為什么要學(xué)python?因?yàn)榇髷?shù)據(jù)時(shí)代來了,我不想當(dāng)這個(gè)時(shí)代的文盲。 為什么稱為“長程”,因?yàn)檫@課或許我會(huì)開設(shè)十年以上。 課程的分為兩個(gè)模塊 第一模塊: 是為我的兒子...
為什么要學(xué)python?因?yàn)榇髷?shù)據(jù)時(shí)代來了,我不想當(dāng)這個(gè)時(shí)代的文盲。 為什么稱為“長程”,因?yàn)檫@課或許我會(huì)開設(shè)十年以上。 課程的分為兩個(gè)模塊 第一模塊: 是為我的兒子...
單行命令,化繁為簡,重劍無鋒,大巧不工。接下來學(xué)習(xí)生信實(shí)用單行命令。 基礎(chǔ)awk和sed命令 sed: stream editor流編輯器 提取文件的2,4,5列: 輸出文件...
我梳理了GWAS全基因組關(guān)聯(lián)分析的整個(gè)流程,并提供了基本的命令,用到的軟件包括BWA、samtools、gatk、Plink、Admixture、Tassel等,在此分享出來...
introduction 序列比對是生物信息中永不過時(shí)的一個(gè)話題,是任何想要入行的人都必須掌握的一項(xiàng)技能。把一段序列定位到一個(gè)基因組上,找到它的同源序列,更是其中的一個(gè)經(jīng)典問...
參考鏈接: 用法大全: 官方說明:https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/overview.htmlBedtool...
寫在前面:當(dāng)學(xué)習(xí)某一重要文件格式時(shí),更需要對此格式對應(yīng)軟件工具進(jìn)行全面的學(xué)習(xí)(如sam/bam——samtools)。在多次花時(shí)間寫腳本處理文件之后發(fā)現(xiàn),80%左右的任務(wù)其實(shí)...
文章僅是記錄自己的學(xué)習(xí)使用,有錯(cuò)誤請指出,我立刻改正! 更多說明:https://zhuanlan.zhihu.com/p/451939113[https://zhuanla...
前言 基因測序已是時(shí)下熱門,目前除了華大基因之外,其他分布于全中國的大型測序平臺(tái)(HiSeq X 10)還有約10個(gè),每個(gè)每年大概能完成1.8萬人的高深度全基因組測序,加起來...
這篇文章很長,超過1萬字,是本系列中最重要的一篇,因?yàn)槲也⒎侵皇窃诤唵蔚馗嬖V大家?guī)讞l硬邦邦的操作命令。對于新手而言不建議碎片時(shí)間閱讀,對于有一定經(jīng)驗(yàn)的老手來說,相信依然可以有...
Metagenomic analysis reveals oropharyngeal microbiota alterations in patients with COVI...
需要準(zhǔn)備的內(nèi)容: 環(huán)境:Linux 或 Ubuntu,已經(jīng)安裝openjdk 文件:通過 GATK 流程得到的變異或者 VCF 格式的文件 參考文件:對應(yīng)基因組版本的 gff...
自己在研究生的第一個(gè)項(xiàng)目就是處理重測序數(shù)據(jù),在做的過程中參考了很多資料,現(xiàn)在把整個(gè)重測序的上游分析流程分享給大家,一些關(guān)鍵環(huán)節(jié)已經(jīng)幫大家踩過坑了,相信跟著學(xué)習(xí)實(shí)踐一定能夠收獲...
一、簡介 Samtools是一個(gè)用于操作sam和bam格式文件的應(yīng)用程序集合,具有眾多的功能。 它從SAM(序列比對/映射)格式導(dǎo)入和導(dǎo)出,進(jìn)行排序,合并和索引,并允許快速檢...