hisat2 align begining to analysis raw data, you should be clean the fastq data. Here we...
發(fā)簡信
IP屬地：湖北
-
RNA-seq align
-
-
上百個動植物基因組組裝（華中農已畢業(yè)的生物狗）的分析小經(jīng)驗~不定時記錄日常搬磚踩坑記錄~<br>學無止境，溫故而知新~說清楚問題，有問有回，禮貌的人才能得到回復
-
小弟讀過兩年書，塵世中一個迷途小書僮<br><br>歡迎訪問: <a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fthereallda.github.io%2F" target="_blank">https://thereallda.github.io/</a>
-
沒有寫出來潛在的bugger
上傳數(shù)據(jù)到proteomexchange
上傳蛋白質組學數(shù)據(jù)到proteomexchange 1. 登錄網(wǎng)址http://proteomecentral.proteomexchange.org 2. 用郵箱注冊自己的...
-
遺傳學 博士
-
-
kmeans_k = 2 ？這個具體是什么意思呢？
pheatmap熱圖技巧合集
突然間發(fā)現(xiàn)，我一做熱圖就用pheatmap幾乎不存在第二個選項了。是時候跑一遍pheatmap的demo了. Examples scale是一個值得注意的參數(shù)，它旨在說明你想...
-
實驗重復算是不同批次嗎？
去除批次效應
我需要把多個數(shù)據(jù)集的數(shù)據(jù)合到一起怎么辦？直接inner_join()或者cbind()就可以拿來用嗎？當然不行！進行進一步分析之前，你還得去除一下批次效應！不同數(shù)據(jù)集在不同批...
-
-
“FPKM和TPM都是樣本內可比，樣本間不可比”這個是為什么呢？
xshell轉錄組hisat-samtools-StringTie下載安裝運用
下載 創(chuàng)建hisat目錄 進入 下載 建議：去官網(wǎng)下2.0的更好，能多線程跑 解壓 配置環(huán)境(網(wǎng)上教程) 因為我是xshell交互式login shell，所以用的是prof...
-
@像鳥一樣飛過你的高山導入包之后的數(shù)據(jù)集好像不存在的
monocle 擬時序分析
擬時序分析指的是根據(jù)不同細胞亞群基因表達量隨時間的變化情況，構建細胞譜系發(fā)育。這個時間并不是真的時間，而是一個虛擬的時序列，是指細胞與細胞之間的轉化和演替的順序和軌跡。 mo...
-
你的代碼好像不能重現(xiàn)
monocle 擬時序分析
擬時序分析指的是根據(jù)不同細胞亞群基因表達量隨時間的變化情況，構建細胞譜系發(fā)育。這個時間并不是真的時間，而是一個虛擬的時序列，是指細胞與細胞之間的轉化和演替的順序和軌跡。 mo...
-
分組是不是有點問題
edgeR
edgeR 主要是利用了多組實驗的精確統(tǒng)計模型或者適用于多因素復雜實驗的廣義線性模型。 前者叫做“經(jīng)典edgeR”， 后者叫做”廣義線性模型 edgeR“。 定義的read數(shù)...
-
對于分類之后的行順序，能否導出來呢？
R語言：手把手教你畫pheatmap熱圖
R語言：手把手教你畫pheatmap熱圖 微生態(tài) 導讀： pheatmap默認會對輸入矩陣數(shù)據(jù)的行和列同時進行聚類，但是也可以通過布爾型參數(shù)cluster_rows和clus...
-
請問下eclip呢？
CLIP的研究方法
CLIP的英文全稱為cross-linking immunoprecipitation，即交聯(lián)免疫沉淀。 是一種利用紫外交聯(lián)技術，將RNA與蛋白之間互作的弱作用力（如范德華力...
-
這個不是全局的吧
一個有意思的R小函數(shù)-sweep
劉小澤寫于19.7.17哇，一轉眼好多天沒更新啦，不行不行要向隔壁花花學習。如果你不知道花花是誰，請關注我們的公眾號“生信星球”今天學習到了一個函數(shù)sweep 前言 對數(shù)據(jù)框...
-
你的代碼有個問題，在‘ha <- HeatmapAnnotation(annot_df, col = col, show_legend = FALSE)’這個命令中，會報錯，因為在heatmapannotation函數(shù)是需要name這個信息的，請校驗。
R語言學習筆記之熱圖繪制
TaoYan 簡介 本文將繪制靜態(tài)與交互式熱圖，需要使用到以下R包和函數(shù)：heatmap():用于繪制簡單熱圖的函數(shù)heatmap.2():繪制增強熱圖的函數(shù)d3heatma...
-
@bio_meow 如果按照您這樣說，vsd轉換后不能后續(xù)的表達差異分析了，那么這個在使用這個包，什么時候做的normalize呢？還是不需要做呢？
DESeq2詳細用法
1.構建DESeq2對象 （1）從SummarizedExperiment對象構建DESeqDataSet對象 se為RangedSummarizedExperiment對象...
-
