前言 最近在看一些關(guān)于生態(tài)、遺傳、基因組進(jìn)化等的文獻(xiàn)，其中有個(gè)很多人用的也用了很久的用以判斷物種選擇壓力的數(shù)值，（Ka/Ks）。發(fā)現(xiàn)在國內(nèi)的資料中比較少，即使有，也只是教大家...
發(fā)簡信
IP屬地：上海
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用以判斷選擇壓力的Ka/Ks的計(jì)算 -
sam/bam格式：源于別人的最全的寫在前面 以下摘自別人簡書；因?yàn)槲覒?，或者你看：chrome-extension://cdonnmffkdaoajfknoeeecmchibpmkmg/assets/pdf/...
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NGS數(shù)據(jù)比對之BWABWA[http://bio-bwa.sourceforge.net/]主要是將reads比對到大型基因組上，主要功能是：序列比對。首先為大型參考基因組建立索引，然后將rea...
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基因家族鑒定與分析關(guān)于基因家族鑒定及表達(dá)分析步驟，包括數(shù)據(jù)的獲取，軟件的使用，步驟流程。需要批量的重復(fù)步驟可使用腳本來完成。 1.1 此頁面下載 hmm文件 1.2 blastp 比對鑒定...
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【小提普】Linux查看文件分隔符
如果你想知道Linux里某個(gè)文件的分隔符都是什么，最便捷的方法就是打開文件看看啦，但有時(shí)候也會(huì)看錯(cuò)，或是文件太大搜索某個(gè)分隔符耗時(shí)太長。 用程序員的方法看就是下面醬紫啦
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eQTL歸納幾篇eQTL相關(guān)文章。 1.轉(zhuǎn)自https://www.cnblogs.com/Acceptyly/p/3904108.html 首先QTL是數(shù)量性狀位點(diǎn)，比如身高是一個(gè)...
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基因家族鑒定流程（二） 用blast、mmseqs、diamond、hmmer搜索同源蛋白本文章將介紹 ①類blast軟件blast、mmseqs、diamond、hmmer的比較 ②blast、mmseqs、diamond、hmmer的使用 ③用四種軟件的實(shí)踐操...
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R包ggplot2畫散點(diǎn)圖+循環(huán)批量畫+一些基本設(shè)置之前畫圖用的都是師兄寫好的流程，這次需要自己畫一些簡單的圖了，中間涉及學(xué)到的一些小知識就都放這里啦，初學(xué)者，內(nèi)容不是很全。 library（ggplot2）#這個(gè)應(yīng)該都知道，...
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R語言循環(huán)多個(gè)文件畫圖生成一個(gè)or批量生成多個(gè)pdf文件
這是我第一次寫簡書上面的文章，為什么這一次提筆想記錄一下整個(gè)下午自己遇見問題，解決問題的過程，以前都是自己解決完問題記錄在有道云筆記上就OK了，今天感覺像這樣的過程在以往的科...
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python爬蟲系列之 xpath實(shí)戰(zhàn)：批量下載壁紙一、前言 在開始寫爬蟲之前，我們先了解一下爬蟲 首先，我們需要知道爬蟲是什么，這里直接引用百度百科的定義 網(wǎng)絡(luò)爬蟲（又被稱為網(wǎng)頁蜘蛛，網(wǎng)絡(luò)機(jī)器人，在FOAF社區(qū)中間，更經(jīng)常的...
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python爬蟲系列之 xpath：html解析神器
一、前言 通過前面的文章，我們已經(jīng)知道了如何獲取網(wǎng)頁和下載文件，但是前面我們獲取的網(wǎng)頁都是未經(jīng)處理的，冗余的信息太多，無法進(jìn)行分析和利用 這一節(jié)我們就來學(xué)習(xí)怎么從網(wǎng)頁中篩選自...
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Numpy：二維數(shù)組按照某列、行排序
假設(shè)data是一個(gè)numpy.narray類型的二維數(shù)組，可以利用argsort()函數(shù)進(jìn)行行、列的排序，代碼如下：
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linux下R的安裝（conda）出于各種原因，我想自己下個(gè)R，想要的版本是3.6版本的R，下載方式是通過conda下載，安裝在了自己的home目錄下，下面是具體過程，參考了：https://www.jian...
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wget命令下載文件時(shí)，網(wǎng)址后自帶的%OD
問題： 昨晚用wget下載文件的時(shí)候，不知道為什么，網(wǎng)址最后總是帶上%OD，導(dǎo)致no found。 事件過程： 1、過程截圖木有了，當(dāng)時(shí)用的wget命令如下（-c表示斷點(diǎn)傳續(xù)...
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biostar第八課 Blast
Blast Blast有好幾個(gè)工具，blastn,blastp,blastx還有tblastn，tblastx blast 是干啥的 就是你有一條query的reads，他幫...
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snpEff注釋vcf關(guān)于snpEff：SNPeff比bcftools具有更多的注釋功能。snpeff是用于變異注釋的軟件，其中的eff是effect的意思，也就是變異的影響，雖然叫做snpeff...
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linux命令-持續(xù)更新ing目前用到的都是比較簡單的，但是因?yàn)槭窍肫饋砘蛘哒f用到了就來補(bǔ)，所以比較亂...： 一、cut linux cut 命令提取指定列 - 簡書 (jianshu.com)[htt...
