@yutang12 可以的 可以自己決定
WGCNA(6):篩選 hub gene通過前期的分析,我們確定了感興趣的module,但是module中又含有幾十甚至上百的基因,下一步需要進(jìn)一步篩選hub gene。 WGCNA(3):基因模塊與性狀關(guān)聯(lián)識(shí)別重...
@yutang12 可以的 可以自己決定
WGCNA(6):篩選 hub gene通過前期的分析,我們確定了感興趣的module,但是module中又含有幾十甚至上百的基因,下一步需要進(jìn)一步篩選hub gene。 WGCNA(3):基因模塊與性狀關(guān)聯(lián)識(shí)別重...
@不會(huì)三分_f882 命令寫錯(cuò)了
9.2 GWAS:關(guān)聯(lián)分析——TASSEL(GLM/MLM/CMLM)TASSEL是最早出現(xiàn)的用于動(dòng)植物關(guān)聯(lián)分析的軟件,還可以對進(jìn)化模式以及連鎖不平衡進(jìn)行評估,功能非常強(qiáng)大,要說缺點(diǎn),可能就是真的有點(diǎn)慢。 表型數(shù)據(jù)處理在下面這篇帖子中有介紹,這...
@Sam_3cbd 標(biāo)準(zhǔn)更嚴(yán)格一些
11.GWAS:確定候選區(qū)間確定了與表型顯著的SNP位點(diǎn)后,通常會(huì)選擇在顯著性位點(diǎn)所在位置前后,各一定的距離內(nèi),確定候選區(qū)間,進(jìn)行候選基因挖掘,而這個(gè)距離如何確定?9.5 GWAS顯著SNP篩選及曼哈頓...
寫在前面:經(jīng)常做轉(zhuǎn)錄組分析,就是把差異基因搞個(gè)火山圖和Venn圖看各組差異基因的共有和特有情況??匆娪袀€(gè)比較好的選擇,能直觀比較各種處理帶來的影響,如下: 來自Nature ...
@請我吃辣條吧 如果是二倍體,那這個(gè)位點(diǎn)不是父本就是母本,可以判斷偏好行
ASE(等位基因特異性表達(dá)) —— 完整流程前段時(shí)間,接了老師一個(gè)等位基因特異性表達(dá)的任務(wù),前后再加上其他的分析帶著做,再捋流程,拖拖拉拉也用了小一個(gè)月,終于從原始測序數(shù)據(jù),得到了最終的那張table,具體的內(nèi)容基本已...
@對方正在長頭發(fā)_0478 你的意思是區(qū)間估計(jì)嗎?lodint(out.hk, chr=5, drop=1.5) 這個(gè)設(shè)置的是1.5倍LOD區(qū)間,bayesint(out.hk, chr=5, prob=0.95)這是0.95貝葉斯區(qū)間
1.QTL定位:Rqtl—— Single-QTL analysisR/qtl是一個(gè)可擴(kuò)展的、交互的、用于QTL定位的R包,集數(shù)據(jù)分析和繪圖于一體。特點(diǎn)是使復(fù)雜的QTL定位方法被廣泛使用,使用戶專注于建模而不是計(jì)算。 官網(wǎng):https://r...
@對方正在長頭發(fā)_0478 看報(bào)錯(cuò)是數(shù)據(jù)格式的問題,第二行第一列哪里應(yīng)該是空著的,報(bào)錯(cuò)是這個(gè)意思,Rqtl有自帶的示例文件,你可以看一下
1.QTL定位:Rqtl—— Single-QTL analysisR/qtl是一個(gè)可擴(kuò)展的、交互的、用于QTL定位的R包,集數(shù)據(jù)分析和繪圖于一體。特點(diǎn)是使復(fù)雜的QTL定位方法被廣泛使用,使用戶專注于建模而不是計(jì)算。 官網(wǎng):https://r...
@kuangthantine 最嚴(yán)格的應(yīng)該是0.01或者0.05,但是由于物種限制,過于嚴(yán)格的p值無法篩選到snp,因此放松到1
9.5 GWAS顯著SNP篩選及曼哈頓圖繪制在R中進(jìn)行整理,pmap格式在下面帖子中有詳細(xì)介紹。第一列為SNP的ID,第二列為chr,第三列為SNP的位置,第四列開始為每個(gè)性狀的SNP的P值。9.3 GWAS:關(guān)聯(lián)分析...
@不熟_4411 按報(bào)錯(cuò)是pmap文件中的p值有錯(cuò)誤,建議檢查一下
9.3 GWAS:關(guān)聯(lián)分析——EMMAXEMMAX是關(guān)聯(lián)分析速度提升的一個(gè)代表性算法, 已廣泛應(yīng)用于棉花、大豆和水稻等的復(fù)雜性狀關(guān)聯(lián)分析。EMMAX認(rèn)為,每一個(gè)SNP對復(fù)雜性狀的解釋率都很低,每個(gè)組件的方差在運(yùn)算中...
@DumplingLucky 詳細(xì)可以看這篇文章:https://blog.sciencenet.cn/blog-2577109-1250860.html
9.2 GWAS:關(guān)聯(lián)分析——TASSEL(GLM/MLM/CMLM)TASSEL是最早出現(xiàn)的用于動(dòng)植物關(guān)聯(lián)分析的軟件,還可以對進(jìn)化模式以及連鎖不平衡進(jìn)行評估,功能非常強(qiáng)大,要說缺點(diǎn),可能就是真的有點(diǎn)慢。 表型數(shù)據(jù)處理在下面這篇帖子中有介紹,這...
@DumplingLucky marker-rsq和MarkerR2是一樣的,代表貢獻(xiàn)率;beta和allele effect是一樣,是SNP回歸系數(shù)
9.2 GWAS:關(guān)聯(lián)分析——TASSEL(GLM/MLM/CMLM)TASSEL是最早出現(xiàn)的用于動(dòng)植物關(guān)聯(lián)分析的軟件,還可以對進(jìn)化模式以及連鎖不平衡進(jìn)行評估,功能非常強(qiáng)大,要說缺點(diǎn),可能就是真的有點(diǎn)慢。 表型數(shù)據(jù)處理在下面這篇帖子中有介紹,這...
@麥客天道酬勤 這個(gè)模型是不是考慮的因素太復(fù)雜,常見的可能會(huì)忽略一些小的互作,mod = lmer(Brix ~ Line + (1|Loc) + (1|Year) +
(1|Line:Loc) + (1|Line:Year) , data=dat),不過具體問題具體分析,要看你的設(shè)計(jì)
3.2 GWAS:最佳線性無偏估計(jì)量——BLUE值計(jì)算(多年單點(diǎn)有重復(fù))GWAS中使用均值、BLUP值還是BLUE值,鄧飛老師有兩篇帖子進(jìn)行了介紹,鏈接如下,根據(jù)我的數(shù)據(jù),我選擇了BLUE值。在這里提醒大家,不要一上來就忽略所有warning,很...
@麥客天道酬勤 通常是把品種作為固定因子的
3.2 GWAS:最佳線性無偏估計(jì)量——BLUE值計(jì)算(多年單點(diǎn)有重復(fù))GWAS中使用均值、BLUP值還是BLUE值,鄧飛老師有兩篇帖子進(jìn)行了介紹,鏈接如下,根據(jù)我的數(shù)據(jù),我選擇了BLUE值。在這里提醒大家,不要一上來就忽略所有warning,很...
@麥客天道酬勤 https://cloud.tencent.com/developer/article/1445670 鄧飛老師有寫過教程,可參考
3.2 GWAS:最佳線性無偏估計(jì)量——BLUE值計(jì)算(多年單點(diǎn)有重復(fù))GWAS中使用均值、BLUP值還是BLUE值,鄧飛老師有兩篇帖子進(jìn)行了介紹,鏈接如下,根據(jù)我的數(shù)據(jù),我選擇了BLUE值。在這里提醒大家,不要一上來就忽略所有warning,很...
@renthree 不客氣呢,大家共同進(jìn)步
1.QTL定位:Rqtl—— Single-QTL analysisR/qtl是一個(gè)可擴(kuò)展的、交互的、用于QTL定位的R包,集數(shù)據(jù)分析和繪圖于一體。特點(diǎn)是使復(fù)雜的QTL定位方法被廣泛使用,使用戶專注于建模而不是計(jì)算。 官網(wǎng):https://r...
歡迎來到"bio生物信息"的世界 新年的第一篇更文。 祝大家新春快樂!身體健康! 18號(hào)回家以后,經(jīng)歷了如下過程。 20號(hào) 喉嚨痛 21號(hào) 喉嚨痛 22號(hào)喉嚨痛 咳嗽 23-...
官網(wǎng):http://ibi.zju.edu.cn/index.html/BCL/software/qtlnetwork/download.html[http://ibi.zj...
邊界畸形擬合的話,建議重新構(gòu)建模型
3.2 GWAS:最佳線性無偏估計(jì)量——BLUE值計(jì)算(多年單點(diǎn)有重復(fù))GWAS中使用均值、BLUP值還是BLUE值,鄧飛老師有兩篇帖子進(jìn)行了介紹,鏈接如下,根據(jù)我的數(shù)據(jù),我選擇了BLUE值。在這里提醒大家,不要一上來就忽略所有warning,很...
@Just_Ford 沒有呢 就是一個(gè)最普通的vcf文件
9.4 GWAS:顯著性閾值確定——GEC常用的顯著性閾值確定方法是:Bonferroni correction = 顯著性水平(0.01/0.05)/檢驗(yàn)次數(shù)(number of detected markers)...
MapQTL是一款用于分析二倍體物種實(shí)驗(yàn)群體中數(shù)量性狀位點(diǎn)(QTL)的Windows計(jì)算機(jī)程序,對于用戶比較友好,更加便于使用。通過QTL分析,可以檢測基因組上負(fù)責(zé)所研究數(shù)量...