使用ALLHiC基于HiC數(shù)據(jù)輔助基因組組裝 基因組組裝大致可以分為三步（1）根據(jù)序列之間的重疊情況構(gòu)建出contig，（2）基于二代的mate pair文庫(kù)或光學(xué)圖譜將co...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：河南
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使用ALLHiC基于HiC數(shù)據(jù)輔助基因組組裝 -
自己構(gòu)建物種包OrgDb，然后用clusterProfiler富集分析
利用clusterProfiler進(jìn)行富集分析時(shí)，發(fā)現(xiàn)網(wǎng)上沒(méi)有物種包OrgDb，利用網(wǎng)上教程構(gòu)建了一個(gè)。主要參考了劉小澤的簡(jiǎn)書(shū)，特別感謝一下?。?！ emapper首先得到注釋...
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TWAS（fusion）最近在看遺傳數(shù)據(jù)與表達(dá)結(jié)合的東西，介紹一個(gè)經(jīng)典的方法吧，fusion。 Gusev et al. “Integrative approaches for large-scal...
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ggplot2使用patchwork包高質(zhì)量拼圖安裝所需要的R包 加載所需的R包，并將默認(rèn)主題設(shè)置為theme_bw()，并將圖例放在圖的頂部 創(chuàng)建一些基本圖像： patchwork包水平拼接 垂直布局可以通過(guò)向plot_...
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把基因畫(huà)在染色體上之前有一次，我導(dǎo)說(shuō)“能不能把這些基因按順序畫(huà)在果蠅的染色體上”，因此，我尋找了一些實(shí)現(xiàn)這個(gè)需求的方法。經(jīng)過(guò)一番奇奇怪怪的操作之后，最終用ggplot2畫(huà)了。。。其它方法簡(jiǎn)單地...
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有相關(guān)性就有因果關(guān)系嗎，教你玩轉(zhuǎn)孟德?tīng)栯S機(jī)化分析（mendelian randomization ）
流行病學(xué)研究常見(jiàn)的分析就是相關(guān)性分析了。 相關(guān)性分析某種程度上可以為我們提供一些研究思路，比如缺乏元素A與某種癌癥相關(guān)，那么我們可以通過(guò)補(bǔ)充元素A來(lái)減少患癌率。這個(gè)結(jié)論的大前...
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eQTL就那樣～（1）前言 我還未想到這個(gè)專題叫什么...... 暫定“XXX就那樣”？ 我們先來(lái)個(gè)斗雞眼，看著一下中間的QT。 1.什么是數(shù)量性狀？（quantitative trait，QT）...
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使用R語(yǔ)言包(LEA)【LEA示例】1.R包的下載(R version 3.6) 如果R版本是老版本的，請(qǐng)查看網(wǎng)站Bioconductor release的要求進(jìn)行R包下載。注：具體怎么在R中進(jìn)行操作在以下網(wǎng)站...
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TidyTuesday 可視化學(xué)習(xí)之 網(wǎng)絡(luò)圖（ igraph 和 ggraph） 繪制首先我是這是我日常逛 twitter 看到的，然后我又是一個(gè)搬運(yùn)工（ emmm，這個(gè)系列都沒(méi)有詢問(wèn)作者意見(jiàn)，后面如果有意外就刪了。 ） 書(shū)籍在線版：R for Data Sc...
