新的系列系列教程[http://www.itdecent.cn/p/10bb4410ae3d]已上傳，大家可以去看新的教程 1.orthofinder介紹 OrthoFin...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：陜西
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利用orthofinder尋找單拷貝基因構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹 -
祖先狀態(tài)重建—揭示物種性狀的起源與演化我覺(jué)得處理任何事情，不僅要做到“知其然”，還要做到“知其所以然”。在做事情時(shí)，如果僅知道低頭蠻干，不知道抬頭看路；只知道跟著“牽牛繩”的方向，在鞭子的抽打下前進(jìn)或停止，那么最...
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非模式生物重復(fù)序列注釋 RepeatModeler2+RepeatMasker4首先安裝RepeatModeler2,RepeatMasker4建議直接去官網(wǎng)下載，解壓安裝。同時(shí)安裝其他包。安裝流程這里不詳細(xì)介紹了，網(wǎng)上有很多。 假設(shè)現(xiàn)在已經(jīng)安裝完畢，并...
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TBtools | 基因家族分析 (進(jìn)化樹、Motifs、結(jié)構(gòu)域)再次體驗(yàn)一下TBtools的強(qiáng)大。使用TBtools對(duì)基因家族進(jìn)行分析，進(jìn)化樹、Motifs 、結(jié)構(gòu)域和基因結(jié)構(gòu)多圖合一。 一、數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 1.基因組組裝結(jié)果fasta格式 2...
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使用clusterProfiler進(jìn)行富集分析clusterProfiler是業(yè)界大神Y叔寫的R包，看過(guò)了它的繪圖就會(huì)使人沉迷于其顏值無(wú)法自拔。本文很多內(nèi)容直接翻譯自官方文檔，加上了我的測(cè)試數(shù)據(jù)（還是以果蠅為例）。 一、...
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ggplot2：如何優(yōu)雅地繪制箱線圖數(shù)據(jù)可視化是將數(shù)據(jù)直觀展示出來(lái)的一個(gè)必不可少的步驟。ggplot2是一個(gè)非常常見(jiàn)的繪圖R包，在文獻(xiàn)中，我們常常會(huì)看見(jiàn)用漂亮箱線圖來(lái)展示原始數(shù)據(jù)的分布。這里我們就用一個(gè)基因表達(dá)...
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無(wú)參轉(zhuǎn)錄組序列組裝 — Trinity轉(zhuǎn)錄組分析策略 轉(zhuǎn)錄組分析策略根據(jù)有無(wú)參考轉(zhuǎn)錄組可以分為兩類： 有參比對(duì)—定量—差異分析—功能富集分析等 無(wú)參組裝—定量—差異分析—功能富集分析等image 無(wú)參考轉(zhuǎn)錄組序列...
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轉(zhuǎn)錄組分析實(shí)戰(zhàn)第五節(jié)：EdgeR對(duì)表達(dá)量矩陣進(jìn)行基因表達(dá)差異分析通過(guò)前期的基因定量，我們通過(guò)RSEM或者Kallisto這些工具得到了每個(gè)基因或者轉(zhuǎn)錄本的表達(dá)量矩陣。輸出的矩陣包含了基因以及在各個(gè)樣本中的表達(dá)量信息，這些信息將為我們后期判...
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miRNA-seq小RNA高通量測(cè)序pipeline：從raw reads，鑒定已知miRNA-預(yù)測(cè)新miRNA，到表達(dá)矩陣【一】該教程分為2部分，第2部分在：miRNA-seq小RNA高通量測(cè)序pipeline：從raw reads，鑒定已知miRNA-預(yù)測(cè)新miRNA，到表達(dá)矩陣【二】 因?yàn)橹芭龅?..
