原文：http://www.chenlianfu.com/?p=806[http://www.chenlianfu.com/?p=806] 一. JELLYFISH簡介 JE...
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jellyfish的安裝和使用(轉(zhuǎn)載)
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點(diǎn)點(diǎn)點(diǎn)，KEGG Pathway 通路富集分析寫在前面 前段時(shí)間，推過兩個(gè)教程，分別是：1.《零基礎(chǔ)快速完成基因功能注釋 / GO / KEGG / PFAM...》2.《「GO富集分析」從原理到實(shí)踐 ~ 零基礎(chǔ)掌握》 ...
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Science | ATAC-seq+RNA-seq+泛基因組研究蝴蝶翅膀趨同進(jìn)化2023年3月10日，來自波多黎各大學(xué)Van Belleghem等多團(tuán)隊(duì)合作在國際頂級(jí)期刊《Science》上在線發(fā)表了題為“High level of novelty un...
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根據(jù)突變速率進(jìn)行EDTA結(jié)果的LTR插入時(shí)間換算
EDTA是一個(gè)非常好的轉(zhuǎn)座子注釋流程，并且它有一個(gè)功能是可以根據(jù)突變速率推算LTR插入時(shí)間。然而，這個(gè)軟件如果不設(shè)置參數(shù)--u的話，會(huì)使用禾本科的默認(rèn)插入時(shí)間1.3e-8來計(jì)...
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PacBio平臺(tái)解析全基因組CpG甲基化
作者：云歌審稿：童蒙編輯：angelica 和小伙伴們簡單聊聊三代測序的應(yīng)用和PB測序平臺(tái)5mC檢測方向，作為回歸的熱身~ 一、三代測序平臺(tái)應(yīng)用概覽 近幾年，以PacBio和...
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一文掌握R包DESeq2的差異基因分析過程轉(zhuǎn)錄組測序的最直接目的，就是設(shè)法尋找組間顯著表達(dá)變化的基因，解釋基因表達(dá)水平的變化對(duì)生物功能的影響。例如，腫瘤患者與正常人群相比哪些編碼蛋白或非編碼RNA分子發(fā)生了失調(diào)，這些...
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生信分析不只是跑下軟件 | TADCompare 差異分析要留心序 言 ??生信分析真的是跑下別人的軟件就ok了么？很明顯這樣認(rèn)為有些膚淺。先不說軟件好不好用的事，即使勉強(qiáng)能夠正常運(yùn)行得到結(jié)果就萬事大吉了么？這里也不討論數(shù)據(jù)好壞的問題，得...
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【HiC】繪制TAD邊界強(qiáng)度背景 經(jīng)常在HiC文章中看到TAD邊界強(qiáng)度變化圖，大體上可以反映TAD之間隔絕情況,絕緣系數(shù)越低，TAD之間交互越弱。如下圖： 畫圖的方法： 有點(diǎn)類似ChIP-seq pe...
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pyGenomeTracks—表觀多組學(xué)個(gè)性化track可視化工具
作者：Jenny審稿：童蒙排版：amethyst 引言 在表觀多組學(xué)聯(lián)合分析中，我們經(jīng)常會(huì)遇到想對(duì)某個(gè)區(qū)域可視化，每當(dāng)看到高分文章里漂亮的tracks圖，就羨慕不已。今天小編...
