可以分享一下可視化的方法嗎
基因家族分析 | 預(yù)測(cè)基因家族收縮與擴(kuò)張(orthofinder,cafe)以下參照 hoptop的「基因組學(xué)」使用OrthoFinder進(jìn)行直系同源基因分析這篇帖子試跑了一遍 1.軟件安裝 2.數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 下載「基因組學(xué)」使用OrthoFinder進(jìn)...
老師您好,我想問(wèn)一下我運(yùn)行完orthofinder,genetree文件夾下面啥也沒(méi)有是什么情況呢
基因家族分析之orthofinder后續(xù)結(jié)果的R分析基因樹(shù)利用orthofinder分析基因家族后,可以獲得genetree和speciestree 結(jié)果。我們可以利用R包來(lái)可視化基因樹(shù)和物種數(shù),并對(duì)其進(jìn)行簡(jiǎn)單的編輯。 1.下載安裝...
一、OrthoFinder的安裝 使用之前記得查看幫助文檔: 二、OrthoFinder的使用OrthoFinder需要蛋白編碼的Fasta(fa)文件作為輸入,所以首先我們...
怎么解決的啊
為什么orthofinder的結(jié)果沒(méi)有g(shù)ene_tree的文件?我重新運(yùn)行了三次,但總是沒(méi)有g(shù)ene_tree的文件,我真是要哭了,怎么就是沒(méi)有結(jié)果呢?難道是數(shù)據(jù)文件沒(méi)有處理好?但是我是從ncbi下載的fasta蛋白序列,我也檢查了,沒(méi)有...
Homolog是同源基因。 Orthologs,Orthologues 直系同源,是指不同物種之間的基因,起源于共同的祖先,基因功能可能一樣,但又因?yàn)檫M(jìn)化的關(guān)系,使得功能有...
首先非常感謝Cj大神開(kāi)發(fā)出來(lái)的TBtools生信工具,為生信分析做圖帶來(lái)了極大的便利。作為生信小白,在做多物種間共線性分析時(shí),嘗試了多種方法,苦于沒(méi)有計(jì)算機(jī)基礎(chǔ),一直沒(méi)能完成...
寫在前面 沒(méi)想到,上個(gè)選修課,準(zhǔn)備示例數(shù)據(jù)和鏡像上,竟然花了我三四天....主要原因還是,「網(wǎng)速太差」。搞七搞八,終于搞定。盡管整完之后,我其實(shí)擔(dān)心學(xué)生拿到這個(gè)使用文檔也不知...
@蒼櫻拍子_3bfe 沒(méi)有呀
7. Blast2Go2019.12.4 https://www.blast2go.com 不知道為啥我的注冊(cè)碼激活不了,試了很久,都不行,哎。出現(xiàn)Please use the OmicsBox ...
很多時(shí)候,我們一直想做到出色,做到出彩,但是比我們優(yōu)秀的人,卻在相同的方向上,做了十年,出彩了十年,而且他們沒(méi)有停下腳步~~ 寫在前面 Emmm,GO注釋常常是一個(gè)有點(diǎn)爭(zhēng)議的...
寫在前面 早前已經(jīng)推過(guò)《新手eggNOG-Mapper詳細(xì)教程》,但仍然有很多人遇到使用問(wèn)題。換句話,可能那個(gè)教程不能徹底解決大伙遇到的問(wèn)題。于是我決定寫一個(gè)完美的教程,徹底...
2019.12.4 https://www.blast2go.com 不知道為啥我的注冊(cè)碼激活不了,試了很久,都不行,哎。出現(xiàn)Please use the OmicsBox ...
注冊(cè)的時(shí)候提示Captcha Empty. Please retry.也沒(méi)有看到哪里也填寫,請(qǐng)問(wèn)有解決的辦法嗎
7. Blast2Go2019.12.4 https://www.blast2go.com 不知道為啥我的注冊(cè)碼激活不了,試了很久,都不行,哎。出現(xiàn)Please use the OmicsBox ...
OrthoFinder結(jié)果文件 運(yùn)行標(biāo)準(zhǔn)OrthoFinder會(huì)產(chǎn)生一系列文件:直系同源組、直系同源、基因樹(shù)、物種樹(shù)、基因復(fù)制事件、比較基因組學(xué)數(shù)據(jù)。結(jié)果文件在所分析物種的....