發(fā)簡信
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QTL上位性分析：QTLNetwork2.0官網(wǎng)：http://ibi.zju.edu.cn/index.html/BCL/software/qtlnetwork/download.htm...
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QTL定位：MapQTL6MapQTL是一款用于分析二倍體物種實驗群體中數(shù)量性狀位點(QTL)的Windows計算機程序，對于用戶比較友好，更加便于使用。通過QTL分析，...
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QTL定位：Rqtl2輸入文件
Rqtl2是Rqtl的加強更新版，可以更好地處理高維數(shù)據(jù)和復雜的群體設計，對于圖形輸出也有了較強的改善。 0.功能概述 Rqtl2所有功能的簡單...
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冗余分析（RDA）——R包vegan從概念上講，冗余分析（redundancy analysis, RDA）是響應變量矩陣與解釋變量矩陣之間多元多重線性回歸的擬合值矩陣的PCA分析...
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潛在因素混合模型：LFMM—— R包lfmm在自然群體（區(qū)別于強人工選擇）中，如果我們感興趣的數(shù)量性狀表現(xiàn)出與特定的地理環(huán)境變量有高度的關聯(lián)性，隨著環(huán)境變量的改變而變化，則這些環(huán)境變量往往...
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ggplot2繪制棒棒糖圖——Lollipop chart棒棒糖圖，就是長得像棒棒糖一樣的圖（一句廢話），和柱形圖，散點圖想要表達的意思是一致的，不過展示會更加好看一點，是點圖geom_point()和...
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vcf文件提取SNP位點
測序得到VCF文件后，有時需要提取部分SNP位點，這里介紹的工具是VCFtools，安裝以及基礎功能見下貼：vcftools安裝及基礎用法 - ...
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GWAS全基因組關聯(lián)分析全流程
拖拖拉拉用了一年時間才把GWAS整個流程捋完，從背景到code、還有過程中遇到的一些bug以及解決辦法，加起來也有二十余篇，按分析的流程整理出一...
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UPGMA法聚類分析——NTsys2.10eNTsys是一款強大的統(tǒng)計分析軟件，具有多個統(tǒng)計模型組件，在植物多樣性分析中經(jīng)常會用到。其中最主要的模塊是聚類分析，常用的方法有UPGMA、CL...