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時(shí)隔2年，我竟然又來(lái)搜索這個(gè)問(wèn)題，并且解決了之后才發(fā)現(xiàn)，這個(gè)原來(lái)是我自己的帖子。。。。
IP屬地：江西
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生信技能樹(shù)：https://vip.biotrainee.com/ Openbiox： https://community.openbiox.org/ 公眾號(hào)：優(yōu)雅R 生物數(shù)據(jù)分析QA，技術(shù)文檔與博客，需要你的參與。 ……………………………… 歡迎在簡(jiǎn)書(shū)創(chuàng)作和做筆記的生信學(xué)習(xí)者、愛(ài)好者以及相關(guān)編程人員加入本專題，貢獻(xiàn)你的文字，無(wú)論是原創(chuàng)還是筆記，我們需要你，將本專題打造為生信知識(shí)寶庫(kù)、交流平臺(tái)。 內(nèi)容可以是對(duì)生物信息學(xué)與算法知識(shí)相關(guān)資源的收集、整理，以及原創(chuàng)筆記： * R * Python * Perl * Linux 工具與編程 * 繪圖 * 統(tǒng)計(jì) * 計(jì)算生物學(xué) * 各類算法 * 機(jī)器學(xué)習(xí)
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蛋白質(zhì)工程
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@臨窗聽(tīng)風(fēng)雨 您好，很感謝您回復(fù)我，我的時(shí)間是包括了msa比對(duì)的，另外我想問(wèn)您一個(gè)問(wèn)題，和之前有讀者問(wèn)您的很像，cuda out of memory，batch_size是默認(rèn)的1,報(bào)錯(cuò)是RuntimeError: CUDA out of memory. Tried to allocate 7.86 GiB (GPU 0; 23.70 GiB total capacity; 12.40 GiB already allocated; 491.69 MiB free; 21.51 GiB reserved in total by PyTorch)，測(cè)試蛋白是沒(méi)問(wèn)題的，試過(guò)改windows和shift大小，換行去掉，還是不行，于是我換了新機(jī)器，40GB的A100，只是改了機(jī)器，其他啥也沒(méi)變，但是還是報(bào)錯(cuò)，RuntimeError: CUDA out of memory. Tried to allocate 22.08 GiB (GPU 0; 39.59 GiB total capacity; 15.49 GiB already allocated; 18.31 GiB free; 19.38 GiB reserved in total by PyTorch)，我實(shí)在搞不明白為什么輸入沒(méi)變需要的顯存還變大了，請(qǐng)問(wèn)您有什么建議嗎，我自己的想法是我的輸入序列太長(zhǎng)了（1283個(gè)氨基酸，當(dāng)我刪減到900多個(gè)的時(shí)候就能跑出來(lái)），但是我覺(jué)得我用的都是實(shí)驗(yàn)室的服務(wù)器，可以說(shuō)配置很好，不至于1200就跑不出來(lái)吧
RoseTTAFold-蛋白質(zhì)預(yù)測(cè)的“平凡之路”
在個(gè)人筆記本win10自帶子linux系統(tǒng)下，運(yùn)行基于CPU運(yùn)算的RoseTTAFold 避開(kāi)uniref30、BFD這兩個(gè)超大數(shù)據(jù)包的下載及解壓 提供便捷的pyRosett...
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@臨窗聽(tīng)風(fēng)雨 您好，我有些問(wèn)題想請(qǐng)教您，關(guān)于rosettafold的速度，我在很多報(bào)道中（比如這篇https://blog.csdn.net/hs6605015/article/details/119062777）看到稱，RoseTTAFold只需要一塊RTX2080顯卡，就能在10分鐘左右計(jì)算出400個(gè)氨基酸殘基以內(nèi)的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)。然而我使用24GB的RTX3090，卻要花費(fèi)50分鐘完成example下pyrosetta版本的運(yùn)行，我想知道關(guān)于速度您有什么建議給我嗎，我需要提高速度達(dá)到報(bào)道的那個(gè)量級(jí)，（試著改了您說(shuō)的network/predict_pyRosetta.py，但是貌似沒(méi)有很大的用）
RoseTTAFold-蛋白質(zhì)預(yù)測(cè)的“平凡之路”
在個(gè)人筆記本win10自帶子linux系統(tǒng)下，運(yùn)行基于CPU運(yùn)算的RoseTTAFold 避開(kāi)uniref30、BFD這兩個(gè)超大數(shù)據(jù)包的下載及解壓 提供便捷的pyRosett...
