為什么要學(xué)python？因?yàn)榇髷?shù)據(jù)時(shí)代來了，我不想當(dāng)這個(gè)時(shí)代的文盲。 為什么稱為“長程”，因?yàn)檫@課或許我會(huì)開設(shè)十年以上。 課程的分為兩個(gè)模塊 第一模塊： 是為我的兒子...
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長程Python培訓(xùn)課程
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好記性不如爛筆頭，溫故而知新。踏實(shí)一些，不要著急，你想要的歲月都會(huì)給你！
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【linux】單行命令-第2部分：Bioinformatics one-liners
單行命令，化繁為簡，重劍無鋒，大巧不工。接下來學(xué)習(xí)生信實(shí)用單行命令。 基礎(chǔ)awk和sed命令 sed: stream editor流編輯器 提取文件的2，4，5列： 輸出文件...
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GWAS全基因組關(guān)聯(lián)分析流程（BWA+samtools+gatk+Plink+Admixture+Tassel）
我梳理了GWAS全基因組關(guān)聯(lián)分析的整個(gè)流程，并提供了基本的命令，用到的軟件包括BWA、samtools、gatk、Plink、Admixture、Tassel等，在此分享出來...
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中國科學(xué)院遺傳發(fā)育所 生物信息學(xué)博士<br>專注于基因組組裝和群體重測序研究
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MegaBlast—更快得定位目標(biāo)序列
introduction 序列比對是生物信息中永不過時(shí)的一個(gè)話題，是任何想要入行的人都必須掌握的一項(xiàng)技能。把一段序列定位到一個(gè)基因組上，找到它的同源序列，更是其中的一個(gè)經(jīng)典問...
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【不定期更新】Bedtools大全--42個(gè)子命令介紹參考鏈接： 用法大全: 官方說明：https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/overview.htmlBedtool...
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WGS全基因組分析||VCFTOOLS使用
寫在前面：當(dāng)學(xué)習(xí)某一重要文件格式時(shí)，更需要對此格式對應(yīng)軟件工具進(jìn)行全面的學(xué)習(xí)（如sam/bam——samtools）。在多次花時(shí)間寫腳本處理文件之后發(fā)現(xiàn)，80%左右的任務(wù)其實(shí)...
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比對軟件（DNA or RNA序列）的區(qū)別
文章僅是記錄自己的學(xué)習(xí)使用，有錯(cuò)誤請指出，我立刻改正！ 更多說明：https://zhuanlan.zhihu.com/p/451939113[https://zhuanla...
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從零開始完整學(xué)習(xí)全基因組測序（WGS）數(shù)據(jù)分析：第1節(jié) DNA測序技術(shù)前言 基因測序已是時(shí)下熱門，目前除了華大基因之外，其他分布于全中國的大型測序平臺(tái)（HiSeq X 10）還有約10個(gè)，每個(gè)每年大概能完成1.8萬人的高深度全基因組測序，加起來...
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從零開始完整學(xué)習(xí)全基因組測序（WGS）數(shù)據(jù)分析：第4節(jié) 構(gòu)建WGS主流程這篇文章很長，超過1萬字，是本系列中最重要的一篇，因?yàn)槲也⒎侵皇窃诤唵蔚馗嬖V大家?guī)讞l硬邦邦的操作命令。對于新手而言不建議碎片時(shí)間閱讀，對于有一定經(jīng)驗(yàn)的老手來說，相信依然可以有...
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Meta genomics Covid review
Metagenomic analysis reveals oropharyngeal microbiota alterations in patients with COVI...
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SnpEff：vcf注釋軟件安裝及應(yīng)用需要準(zhǔn)備的內(nèi)容: 環(huán)境：Linux 或 Ubuntu，已經(jīng)安裝openjdk 文件：通過 GATK 流程得到的變異或者 VCF 格式的文件 參考文件：對應(yīng)基因組版本的 gff...
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全基因組重測序流程【超細(xì)致！！】
自己在研究生的第一個(gè)項(xiàng)目就是處理重測序數(shù)據(jù)，在做的過程中參考了很多資料，現(xiàn)在把整個(gè)重測序的上游分析流程分享給大家，一些關(guān)鍵環(huán)節(jié)已經(jīng)幫大家踩過坑了，相信跟著學(xué)習(xí)實(shí)踐一定能夠收獲...
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Samtools使用大全
一、簡介 Samtools是一個(gè)用于操作sam和bam格式文件的應(yīng)用程序集合，具有眾多的功能。 它從SAM（序列比對/映射）格式導(dǎo)入和導(dǎo)出，進(jìn)行排序，合并和索引，并允許快速檢...
