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在下一篇中Two-QTL scans，講到了疏松的網(wǎng)格（step=2）。我去查查什么是“疏松的網(wǎng)格”。謝謝博主的分享呀！??！
1.QTL定位：Rqtl—— Single-QTL analysis
R/qtl是一個(gè)可擴(kuò)展的、交互的、用于QTL定位的R包，集數(shù)據(jù)分析和繪圖于一體。特點(diǎn)是使復(fù)雜的QTL定位方法被廣泛使用，使用戶專注于建模而不是計(jì)算。 官網(wǎng)：https://r...
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哈嘍哈嘍，博主好！我又又到問(wèn)題了，請(qǐng)問(wèn)帖子中的：“5. Single-QTL analysis
首先，利用calc.genoprob函數(shù)計(jì)算基因型的概率，step參數(shù)設(shè)置步長(zhǎng)，單位是cM，步長(zhǎng)確定了后期QTL定位的密度?！边@里的步長(zhǎng)是如何確定為2的呀？我看到一些文章中用的0。1.QTL定位：Rqtl—— Single-QTL analysis
R/qtl是一個(gè)可擴(kuò)展的、交互的、用于QTL定位的R包，集數(shù)據(jù)分析和繪圖于一體。特點(diǎn)是使復(fù)雜的QTL定位方法被廣泛使用，使用戶專注于建模而不是計(jì)算。 官網(wǎng)：https://r...
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1.QTL定位：Rqtl—— Single-QTL analysisR/qtl是一個(gè)可擴(kuò)展的、交互的、用于QTL定位的R包，集數(shù)據(jù)分析和繪圖于一體。特點(diǎn)是使復(fù)雜的QTL定位方法被廣泛使用，使用戶專注于建模而不是計(jì)算。 官網(wǎng)：https://r...
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@Wei_Sun 感謝解惑，謝謝??????
9.5 GWAS顯著SNP篩選及曼哈頓圖繪制
在R中進(jìn)行整理，pmap格式在下面帖子中有詳細(xì)介紹。第一列為SNP的ID，第二列為chr，第三列為SNP的位置，第四列開(kāi)始為每個(gè)性狀的SNP的P值。9.3 GWAS：關(guān)聯(lián)分析...
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感謝分享優(yōu)質(zhì)教程，這里我有一個(gè)疑問(wèn)。關(guān)于閾值確定上”> threshold <- 1/292493“，請(qǐng)問(wèn)這里為什么是用1除以有效位點(diǎn)數(shù)目，而不是用0.01或者0.05呀？感謝回復(fù)。
9.5 GWAS顯著SNP篩選及曼哈頓圖繪制
在R中進(jìn)行整理，pmap格式在下面帖子中有詳細(xì)介紹。第一列為SNP的ID，第二列為chr，第三列為SNP的位置，第四列開(kāi)始為每個(gè)性狀的SNP的P值。9.3 GWAS：關(guān)聯(lián)分析...
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9.5 GWAS顯著SNP篩選及曼哈頓圖繪制在R中進(jìn)行整理，pmap格式在下面帖子中有詳細(xì)介紹。第一列為SNP的ID，第二列為chr，第三列為SNP的位置，第四列開(kāi)始為每個(gè)性狀的SNP的P值。9.3 GWAS：關(guān)聯(lián)分析...
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我解決了這個(gè)問(wèn)題
GWAS分析-說(shuō)人話（20）-單倍體關(guān)聯(lián)分析
前言 來(lái)到這里，已經(jīng)漸漸不是人話了... 估計(jì)這輩子我也沒(méi)有想到，我把我最厭惡的東西寫(xiě)出來(lái)， 居然是最多人看的...... 分析方法很多，這一小節(jié)吐槽官網(wǎng)的這一行代碼，大神請(qǐng)...
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請(qǐng)問(wèn)您解決這個(gè)問(wèn)題了嗎？我的結(jié)果也是NA
GWAS分析-說(shuō)人話（20）-單倍體關(guān)聯(lián)分析
前言 來(lái)到這里，已經(jīng)漸漸不是人話了... 估計(jì)這輩子我也沒(méi)有想到，我把我最厭惡的東西寫(xiě)出來(lái)， 居然是最多人看的...... 分析方法很多，這一小節(jié)吐槽官網(wǎng)的這一行代碼，大神請(qǐng)...
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CMplot報(bào)錯(cuò)missing value where TRUE/FALSE needed今天在使用CMplot畫(huà)曼哈頓圖時(shí)遇到一個(gè)bug：Error in if (sum(pvalueT <= 0) != 0 || sum(pvalueT > 1) != 0) ...
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@Wei_Sun 謝謝作者大大
7.1 GWAS：系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)——MEGA
系統(tǒng)發(fā)育樹(shù) 系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)是表明被認(rèn)為具有共同祖先的各物種/材料之間的演化關(guān)系樹(shù)形圖，用來(lái)描述物種（或材料、序列等）之間的分類和演化關(guān)系，是反映群體結(jié)構(gòu)最經(jīng)典、直觀、有效的方法；...
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感謝作者大大分享！我有一些疑問(wèn)，我們做群體結(jié)構(gòu)分析（構(gòu)建進(jìn)行樹(shù)，主成分分析和祖先成分分析）之前的數(shù)據(jù)過(guò)濾是不是要進(jìn)行LD過(guò)濾呀？如果要進(jìn)行LD過(guò)濾的話參數(shù)要咋設(shè)置呀？
7.1 GWAS：系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)——MEGA
系統(tǒng)發(fā)育樹(shù) 系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)是表明被認(rèn)為具有共同祖先的各物種/材料之間的演化關(guān)系樹(shù)形圖，用來(lái)描述物種（或材料、序列等）之間的分類和演化關(guān)系，是反映群體結(jié)構(gòu)最經(jīng)典、直觀、有效的方法；...
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@BestDNA 請(qǐng)問(wèn)構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)是不是也要進(jìn)行LD過(guò)濾呀，過(guò)濾參數(shù)該如何設(shè)置呀？
2021.11.19 | 群體遺傳結(jié)構(gòu)、PCA、進(jìn)化樹(shù)
常見(jiàn)的群體結(jié)構(gòu)的分析方法有admixture分析、系統(tǒng)發(fā)生數(shù)分析以及主成分分析等。 1、admixture分析 1）R語(yǔ)言繪圖 admixture的可視化分為兩種 2）pon...
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您好！感謝分享，請(qǐng)問(wèn)您的標(biāo)記數(shù)目為什么只有96個(gè)，是如何挑選的呀？我用snp來(lái)做的標(biāo)記有6萬(wàn)多。運(yùn)行一直報(bào)錯(cuò)。
MSTmap：遺傳圖譜分析軟件
一、MSTmap軟件介紹 MSTmap有網(wǎng)頁(yè)版、Linux版兩個(gè)版本： 在線網(wǎng)頁(yè)版本：http://www.mstmap.org/ Linux版本：http://www.ms...
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@Wei_Sun 請(qǐng)問(wèn)標(biāo)記在連鎖群上的位置這一列信息如何獲得呀？
1.QTL定位：Rqtl—— Single-QTL analysis
R/qtl是一個(gè)可擴(kuò)展的、交互的、用于QTL定位的R包，集數(shù)據(jù)分析和繪圖于一體。特點(diǎn)是使復(fù)雜的QTL定位方法被廣泛使用，使用戶專注于建模而不是計(jì)算。 官網(wǎng)：https://r...
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@Wei_Sun 好的，感謝大佬??
1.QTL定位：Rqtl—— Single-QTL analysis
R/qtl是一個(gè)可擴(kuò)展的、交互的、用于QTL定位的R包，集數(shù)據(jù)分析和繪圖于一體。特點(diǎn)是使復(fù)雜的QTL定位方法被廣泛使用，使用戶專注于建模而不是計(jì)算。 官網(wǎng)：https://r...
