相分離或者說(shuō)相變（Phase separation，Phase Transition）是目前比較火的一個(gè)研究領(lǐng)域，已有的研究表明相分離在細(xì)胞中普遍存在，與基因組的組裝、轉(zhuǎn)錄調(diào)...
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火起來(lái)的“相分離”是什么？ -
用pathview包給KEGG pathway涂色
前幾天有個(gè)客戶給過(guò)來(lái)一個(gè)需求，簡(jiǎn)單說(shuō)就是一堆基因列表附帶數(shù)值，需要將其按照數(shù)值不同涂色在KEGG pathway上。 這個(gè)活兒我還真沒(méi)干過(guò)，記得KEGG官網(wǎng)上有工具，去看了...
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samtools，bedtools1 samtools ? SAM全稱是Sequence Alignment/Map, 是目前最常用的存放比對(duì)或聯(lián)配數(shù)據(jù)的格式。無(wú)論是重測(cè)序，還是轉(zhuǎn)錄組，還是表觀組， 幾乎所有...
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轉(zhuǎn)錄組入門(6)： reads計(jì)數(shù)要求 實(shí)現(xiàn)這個(gè)功能的軟件也很多，還是煩請(qǐng)大家先自己搜索幾個(gè)教程，入門請(qǐng)統(tǒng)一用htseq-count，對(duì)每個(gè)樣本都會(huì)輸出一個(gè)表達(dá)量文件。需要用腳本合并所有的樣本為表達(dá)矩陣。參考...
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轉(zhuǎn)錄組入門（7）：差異表達(dá)分析這個(gè)步驟推薦在R里面做，載入表達(dá)矩陣，然后設(shè)置好分組信息，統(tǒng)一用DEseq2進(jìn)行差異分析，當(dāng)然也可以走走edgeR或者limma的voom流程。基本任務(wù)是得到差異分析結(jié)果，進(jìn)...
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原始數(shù)據(jù)下載的幾種方法
How to download All Sra data At Once SRA: Sequence Read Archive: It belongs to NCBI (Na...
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處理conda安裝工具的動(dòng)態(tài)庫(kù)問(wèn)題——解決記錄問(wèn)題記錄 在conda的某工作環(huán)境下使用rmats2rmats2sashimiplot作圖的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)有一個(gè)報(bào)錯(cuò)：無(wú)法找到libcrypto.so.1.0.0，我查看了游一下...
