Seurat standard pipeline[#seurat-standard-pipeline]創(chuàng)建Seurat對象[#%E5%88%9B%E5%BB%BAseurat...
IP屬地：江蘇
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R-Seurat單細胞數(shù)據(jù)分析流程 -
快速修剪-多序列比對結(jié)果-構(gòu)建靠譜的進化樹寫在前面 年初在汕頭婚宴上，我問一個朋友，現(xiàn)在在做什么工作。他回復(fù)了我： 但行好事，莫問前程。 現(xiàn)在看來，挺好。 構(gòu)建進化樹的基礎(chǔ)是序列對齊，或者說多序列比對。做序列對齊的主...
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使用SnapATAC分析單細胞ATAC-seq數(shù)據(jù)（一）: SnapATAC簡介與安裝SnapATAC簡介 SnapATAC (Single Nucleus Analysis Pipeline for ATAC-seq) 是一個能夠快速、準(zhǔn)確和全面分析單細胞A...
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單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析流程回顧一下：什么是單細胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)？ 細胞異質(zhì)性是生物組織的普遍特征。由于傳統(tǒng)的轉(zhuǎn)錄組測序(RNA-Seq)技術(shù)的測序水平是在個體或群體水平上對數(shù)萬個細胞進行轉(zhuǎn)錄組測序，因...
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recos基因組及共線性可視化簡介 這篇簡文主要介紹一下recos軟件的安裝，以及該軟件可以繪制什么樣的基因組共線性圖。與circos類似，它可以將基因組之間的共線性和基因組的相關(guān)特性展示到圖中，不同的是...
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GBKviz：可能是easyfig最好的替代GBKviz 是一個基于 web 的 Genbank 數(shù)據(jù)可視化和比較工具，使用 streamlit web 框架開發(fā)。 GBKviz 允許用戶在用戶指定的基因組區(qū)域（PNG...
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用scaffold10x基于10x genomics數(shù)據(jù)做genome scaffolding
背景介紹 在得到初步的組裝結(jié)果之后，如果手上有10x genomics的基因組測序數(shù)據(jù)的話，除了可以用supernova基于10x數(shù)據(jù)獨立組裝出一個新版本的基因組外(詳見我的...
