最近需要畫LD block,之前一直用haploview軟件畫，haploview軟件毛病比較多，比如不能有多態(tài)位點，輸入的變異位點不能太多等。動不動就報錯。 最近試了一下另...
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推薦一個畫連鎖不平衡圖（LD block）的軟件LDBlockShow，親測比haploview好用！
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基于Vcf文件進行基因單倍型分析單倍型，是單倍體[https://baike.baidu.com/item/%E5%8D%95%E5%80%8D%E4%BD%93/304058]基因型的簡稱，在遺傳學上是指...
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Post-GWAS-LD圖與基因，關(guān)聯(lián)結(jié)果一起可視化IntAssoplot包可以將GWAS結(jié)果和LD， 基因結(jié)構(gòu)圖整合在一起畫出。介紹來自：https://github.com/whweve/IntAssoPlot[https...
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群體遺傳 || Pophelper-群體結(jié)構(gòu)可視化學習
Pophelper基本說明 群體遺傳下游分析中的一項常規(guī)分析即是群體結(jié)構(gòu)的分層展示(STRUCTURE ANALYSIS)，不同于系統(tǒng)樹和PCA，群體結(jié)構(gòu)分層可以分斷出小群體...
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VCFtools的使用(參數(shù)說明)
寫在前面：當學習某一重要文件格式時，更需要對此格式對應軟件工具進行全面的學習（如sam/bam——samtools）。在多次花時間寫腳本處理文件之后發(fā)現(xiàn)，80%左右的任務其實...
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vcftools安裝及基礎(chǔ)用法
vcftools是一種可以對VCF文件和BCF文件進行格式轉(zhuǎn)換及過濾的工具，功能非常強大，而且運算速度也很快。 1.下載及安裝 1.1 下載地址 http://vcftool...
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hapmap 格式 轉(zhuǎn)化為Plink格式方法
1.需求說明 進行重測序或者GBS時，hapmap是比較常見的格式，生信中經(jīng)常使用這種格式。但是在GWAS和GS中，數(shù)據(jù)篩選，質(zhì)控，構(gòu)建矩陣都是使用的plink的格式。本文介...
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5. GWAS：群體結(jié)構(gòu)——Admixture群體結(jié)構(gòu)是指材料的亞群分化情況，會導致標記間的非連鎖關(guān)聯(lián)，進而導致關(guān)聯(lián)分析結(jié)果出現(xiàn)假陽性。 地理隔離、人工選擇、移民和遺傳漂變等都可能導致群體分化。 是指遺傳變異在物種或群體...
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群體結(jié)構(gòu)分析
目的：對群體結(jié)構(gòu)和親緣關(guān)系進行評估以確定使用的統(tǒng)計模型和獲得相應的矩陣 評估內(nèi)容（遺傳上差異過大應剔除，相似性高的保留其一） Structure是與PCA、進化樹相似的方法，...
