一般還要加上保守序列建樹和全基因組建樹,才算
單拷貝直系同源基因構建物種進化樹最近用Orthofinder做物種進化樹,最后出來的物種樹的結(jié)構跟已發(fā)表研究的結(jié)果差距較大,在我的印象里Orthofinder軟件是用單拷貝直系同源基因進行建樹的,然后跟老師...
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摘要 枝角類是一種小型甲殼綱動物,是淡水浮游動物群落中的優(yōu)勢生物之一,通常被稱為“水蚤”或“紅蟲”,隸屬于節(jié)肢動物門、甲殼綱,鰓足亞綱、枝角目。在進化過程中,為了更好的保證種...
首先推薦Kobashttp://kobas.cbi.pku.edu.cn/kobas3/genelist/[http://kobas.cbi.pku.edu.cn/kobas...
前幾天pycharm激活時間過期了,想著正好可以用用Notepad++,可能是習慣了pycharm 的自動補全,自動糾錯等一系列懶人操作,用了兩天各種不習慣,今天就哆嗦著把p...
https://www.uniprot.org/[https://www.uniprot.org/] 1.UniProtKB 包括Swiss-Prot和TrEMBL數(shù)據(jù)庫Un...
之前一直用prokka來注釋細菌測序完成后得到的基因序列,一方面是后續(xù)分析所用格式大部分都是需要prokka輸出的gff,另一方面也是自己先入為主認為prokka就是注釋的唯...
orthovenn2[https://orthovenn2.bioinfotoolkits.net/home]image.png 點擊startimage.png 選擇物種對...
Step 1 wget -bc -r -np -nH -nd ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/COG/COG2020/data/fastawget -b...
首先導入相應的R包和數(shù)據(jù)。(上面程序里用到的幾個R包需要用biomanager來安裝。)hsa_kegg_anno即包含了KEGG數(shù)據(jù)庫中,所有與人有關的pathway的全部...