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2025-02-12本地部署cherry studio使用阿里云百煉的deepseek -
@錢多多多好運(yùn)連連 awk 'print $1"\t"$4"\t"$5"' 只需要染色體號(hào) 起始和終止
2024-03-01 全基因組circos圖到底怎么畫---使用R包c(diǎn)irclize。
circos可以說(shuō)是基因組文章必備的主圖了?，F(xiàn)在也有好多教程，先分別探討下個(gè)人喜好點(diǎn)。 circos的軟件。看官網(wǎng)的圖，是不是非常酷炫。但是真正用好，研究明白會(huì)很痛苦。因?yàn)樗?..
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@麥田里的守望者_(dá)98a5 看你要做啥 個(gè)人覺(jué)得細(xì)胞質(zhì)基因組適用。全基因組做了結(jié)果會(huì)很多不好總結(jié) 看你自己選取的物種類型吧
2024-11-07 Notung踩坑記錄
2.9.1.5版本 貌似不需要修改基因樹(shù)名字為gene_species格式了 也不需要修改物種名A_b為A-b，直接運(yùn)行就可以？？？for i in ../Gene_Tree...
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@徒喚奈何_c5f0 但是很詭異的是 別的基因組來(lái)跑EDTA就會(huì)有40-60的結(jié)果 。不知道您剛提到這些軟件合起來(lái)的結(jié)果會(huì)是多少
2024-07-26 關(guān)于基因組重復(fù)序列的分析
大致上可以分為兩步：第一步是從情況不明（新）基因組中注釋。第二步是優(yōu)化和后續(xù)分析 一、注釋重復(fù)序列在不同物種中含量不同，但是有TElib，比如 GyDB Intro - Gy...
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2024-12-19 perl模塊 YAML:XS 安裝踩坑記錄
最近（也不算是最近），BRAKER注釋已經(jīng)更新到3了，難免會(huì)介意自己還在使用1.9版本。舊版本沒(méi)什么毛病但是還是想要用最新版。大佬們對(duì)于braker的使用已經(jīng)介紹的很清楚了，...
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2024-11-07 Notung踩坑記錄
2.9.1.5版本 貌似不需要修改基因樹(shù)名字為gene_species格式了 也不需要修改物種名A_b為A-b，直接運(yùn)行就可以？？？for i in ../Gene_Tree...
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2024-07-26 關(guān)于基因組重復(fù)序列的分析
大致上可以分為兩步：第一步是從情況不明（新）基因組中注釋。第二步是優(yōu)化和后續(xù)分析 一、注釋重復(fù)序列在不同物種中含量不同，但是有TElib，比如 GyDB Intro - Gy...
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@云巔之上 那種很龐大的樹(shù)我也沒(méi)做過(guò)，不過(guò)我覺(jué)得還是一支一只做最后拼起來(lái)比較靠譜，如果進(jìn)化距離太遠(yuǎn)了也不會(huì)有足夠的單拷貝基因做樹(shù)
2023-05-21運(yùn)用多種軟件使用單拷貝同源基因構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)
參考：利用orthofinder尋找單拷貝基因構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù) - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)[http://www.itdecent.cn/p/52c2b99615f...
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2024-03-01 全基因組circos圖到底怎么畫---使用R包c(diǎn)irclize。
circos可以說(shuō)是基因組文章必備的主圖了?，F(xiàn)在也有好多教程，先分別探討下個(gè)人喜好點(diǎn)。 circos的軟件?？垂倬W(wǎng)的圖，是不是非?？犰拧５钦嬲煤?，研究明白會(huì)很痛苦。因?yàn)樗?..
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2024-02-01半年沒(méi)寫文章了...寫個(gè)總結(jié)理清思路
最近在寫文，其實(shí)寫結(jié)論反倒是最簡(jiǎn)單的（這里的簡(jiǎn)單不是說(shuō)傳統(tǒng)意義上的簡(jiǎn)單，只是不麻煩，動(dòng)腦子查查其他論文，實(shí)在不行扔給我導(dǎo)就行（并不）），我最討厭的是把數(shù)據(jù)描述出來(lái)的最基礎(chǔ)那塊...
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怎么給共線性圖按照不同染色體改線條的顏色呢
插件 | 超快！全基因組共線性分析
寫在前面 伴隨著越來(lái)越多的全基因組序列公布，比較基因組分析已然常規(guī)生信數(shù)據(jù)分析技能。MCScan 是最為常用的軟件之一。久前，TBtools 已經(jīng)將該軟件打包，同時(shí)開(kāi)放了一鍵...
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2023-07-06依據(jù)WGDI的使用，自己動(dòng)手寫一個(gè)小腳本（注：沒(méi)寫完 不好用）
參考來(lái)源如何用WGDI進(jìn)行共線性分析(上) - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)[http://www.itdecent.cn/p/a50548e81ac0]分析基因組共線...
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全基因組復(fù)制 WGD |（二）Ka/Ks及4Dtv值計(jì)算轉(zhuǎn)自：http://www.itdecent.cn/p/9d28de3d18e6[http://www.itdecent.cn/p/9d28de3d18e6] 一、4Dt...
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2023-06-02在集群運(yùn)行腳本時(shí)會(huì)遇到的一些報(bào)錯(cuò)
在集群運(yùn)行腳本（python，perl，sh）時(shí)會(huì)遇到一些錯(cuò)誤?？偨Y(jié)一下，以防手忙腳亂。(更新中）很基礎(chǔ)的，自己打字玩。 1. 明明已經(jīng)安裝了python的模塊，運(yùn)行的時(shí)候就...
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2023-05-23 augustus訓(xùn)練正在更新。英文是真的看不習(xí)慣。參考：使用MAKER進(jìn)行基因注釋(高級(jí)篇之AUGUSTUS模型訓(xùn)練） - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)[https://www.jiansh...
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2023-05-23 wgd軟件的安裝。分析
參考使用wgd進(jìn)行全基因組復(fù)制分析 - 知乎 (zhihu.com)[https://zhuanlan.zhihu.com/p/123875815]大神寫過(guò)的我不贅述了。記錄...
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2023-05-22比較基因組分析大致流程
1. 下機(jī)數(shù)據(jù)的質(zhì)檢，組裝?；蚪Msurvey可以預(yù)測(cè)基因組大小。 （三代測(cè)序長(zhǎng)，但不準(zhǔn)，可以用二代協(xié)助組裝。還可以測(cè)HiC進(jìn)行染色體級(jí)別的組裝。不同的測(cè)序手段選擇不同的組裝...
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2023-05-10組裝基因組（數(shù)據(jù)來(lái)源：ONT測(cè)序和二代WGS）
初步大綱我三代數(shù)據(jù)量不多，只有30x，師姐說(shuō)用二代補(bǔ)。她說(shuō)先組裝scaffold，然后polish，然后scaffolding，然后gapcloser。說(shuō)實(shí)話 不是很懂為什么...