IP屬地：河北
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README:HapHiC
HapHiC: a fast, reference-independent, allele-aware scaffolding tool bas...
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十三. 基因組核型演化分析-WGDI
一. 準(zhǔn)備文件 首先，下載基因組注釋文件abc.gff3和蛋白序列文件abc.aa；然后，進(jìn)行格式轉(zhuǎn)換和重命名，得到abc.gff，abc.le...
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十二. Circos基因組作圖前言 最近進(jìn)行基因組數(shù)據(jù)分析，繪制圈圖，想做兩個基因組的比較分析，通過查詢文獻(xiàn)，發(fā)現(xiàn)棉花基因組圈圖在細(xì)節(jié)方面做的較好，主要就是染色體排布中間對稱...
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十一. 葉綠體基因組 SNP Calling （bwa, samtools, picard, bcftools, plink）前言 最近分析葉綠體基因組，進(jìn)行SNP Calling，網(wǎng)上搜到生信藥丸[http://www.itdecent.cn/u/068665394...
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十. 基因表達(dá)作圖--ggplot2::geom_bar一. 簡介 利用柱形圖展示不同樣品中基因表達(dá)的整體情況，首先讀取基因表達(dá)矩陣，再將數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)換成row，col，value三列的格式，然后利用g...
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九. R語言作圖--pheatmap（熱圖）1. 熱圖及分組 2. 熱圖聚類和排序 繪制熱圖的時候我們會遇到這樣的問題，我們有一組數(shù)據(jù)（特別是數(shù)據(jù)比較多的時候），繪制熱圖后分別對行和列進(jìn)行...
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八. SNP檢測和進(jìn)化分析（Snippy）
一. 簡介 Snippy[https://github.com/tseemann/snippy]是一款用于SNP檢測的軟件，可以通過分析得到核心...
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七. 植物葉綠體基因組--組裝，注釋和比較作圖（GetOrganelle，GeSeq，Chloroplot，IRscope）一. 簡介 葉綠體是綠色植物，藻類和藍(lán)細(xì)菌進(jìn)行光合作用的場所，光合作用將水和二氧化碳轉(zhuǎn)變?yōu)橛袡C(jī)化合物并放出氧氣。葉綠體所攜帶遺傳物質(zhì)DNA，以原...
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六. 基因表達(dá)相關(guān)性分析與作圖（R語言“corrplot”包）一. 簡介 corrplot包是一個畫相關(guān)系數(shù)圖的包，可以用來對基因的表達(dá)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，分析不同基因間表達(dá)的相關(guān)性。 二. 實例 1. 數(shù)據(jù)格式...