方法常用參數(shù)：plt.plot(x, y, 'xxx', label=, linewidth=) 參數(shù)1：位置參數(shù)，點(diǎn)的橫坐標(biāo)，可迭代對(duì)象 參數(shù)2：位置參數(shù)，點(diǎn)的縱坐標(biāo)，可迭...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：紐約州
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matplotlib.pyplot.plot 繪制點(diǎn)線圖 -
R語言match函數(shù)的應(yīng)用舉例
數(shù)據(jù)篩選是在分析中最常用的步驟，如數(shù)據(jù)挖掘分析中，從TCGA或GEO得到的表達(dá)矩陣要不斷篩選，來進(jìn)行數(shù)據(jù)整理。match函數(shù)是生信技能樹生信爆款入門課程[https://mp...
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R語言可視化（九）：韋恩圖繪制09.韋恩圖繪制 清除當(dāng)前環(huán)境中的變量 設(shè)置工作目錄 gplots包繪制韋恩圖 VennDiagram包繪制韋恩圖
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ggplot2修改坐標(biāo)軸默認(rèn)情況 以下以ToothGrowth數(shù)據(jù)為例。 修改坐標(biāo)軸labels的顏色、字體、大小和角度 將坐標(biāo)軸labels改為粗體、大小為14、45度角度。 刪掉坐標(biāo)軸文本和ti...
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sort配合awk對(duì) GTF文件進(jìn)行重新排序
Hello，我是倚劍聽雨，每日隨手更新~帶你看生信小白的日常！ 如果你也打算在 hg19的 GTF 文件里添加 tRNA和 rRNA 的數(shù)據(jù)。 首先，tRNA 數(shù)據(jù)可以在GE...
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motif分析——從實(shí)戰(zhàn)到原理（Homer篇）一、不求甚解系列 軟件下載及配置 conda安裝： conda install -c bioconda homer 使用configureHomer.pl完成HOMER軟件的...
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第3篇：用MACS2軟件call peaks學(xué)習(xí)目標(biāo)： 學(xué)會(huì)用MACS2 call peaks 理解MACS2 call peaks的結(jié)果 Peak Calling Peak calling即利用計(jì)算的方法找出ChIP...
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生信格式中的0-base與1-base
CheatSheet 首先先放上 0-based 和 1-based 的cheatsheet FormatTypeUCSC Genome Browser tables（USC...
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正態(tài)性檢驗(yàn)之qqplot和ppplot原理及R語言實(shí)現(xiàn)1. 簡(jiǎn)單實(shí)現(xiàn)qq圖 輸入為一個(gè)vector，我們以a <- seq(1, 250, 1)做為示例數(shù)據(jù) 利用qqnorm函數(shù)直接繪制出了如下正態(tài)檢驗(yàn)qq圖 還可以進(jìn)一步使用q...
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Seurat4.0系列教程8：細(xì)胞周期評(píng)分和回歸分析我們展示了如何通過基于傳統(tǒng)細(xì)胞周期相關(guān)marker計(jì)算細(xì)胞周期得分，并在預(yù)處理過程中將這些分?jǐn)?shù)從數(shù)據(jù)中回歸，以消除 scRNA-seq 數(shù)據(jù)中細(xì)胞周期異質(zhì)性的影響。我們?cè)谛∈?..
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比對(duì)軟件STAR的使用
在之前的學(xué)習(xí)和練習(xí)里，比對(duì)這一步我使用過bowtie2（DNA比對(duì)）和hisat2（RNA-seq比對(duì)），現(xiàn)在學(xué)習(xí)另一個(gè)很火的軟件：STAR。STAR能夠發(fā)現(xiàn)非典型拼接和嵌合...
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）之細(xì)胞通訊軟件之間的分析比較hello，大家好， 這一次給大家分享一下有關(guān)各個(gè)通訊軟件之間的結(jié)果是否具有一致性，當(dāng)然，做細(xì)胞通訊的軟件非常多了，我也分享了很多，但是分享不是目的，用起來才是我們的終極目的...
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測(cè)序中的Y型接頭
一直說比對(duì)之前要去接頭，那么我們?nèi)サ慕宇^是什么樣子的呢？我一開始以為就是在待測(cè)序的reads加上一段堿基順序已知的序列就可以了，后來發(fā)現(xiàn) 情況和我想象的不大一樣。怎么回事捏？...
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R語言可視化（四十）：網(wǎng)絡(luò)圖繪制40. 網(wǎng)絡(luò)圖繪制 清除當(dāng)前環(huán)境中的變量 設(shè)置工作目錄 使用igraph包繪制網(wǎng)絡(luò)圖 使用ggraph包繪制網(wǎng)絡(luò)圖 使用networkD3包繪制動(dòng)態(tài)網(wǎng)絡(luò)圖
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02 回歸算法 - 線性回歸求解 θ（最大似然估計(jì)求解）回顧線性回歸的公式：θ是系數(shù)，X是特征，h(x) 是預(yù)測(cè)值。h(x) = θ0 + θ1x1 + θ2x2 + … + θnxnh(x) = Σ θixi（ i=0~n ...
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公眾號(hào) R語言數(shù)據(jù)分析指南，歡迎大家關(guān)注
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基因家族分析(3) ggplot2繪制基因結(jié)構(gòu)圖本節(jié)我們繼續(xù)來進(jìn)行基因家族數(shù)據(jù)可視化的第3節(jié)教程，通過ggplot2繪制一個(gè)富有美感的基因結(jié)構(gòu)圖&蛋白保守結(jié)構(gòu)域圖，喜歡的小伙伴歡迎關(guān)注，多多支持，原文鏈接：https://...
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跟著Nature Genetics學(xué)畫圖：R語言ggtree給進(jìn)化樹的枝分組映射顏色今天推文重復(fù)的圖來自于 論文Whole-genome resequencing of 445 Lactuca accessions reveals the domestica...