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https://circos.ca/documentation/tutorials/configuration/data_files/

十二. Circos基因組作圖

前言 最近進行基因組數(shù)據(jù)分析，繪制圈圖，想做兩個基因組的比較分析，通過查詢文獻，發(fā)現(xiàn)棉花基因組圈圖在細節(jié)方面做的較好，主要就是染色體排布中間對稱，這樣共線性連線就不會出現(xiàn)交叉...

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HapHiC: a fast, reference-independent, allele-aware scaffolding tool based on Hi-C data...

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http://www.itdecent.cn/p/af25c4c3db37

十二. Circos基因組作圖

前言 最近進行基因組數(shù)據(jù)分析，繪制圈圖，想做兩個基因組的比較分析，通過查詢文獻，發(fā)現(xiàn)棉花基因組圈圖在細節(jié)方面做的較好，主要就是染色體排布中間對稱，這樣共線性連線就不會出現(xiàn)交叉...

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一. 準備文件 首先，下載基因組注釋文件abc.gff3和蛋白序列文件abc.aa；然后，進行格式轉換和重命名，得到abc.gff，abc.lens，abc.pep；接著做b...

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@沒摸周 沒裝gubbins吧

八. SNP檢測和進化分析（Snippy）

一. 簡介 Snippy[https://github.com/tseemann/snippy]是一款用于SNP檢測的軟件，可以通過分析得到核心SNP，進行比對構建進化樹。 ...

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和全部顯示的格式一樣，只保部分留想要染色體編號

五. 基因組共線性分析-基于MCscanX

一. 簡介 MCScanX是由福建農林大學唐海寶老師參與開發(fā)的基因組共線性分析軟件，發(fā)表至今引用數(shù)200以上，相關概念和算法參考文獻如下： Tang H, Bowers J ...

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