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我覺(jué)得處理任何事情,不僅要做到“知其然”,還要做到“知其所以然”。在做事情時(shí),如果僅知道低頭蠻干,不知道抬頭看路;只知道跟著“牽牛繩”的方向,在鞭子的抽打下前進(jìn)或停止,那么最...
首先安裝RepeatModeler2,RepeatMasker4建議直接去官網(wǎng)下載,解壓安裝。同時(shí)安裝其他包。安裝流程這里不詳細(xì)介紹了,網(wǎng)上有很多。 假設(shè)現(xiàn)在已經(jīng)安裝完畢,并...
再次體驗(yàn)一下TBtools的強(qiáng)大。使用TBtools對(duì)基因家族進(jìn)行分析,進(jìn)化樹、Motifs 、結(jié)構(gòu)域和基因結(jié)構(gòu)多圖合一。 一、數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 1.基因組組裝結(jié)果fasta格式 2...
clusterProfiler是業(yè)界大神Y叔寫的R包,看過(guò)了它的繪圖就會(huì)使人沉迷于其顏值無(wú)法自拔。本文很多內(nèi)容直接翻譯自官方文檔,加上了我的測(cè)試數(shù)據(jù)(還是以果蠅為例)。 一、...
數(shù)據(jù)可視化是將數(shù)據(jù)直觀展示出來(lái)的一個(gè)必不可少的步驟。ggplot2是一個(gè)非常常見(jiàn)的繪圖R包,在文獻(xiàn)中,我們常常會(huì)看見(jiàn)用漂亮箱線圖來(lái)展示原始數(shù)據(jù)的分布。這里我們就用一個(gè)基因表達(dá)...
轉(zhuǎn)錄組分析策略 轉(zhuǎn)錄組分析策略根據(jù)有無(wú)參考轉(zhuǎn)錄組可以分為兩類: 有參比對(duì)—定量—差異分析—功能富集分析等 無(wú)參組裝—定量—差異分析—功能富集分析等image 無(wú)參考轉(zhuǎn)錄組序列...
通過(guò)前期的基因定量,我們通過(guò)RSEM或者Kallisto這些工具得到了每個(gè)基因或者轉(zhuǎn)錄本的表達(dá)量矩陣。輸出的矩陣包含了基因以及在各個(gè)樣本中的表達(dá)量信息,這些信息將為我們后期判...
該教程分為2部分,第2部分在:miRNA-seq小RNA高通量測(cè)序pipeline:從raw reads,鑒定已知miRNA-預(yù)測(cè)新miRNA,到表達(dá)矩陣【二】 因?yàn)橹芭龅?..