復(fù)現(xiàn)學(xué)習(xí)下這篇nature文章（米妮：仰望下張澤民院士課題組Nature新文章：跨組織的多細(xì)胞協(xié)調(diào)模塊及其在癌癥中的動態(tài)重塑[https://zhuanlan.zhihu.c...
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學(xué)習(xí)復(fù)現(xiàn)下張澤民院士最新Nature文章圖-極坐標(biāo)熱圖 -
NC論文圖復(fù)現(xiàn)-優(yōu)雅繪制多分組熱圖-開源代碼和數(shù)據(jù)米妮[https://www.zhihu.com/people/18085501413] 文章信息如圖，今天學(xué)習(xí)復(fù)現(xiàn)的圖表文章為最近發(fā)表的論文～ 文章概要：在藍(lán)藻聚集體內(nèi)，藍(lán)...
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單細(xì)胞孟德爾隨機(jī)化——生信分析的“新寵”
引言 在生物信息學(xué)（生信）領(lǐng)域，單細(xì)胞孟德爾隨機(jī)化（scMR）正成為科研人員的“新寵”。它不僅無需依賴實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證，還能通過遺傳變異推斷因果關(guān)系，為高分論文開辟新路徑。本文將帶你...
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Cellranger 多組學(xué)構(gòu)建自己的參考基因組多組學(xué)分析之間一定要保證不同組學(xué)，以及上下游都使用相同的參考基因組，這次筆記每個物種數(shù)據(jù)涉及兩個組學(xué)維度的數(shù)據(jù)，所有一定要保證這兩組學(xué)數(shù)據(jù)用的同一個參考基因組，也就是使用的....
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16sRNA 微生物組學(xué)分析（一）：從fastq到菌屬豐度表16s RNA ：16s rDNA 基因存在于所有細(xì)菌的基因組中，具有高度的保守性。 該序列包含9個高變區(qū)和10個保守區(qū)，通過對某一段高變區(qū)序列進(jìn)行PCR擴(kuò)增后進(jìn)行測序，得到...
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@小橘子_5e3b 可以改的哦，在軟件的Style 里
Cytoscape + STRING + cytoHubba 聯(lián)合使用尋找hub基因
今天是不用學(xué)代碼利用生信軟件聯(lián)合“點(diǎn)點(diǎn)點(diǎn)”就可以取得hub基因的“白癡”實(shí)操，趕快點(diǎn)起來～ Hub基因（關(guān)鍵基因）是在生物學(xué)過程中發(fā)揮重要作用的基因，它往往在通路中為主導(dǎo)地位...
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@e73236e5d7ff 用cytoHubba 篩選一些關(guān)鍵點(diǎn)
Cytoscape + STRING + cytoHubba 聯(lián)合使用尋找hub基因
今天是不用學(xué)代碼利用生信軟件聯(lián)合“點(diǎn)點(diǎn)點(diǎn)”就可以取得hub基因的“白癡”實(shí)操，趕快點(diǎn)起來～ Hub基因（關(guān)鍵基因）是在生物學(xué)過程中發(fā)揮重要作用的基因，它往往在通路中為主導(dǎo)地位...
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下載TCGA 表達(dá)數(shù)據(jù)并對照表型數(shù)據(jù)拿到表達(dá)矩陣下載TCGA 表達(dá)數(shù)據(jù)并對照表型數(shù)據(jù)拿到表達(dá)矩陣 文章看得多的小伙伴都知道TCGA數(shù)據(jù)庫，大多研究者在文章里都利用過TCGA的數(shù)據(jù)來驗(yàn)證他們的數(shù)據(jù)分析結(jié)果，所以TCGA數(shù)據(jù)的...
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試試把上下調(diào)基因分開導(dǎo)入找hub
Cytoscape + STRING + cytoHubba 聯(lián)合使用尋找hub基因
今天是不用學(xué)代碼利用生信軟件聯(lián)合“點(diǎn)點(diǎn)點(diǎn)”就可以取得hub基因的“白癡”實(shí)操，趕快點(diǎn)起來～ Hub基因（關(guān)鍵基因）是在生物學(xué)過程中發(fā)揮重要作用的基因，它往往在通路中為主導(dǎo)地位...
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Cytoscape + STRING + cytoHubba 聯(lián)合使用尋找hub基因今天是不用學(xué)代碼利用生信軟件聯(lián)合“點(diǎn)點(diǎn)點(diǎn)”就可以取得hub基因的“白癡”實(shí)操，趕快點(diǎn)起來～ Hub基因（關(guān)鍵基因）是在生物學(xué)過程中發(fā)揮重要作用的基因，它往往在通路中為主導(dǎo)地位...
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單細(xì)胞層面剖析癌癥靶向治療中的持久耐藥性細(xì)胞過去的幾十年里，我們見證了治療癌癥——分子靶向治療的飛速發(fā)展和演變，但在靶向癌癥治療中會出現(xiàn)‘持久耐藥性’細(xì)胞，它一直是影響癌癥患者預(yù)后的最大挑戰(zhàn)。如何消除這些“持久性耐藥細(xì)...
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使用R web框架Shiny輕松構(gòu)建生信交互式網(wǎng)站做生信需要懂 R web框架 Shiny嗎？答案：不懂R Shiny的生信科研工作者不是好生信科研者 說說這幾年我用web框架參與構(gòu)建生信網(wǎng)站的項(xiàng)目（就是我搬的磚），1.某病...
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pbmc_10k_v3.rds 這個rds 的數(shù)據(jù)來源和數(shù)據(jù)處理流程在哪里看呢？
使用Signac包進(jìn)行單細(xì)胞ATAC-seq數(shù)據(jù)分析（一）：Analyzing PBMC scATAC-seq
Signac是Seurat的一個擴(kuò)展功能R包，可以用來分析、解釋和探索單細(xì)胞染色質(zhì)數(shù)據(jù)集。目前，Signac包主要專注于分析單細(xì)胞ATAC-seq數(shù)據(jù)，之后還會添加其他基于染...
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和樓上同問，你解決了嗎？??
Seurat對象、SingleCellExperiment對象和scanpy對象的轉(zhuǎn)化
Seurat官網(wǎng)：https://satijalab.org/seurat/articles/conversion_vignette.html[https://satijal...
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周運(yùn)來，男，長大了才會遇到的帥哥，穩(wěn)健，瀟灑，大方，靠譜。一段生信緣，一棵技能樹。生信技能樹核心成員，單細(xì)胞天地供稿人，簡書創(chuàng)作者，單細(xì)胞數(shù)據(jù)科學(xué)家。
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10× Genomics單細(xì)胞免疫組庫VDJ分析必知必會我們生活著的世界并非只有我們自己，而是有很多小于或大于我們的生物不斷與我們交互著，有的讓我們開心，有的使我們傷心。這就關(guān)系到一個本質(zhì)的問題： 我是誰？ 我是一個腦袋，一個軀體...
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為什么我現(xiàn)在訪問在頁面上沒看到“read files”這個功能項(xiàng)
下載ENA數(shù)據(jù)庫文件
ENA數(shù)據(jù)庫：European Nucleotide Archive：隸屬EBI (European Bioinformatics Institute)，由 EBI 負(fù)責(zé)維護(hù)...
