Odds Ratios： 這里的odds ratios是事情發(fā)生與事情不發(fā)生的比先舉個例子吧，若有兩個人支持某球隊贏，四個人支持球隊輸，那么支持贏的odds ratios =...
發(fā)簡信
IP屬地：伊利諾伊州
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學習：StatQuest-Odds Ratios and Log(Odds Ratios)
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如何獲得BirdTree的一致樹（consensus tree）
以下只用到了R中的ape包 1. 從BirdTree下載大量樹文件 有Hackett和Ericson兩種backbone。文獻中見到的更多的是Hackett。 一個文件是10...
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@生信小撰 學習了一下MK和HKA，應該都是需要種內(nèi)的多態(tài)性信息，如果每個物種只有單個基因組應該做不了
從參考基因組(序列)和SNPs(位點)入手的Ka/Ks（dN/dS）選擇分析的基本思路流程
Update Mar 9, 2023: 多物種尋找orthologs可以用OrthoFinder： https://github.com/davidemms/OrthoFin...
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Hyphy，不亞于Paml的選擇壓力分析的優(yōu)秀軟件，使用指北
近幾年來，Hyphy的使用人數(shù)越來越來多，雖然不及paml，但這款軟件的一些優(yōu)秀特性使得它值得受到使用和關注。首先相比paml，hyphy有以下幾大優(yōu)點： 操作使用簡單。 運...
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Multiz 使用陷阱
REF: https://www.biochen.org/cn/blog/[https://www.biochen.org/cn/blog/] axtToMaf 處最終命名...
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關于PhastCons和SIFT4G的使用
由于分析需求需要使用PhastCons分析DNA的保守序列，以及使用SIFT軟件分析氨基酸變異的有害性，經(jīng)過一段時間的探索，對這兩款軟件已經(jīng)有了還算全面的認識，在此記錄一下分...
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multiple whole genome alignment寫在前面：在上億年的進化歷程中，基因組經(jīng)歷了大大小小的改變。從小的核苷酸突變、插入、缺失到大的基因缺失、重復、基因組重排和水平基因轉移?；蚪M比對可以通過比對序列中的同源區(qū)域...
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現(xiàn)代共存理論MCT (Chesson 2000)
1. 摘要 物種共存（species coexistence）是生物多樣性維持研究中（maintenance of biodiversity）的焦點問題。物種共存可以是穩(wěn)定的...
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浙江大學生態(tài)系（自然科學）<br>牛津大學地理系（社會科學）<br>愛好：閱讀、寫作、數(shù)學、藝術<br>Email - haoran.wu@wolfson.ox.ac.uk<br>Website - <a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fecology357067738.wordpress.com%2F" target="_blank">https://ecology357067738.wordpress.com/</a>
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廣度優(yōu)先搜索算法（BREADTH-FIRST-SEARCH）上次在介紹完功能強大的深度優(yōu)先搜索算法(DFS)后，這次我來給大家介紹一下另一個功能類似且同樣強大的經(jīng)典算法——廣度優(yōu)先搜索算法 Breadth-First-Search（B...
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一個簡單的景觀生態(tài)學“斑塊”patch計數(shù)算法寫了一個景觀生態(tài)學“斑塊”統(tǒng)計的比較簡單的遞歸算法，每次發(fā)現(xiàn)一個斑塊（這里指考慮了標準化的正方形區(qū)域），向四個方向擴散并判斷連接性，直到全部碰壁。然后把這些點放入列表里，避免...
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集群各節(jié)點postgres開放訪問創(chuàng)建database以后，進入data文件夾（也可以是用戶自定義的那個文件夾） 修改兩個文件：postgresql.conf 和 pg_hba.conf 1）postgres...
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Linux 非root用戶安裝postgres
首先得有root權限。Centos 7上已經(jīng)安裝了postgres，后面需要把它停掉。 1）下載文件先安裝依賴：https://www.postgresql.org/down...
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非平穩(wěn)過程 Non-Stationary processhttps://www.investopedia.com/articles/trading/07/stationary.asp[https://www.investopedi...
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Multiverse Analyses 示例網(wǎng)站
https://explorablemultiverse.github.io[https://explorablemultiverse.github.io] 可交互的pape...
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Data Leakage了吧
Python+GBDT算法實戰(zhàn)——預測實現(xiàn)100%準確率
原文地址：https://finthon.com/python-gbdt-prediction/-- 全文閱讀3分鐘 -- 在本文中，你將學習到以下內(nèi)容： GBDT算法實現(xiàn) ...
