組間差異檢驗？就是組間的差異分析以及顯著性檢驗，應(yīng)用統(tǒng)計學(xué)上的假設(shè)檢驗方法，檢驗組間是否有差異及其差異程度。坦率地講，所有的差異檢驗都基于一個假設(shè)：組間沒有差異，變量之...
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組間差異檢驗，終于有人講清楚了! -
binmap-123原網(wǎng)址：1）http://www.jintiankansha.me/t/etiz287dU8 2）http://www.jintiankansha.me/t/i81Con4f...
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R數(shù)據(jù)分析：用lme4包擬合線性和非線性混合效應(yīng)模型
快一個月沒更新文章啦，今天收到好幾個粉絲的催更私信，好的吧，實在對不住大家期待的眼神，看樣子不能再拖啦，想想寫啥好呢，大家咨詢比較多的，混合模型算一個，今天就繼續(xù)給大家寫寫混...
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R中將漢字轉(zhuǎn)為拼音
今天給朋友處理數(shù)據(jù)，性狀等用漢字。分析時漢字總有各種問題，所以需要轉(zhuǎn)成字母/數(shù)字。量大時手動轉(zhuǎn)換耗時費力，用程序轉(zhuǎn)換勢在必行。檢索到有R包pinyin[https://cra...
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2020-05-10 dplyr包中的distinct()函數(shù)
dplyr包中distinct()函數(shù)與base包中的unique()函數(shù)比較類似，不同的是unique()是一個泛型函數(shù)，可以針對向量、矩陣、數(shù)組、數(shù)據(jù)框甚至列表這五種數(shù)據(jù)...
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GATK - Read groups
運行GATK時，報錯：java.lang.IllegalArgumentException: samples cannot be empty這個問題在GATK Forum有...
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GATK4.1 call SNP
GATK4.0 和之前的版本相比還是有較大的不同，更加趨于流程化。 軟件安裝 點擊此處 查看最新版本 GATK 簡單說明 GATK分析簡要流程 所需數(shù)據(jù) ref.fa rea...
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2022-03-10使用fastp進行數(shù)據(jù)過濾的參數(shù)說明fastp是啥？ 它是一個針對FsastQ文件的數(shù)據(jù)過濾軟件，“快”所以取名有fast，這個軟件是用C++語言寫的，支持多線程。就是rawdata到cleandata的過程需...
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FastQC的基本介紹FastQC的基本介紹: FastQC是一款基于Java的軟件，它可以快速地對測序數(shù)據(jù)進行質(zhì)量評估，其官網(wǎng)為：http://www.bioinformatics.babrah...
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卡方檢驗分子標(biāo)記是否符合孟德爾遺傳定律
在做遺傳學(xué)時，難免會檢驗分離群體是否符合孟德爾遺傳定律，比如3:1，1:1，1:2:1等。一般都會用卡方檢驗，大學(xué)時期的所學(xué)內(nèi)容，但是后面逐漸忘記。。。。。 卡方(Chi-s...
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GWAS 數(shù)據(jù)格式說明全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）大家都不陌生，今天我們給大家介紹下各種格式之間轉(zhuǎn)化在R語言是怎么實現(xiàn)的。首先我們來看下GWAS都有哪些數(shù)據(jù)格式： 1. HapMap格式，這也是當(dāng)...
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轉(zhuǎn)變Genotype數(shù)據(jù)格式（Hapmap，Plink ，VCF ，Haplotype， Numeric ， BLUPF90 格式的相互轉(zhuǎn)化）主要使用blupADC[https://qsmei.netlify.app/zh/post/2021-04-21-r-package-rblupadc-overview/ov...
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方差分析（ANOVA)原理及其實現(xiàn)
諸如t-test, one-way anova, two-way anova等統(tǒng)計學(xué)差異顯著性分析在生物實驗中非常常見。這些分析手段的計算公式對于搞生物的人來說還是比較復(fù)雜的...
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GWAS理論 1-3 群體結(jié)構(gòu)與親緣關(guān)系評估一. 群體結(jié)構(gòu)評估 1.群體結(jié)構(gòu) 群體結(jié)構(gòu)評估內(nèi)容構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹群體結(jié)構(gòu)分析PCA（主成分分析） a.系統(tǒng)發(fā)育樹 一般 GWAS 都是種間的，用 NJ 法就可以，maga 就...
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samtools的安裝和使用--------------- Nickier 2018-12-21 --------------- samtools是一個用于操作sam和bam文件的工具合集。能夠?qū)崿F(xiàn)二進...
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R---plot()參數(shù)詳解plot是R中的基本畫圖工具，直接plot(x)，x為一個數(shù)據(jù)集，就能畫出圖。細節(jié)往往制勝的關(guān)鍵，所以就詳細來看下plot的所有可設(shè)置參數(shù)及參數(shù)設(shè)置方法。 下面講到的圖形參數(shù)...
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R語言ggplot2畫圖展示多變量兩兩之間相關(guān)系數(shù)今天的推文介紹一下下圖的實現(xiàn)方法 用到的數(shù)據(jù)集是小麥種子的數(shù)據(jù)集，實驗室測量了3個品種的小麥種子7個指標(biāo)，探究是否可以根據(jù)這些指標(biāo)來區(qū)分小麥種子的品種，這7個指標(biāo)分別是 A ...
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