遇到了一個(gè)16S的課題，于是開始認(rèn)真學(xué)習(xí)ASV和OTU的差別，順手整理一下。 擴(kuò)增子測序和鳥槍法測序已經(jīng)成為微生物組領(lǐng)域最常見的研究手段。盡管鳥槍法測序可以為我們提供更高分辨...
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ASV和OTU有什么不同？哪個(gè)更好？ -
在Windows系統(tǒng)中搭建本地Blast序列比對環(huán)境在實(shí)驗(yàn)室中，我們經(jīng)常需要對分子生物學(xué)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，常見的有DNA和蛋白質(zhì)分子序列比對。分子序列比對分為全局序列比對和局部序列比對兩種情況。其具體算法我們將在以后的文章中詳細(xì)介...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)上傳到SRA轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)上傳教程（SRA） 為什么要上傳 我們在投稿之前都要把數(shù)據(jù)上傳才能發(fā)表。但是，數(shù)據(jù)上傳如果不知道一些套路的話，會(huì)很麻煩。筆者曾經(jīng)在博士期間被轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)上傳弄得焦頭爛...
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如何上傳轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)到NCBI的SRA數(shù)據(jù)庫
建議大家把數(shù)據(jù)上傳到我們自己的數(shù)據(jù)庫（http://bigd.big.ac.cn/），支持國產(chǎn)。由于我的數(shù)據(jù)太差了，還是傳到NCBI吧~ 第一步：打開NCBI主頁，如下圖 第...
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R包：phyloseq: 擴(kuò)增子統(tǒng)計(jì)分析利器phyloseq: 擴(kuò)增子統(tǒng)計(jì)分析利器 phyloseq包對多類型數(shù)據(jù)的綜合軟件，并其對這些數(shù)據(jù)提供統(tǒng)計(jì)分析和可視化方法。 介紹 ??微生物數(shù)據(jù)分析的主要挑戰(zhàn)之一是如何整合不...
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微生物組16S rRNA數(shù)據(jù)分析小結(jié): qiime2-2019.1本次筆記內(nèi)容：qiime2-2019.1的16s分析流程，以沒有barcode，以demultiplexed的fastq文件為input.同微生物組16S rRNA數(shù)據(jù)分析小...
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使用R分析16s擴(kuò)增子α，β多樣性這部分教程依然來自Happy Belly Bioinformatics網(wǎng)站, 主要學(xué)習(xí)一下使用DADA2獲得ASVs數(shù)據(jù)之后的進(jìn)一步分析。譬如，微生物群落多樣性，樣品間的微生...
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用ggplot2做一個(gè)箱圖--寫給剛剛開始用ggplot2作圖的同仁作圖思路 首先要設(shè)計(jì)好需要作圖類型。我展示組與組之間比較某一指標(biāo)的差異的情況比較多，這個(gè)一般選用箱圖。但是為了表達(dá)更多的信息，有時(shí)也會(huì)把單個(gè)數(shù)據(jù)以點(diǎn)圖的形式疊加展示出來。 一...
