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雙熒光素酶應用實例（一）1、驗證microRNA同mRNA靶向互作。將待測基因的3’UTR序列插入報告基因載體，再共轉(zhuǎn)入該microRNA，檢測熒光素酶活性下降，則提示為其靶序列。 2、驗證mic...
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凝膠遷移實驗（EMSA） 的原理及實驗方案詳解對于新手小白做這些大實驗時可能不知所措，為了方便學習，將相關實驗進行歸納總結: 原理 凝膠遷移或電泳遷移率實驗（EMSA）是一種研究DNA結合蛋白和其相關的DNA結合序列相互...
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GO/KEGG富集分析及R包繪圖（氣泡圖/條形圖）導讀 利用富集分析，我們可以把很多看著雜亂的差異基因總結出一個比較整體反應事件發(fā)生的概述性的句子。 例如：TP53信號通路和胃癌的發(fā)生有關。而不是說BAX、BID、ABL1、...
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TBtools基因家族分析詳細教程（1）寫在前面：非常感謝CJ開發(fā)出如此強大的TBtools工具，作者詳細講解了基因家族的分析過程和意義，課程購買地址，講的很棒，可以試聽。 一共分為4個部分TBtools基因家族分...
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R語言畫棒棒糖圖（lollipop）展示snp在基因上的位置今天在一個微信群里看見有人問下面兩幅圖用R語言如何實現(xiàn) 第一幅就是散點圖 兩列數(shù)據(jù)x,y用來控制散點的位置，一列變量用來映射顏色，F(xiàn)requency用來映射大小。這個實現(xiàn)起來...
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跟著Nature Genetics 學畫圖：R語言ggplot2畫基因結構示意圖今天推文重復的圖來自于 論文Whole-genome resequencing of 445 Lactuca accessions reveals the domestica...
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R語言三大繪圖R包之二---ggpubr的使用介紹ggpubr ggpubr專門為學術期刊繪圖而生，據(jù)說是能畫出editor最喜歡看的圖。 1.安裝和加載 由于這個包放在cran上，所以安裝也方便，直接install.pac...
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【R畫圖學習17.1】拼圖軟件1---patchwork其實前面在學習的時候也陸陸續(xù)續(xù)的用過一些拼圖的包，像par，cowplot，patchwork等。但是，感受下來好像最好用的還是patchwork，所以今天詳細的學習一下。因...
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零基礎快速完成基因功能注釋 / GO / KEGG / PFAM...寫在前面 早前已經(jīng)推過《新手eggNOG-Mapper詳細教程》，但仍然有很多人遇到使用問題。換句話，可能那個教程不能徹底解決大伙遇到的問題。于是我決定寫一個完美的教程，徹底...
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【W(wǎng)GCNA】WGCNA學習（二）=====WGCNA實戰(zhàn)（一）====== 我們第一個實戰(zhàn)采用的是官方提供的矩陣。 https://horvath.genetics.ucla.edu/html/Coexpr...
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【W(wǎng)GCNA】WGCNA學習（一）其實我一直沒用過WGCNA，因為分析網(wǎng)絡的方法有很多，但是大家好像都更愛用這個。最近幫人分析的幾組數(shù)據(jù)，他們指名要用WGCNA分析，所以就學習一下。 =======WGCNA...
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【R畫圖學習8.1】PCA圖主成分分析，即Principle Component Analysis (PCA)，是一種傳統(tǒng)的統(tǒng)計學方法，被機器學習領域引入后，通常被認為是一種特殊的非監(jiān)督學習算法，其可以...
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【R畫圖學習13.1】散點圖---擬合曲線和置信區(qū)間這個系列，我們陸續(xù)的學習一些散點圖的技巧，其實像前面的火山圖，PCA圖等均是散點圖，只不過對象和數(shù)據(jù)類型不太一樣而已。 今天我們學習如何給散點圖添加擬合曲線以及置信區(qū)間。下面...
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2021-03-21R語言中的管道符 %>%
作為R語言基礎之一的 %>% 應用非常廣泛，但是我卻一直沒有系統(tǒng)地學習，實在不應該，今天研究記述一下。 什么是%>% %>% 作為一種管道符，意思是 %>% 把左邊的輸出傳遞...
