5145
·
時隔2年，我竟然又來搜索這個問題，并且解決了之后才發(fā)現(xiàn)，這個原來是我自己的帖子。。。。
IP屬地：江西
-
生信技能樹：https://vip.biotrainee.com/ Openbiox： https://community.openbiox.org/ 公眾號：優(yōu)雅R 生物數(shù)據(jù)分析QA，技術(shù)文檔與博客，需要你的參與。 ……………………………… 歡迎在簡書創(chuàng)作和做筆記的生信學習者、愛好者以及相關(guān)編程人員加入本專題，貢獻你的文字，無論是原創(chuàng)還是筆記，我們需要你，將本專題打造為生信知識寶庫、交流平臺。 內(nèi)容可以是對生物信息學與算法知識相關(guān)資源的收集、整理，以及原創(chuàng)筆記： * R * Python * Perl * Linux 工具與編程 * 繪圖 * 統(tǒng)計 * 計算生物學 * 各類算法 * 機器學習
-
@臨窗聽風雨 您好，很感謝您回復我，我的時間是包括了msa比對的，另外我想問您一個問題，和之前有讀者問您的很像，cuda out of memory，batch_size是默認的1,報錯是RuntimeError: CUDA out of memory. Tried to allocate 7.86 GiB (GPU 0; 23.70 GiB total capacity; 12.40 GiB already allocated; 491.69 MiB free; 21.51 GiB reserved in total by PyTorch)，測試蛋白是沒問題的，試過改windows和shift大小，換行去掉，還是不行，于是我換了新機器，40GB的A100，只是改了機器，其他啥也沒變，但是還是報錯，RuntimeError: CUDA out of memory. Tried to allocate 22.08 GiB (GPU 0; 39.59 GiB total capacity; 15.49 GiB already allocated; 18.31 GiB free; 19.38 GiB reserved in total by PyTorch)，我實在搞不明白為什么輸入沒變需要的顯存還變大了，請問您有什么建議嗎，我自己的想法是我的輸入序列太長了（1283個氨基酸，當我刪減到900多個的時候就能跑出來），但是我覺得我用的都是實驗室的服務器，可以說配置很好，不至于1200就跑不出來吧
RoseTTAFold-蛋白質(zhì)預測的“平凡之路”
在個人筆記本win10自帶子linux系統(tǒng)下，運行基于CPU運算的RoseTTAFold 避開uniref30、BFD這兩個超大數(shù)據(jù)包的下載及解壓 提供便捷的pyRosett...
-
@臨窗聽風雨 您好，我有些問題想請教您，關(guān)于rosettafold的速度，我在很多報道中（比如這篇https://blog.csdn.net/hs6605015/article/details/119062777）看到稱，RoseTTAFold只需要一塊RTX2080顯卡，就能在10分鐘左右計算出400個氨基酸殘基以內(nèi)的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)。然而我使用24GB的RTX3090，卻要花費50分鐘完成example下pyrosetta版本的運行，我想知道關(guān)于速度您有什么建議給我嗎，我需要提高速度達到報道的那個量級，（試著改了您說的network/predict_pyRosetta.py，但是貌似沒有很大的用）
RoseTTAFold-蛋白質(zhì)預測的“平凡之路”
在個人筆記本win10自帶子linux系統(tǒng)下，運行基于CPU運算的RoseTTAFold 避開uniref30、BFD這兩個超大數(shù)據(jù)包的下載及解壓 提供便捷的pyRosett...
