發(fā)簡信
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差異分析存在許多含零的行 ｜ Deseq2DESeq2分析差異基因/ASV時(shí)，如果全部基因/ASV都存在0，那么將會因?yàn)閹缀纹骄鶖?shù)全部為0，導(dǎo)致估算sizefactor失敗而報(bào)錯(cuò)。 因?yàn)槟J(rèn)的計(jì)算sizefactor...
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科研術(shù)語掃盲：Contributed by全文共853字，預(yù)計(jì)閱讀時(shí)間3分鐘。 經(jīng)常看PNAS且細(xì)心的同學(xué)可能會發(fā)現(xiàn)，在標(biāo)題下方多為Edited by... 但有的時(shí)候卻是Contributed by... 這有什么...
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基于qiime2的擴(kuò)增子流程寫在前面：擴(kuò)增子在微生物組領(lǐng)域就像分子生物學(xué)里面的PCR一樣常見、有用，像繁瑣的PCR一樣（雖然有說明書告訴你引物、Taq酶、dNTPs等的加入量，但是每次都加也很繁瑣），擴(kuò)...
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后來者請注意，此代碼已失效，大家需要自行修改
將qualimap結(jié)果統(tǒng)計(jì)成表格
qualimap用于將RNA比對數(shù)據(jù)進(jìn)行QC，運(yùn)行命令： 獲得很多結(jié)果 從結(jié)果中提取統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)，保存到Excel表中。首先獲得文件路徑，保存在file_name.txt文件中；...
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HISAT2 建立索引警告和比對時(shí)報(bào)錯(cuò)解決方案
tags： HISAT2 RNA-seq HISAT2 發(fā)表的文章中強(qiáng)調(diào)了它的速度很快，我就測試了一下這個(gè)工具。 HISAT2 建立索引： 然而沒多久就看到這樣的警告： 只是...
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審?fù)陜善胍l(fā)表在頂刊上的文章后，能學(xué)到什么？全文約4800字，閱讀預(yù)計(jì)時(shí)間12分鐘。以下記錄了我從剛開始準(zhǔn)備審第一篇PC，到完成第二篇NC的審稿經(jīng)歷及觀點(diǎn)，看完你大概能了解到審稿的全流程、如何審稿、review rep...
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【避坑】R報(bào)錯(cuò) lazy-load database is corrupt文章很短，你掃一眼就看完了。 今天嘗試復(fù)現(xiàn)詞云圖的時(shí)候，需要用到R包tm（Text Mining），死活裝不上，無奈打算使出殺手锏——安裝R包的二進(jìn)制版本。 沒想到在我lib...
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基于xargs命令的多行命令并行管理我在去年整理了一個(gè)關(guān)于多行命令并行管理的腳本[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg3OTU5NTQxMA==&mid=2247491942&...
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[pliman] 點(diǎn)點(diǎn)點(diǎn)就能準(zhǔn)確識別病狀特征日常逛推的時(shí)候，一個(gè)新鮮的推文抓住了我的眼球 這是什么好東西！看樣子可以在R中識別圖片的不同區(qū)域。剛好最近在做葉部病害，讓我們來看看該如何操作以及效果如何。 R4PDE 檢索...
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批量運(yùn)行多個(gè)R腳本并打印運(yùn)行狀態(tài)曾老師曾經(jīng)有一篇推文《批量運(yùn)行多個(gè)R腳本》[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247515535&i...
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跟著NBT學(xué)做圖：樣本地理信息圖今天我們來學(xué)習(xí)一下劉永鑫老師2019年發(fā)表在Nature Biotechnology上的文章NRT1.1B is associated with root microbiot...
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6.ggplot2——繪制地圖6 地圖 地圖繪制是一項(xiàng)常見的可視化任務(wù)，需要用到專門的工具。主要解決兩個(gè)方面的問題：使用一個(gè)數(shù)據(jù)源繪制地圖，以及將另一個(gè)信息的數(shù)據(jù)添加到地圖中。 6.1 矢量邊界 使用ge...
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R | ggplot2拼圖 —— patchwork在Y叔公號（biobabble）看到cowplot乃舊愛，patchwork是新歡[https://mp.weixin.qq.com/s/Y_uK2H7ketmFpJMvkN...
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在Windows和MacOS雙系統(tǒng)下打開基于服務(wù)器的Rstudio果然，需求才是第一生產(chǎn)力。 最近需要在服務(wù)器上用Rstuido，奈何課題組的服務(wù)器尚未開通Rstudio server，經(jīng)過曾老師和永和的指點(diǎn)，最終實(shí)現(xiàn)在Windows和Ma...
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只有四個(gè)數(shù)據(jù)，但圖上出現(xiàn)五個(gè)點(diǎn)？數(shù)據(jù)為真實(shí)數(shù)據(jù)修改后的數(shù)據(jù)。 很早之前給師姐調(diào)試了一個(gè)適配她大批量實(shí)驗(yàn)的作圖代碼，最近她發(fā)現(xiàn)有些問題，部分組數(shù)據(jù)只有四個(gè)，但圖中卻出現(xiàn)了五個(gè)點(diǎn)！ 使用代碼如下 這要是解決不了...
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binmap-123原網(wǎng)址：1）http://www.jintiankansha.me/t/etiz287dU8 2）http://www.jintiankansha.me/t/i81Con4f...
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gget alphafold三行命令預(yù)測蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)近些天，AlphaFold在熱度不減的基礎(chǔ)上又火了一把，二話不說直接確定了約2億個(gè)蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)，范圍覆蓋地球上幾乎所有已知生物[1]。 盡管AlphaFold2可以通過Doc...
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假如你能回到博后的第一天，你會給自己什么建議？在和通哥討論“如果能回到當(dāng)初，會給自己什么建議”的時(shí)候，他提到自己曾看過一個(gè)推特，也是類似的問題。每次和通哥聊天都很輕松愉快，又能學(xué)到不少東西。 最近他的第二公眾號“通達(dá)生信...
