># perl源碼安裝報(bào)錯(cuò) ```bash >$ make >...... >make[1]: *** [IO.o] Error 1 >make[1]: Leaving di...
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在安裝python的模塊時(shí),報(bào)以上錯(cuò)誤,需要安裝libffi包。 libffi的安裝 安裝完之后,一定要把libffi的lib和include加到環(huán)境變量 Python的重新...
降解組的分析,目前主流的軟件為CleaveLand4,他可以通過測(cè)序數(shù)據(jù)來尋找miRNA與基因的剪切位點(diǎn),從而驗(yàn)證miRNA靶基因的準(zhǔn)確性。 CleaveLand4軟件安裝 ...
基因的染色體定位分析 利用tbtools的 Gene Location Visualize From GTF/GFF工具,對(duì)染色體進(jìn)行位置的繪制,這種是棒狀的染色體圖。 若想...
家族成員的確定 找到 ”Batch-CDD"工具,輸入上一步獲得的hitdata.txt文件,以及蛋白序列文件,點(diǎn)擊"start“,對(duì)其結(jié)構(gòu)進(jìn)行可視化. 基因家族的特征測(cè)定 ...
此版本為無代碼版本,依賴tbtools來實(shí)現(xiàn),純粹記錄自己的學(xué)習(xí)經(jīng)驗(yàn)。 蛋白序列的blast比對(duì) 選擇擬南芥基因家族的蛋白序列文件 選擇你想要查找的基因家族的基因組蛋白文件 ...
由于最近用R語言跑的數(shù)據(jù)比較多,且都是重復(fù)的操作,跑一次時(shí)間長(zhǎng),所以嘗試了下并行運(yùn)算,所用的包為 parallel ,使用簡(jiǎn)單,易于上手。 parallel的用法 paral...
@[TOC](SraToolkit 下載與安裝) 第一步:進(jìn)入NCBI選擇“Download”, 進(jìn)入后選擇“Download Tools”工具下載。 第二步:選擇“SRA ...
上一篇文章:【群體結(jié)構(gòu)】CLUMPP軟件使用[http://www.itdecent.cn/p/c2f252041e37] 前面講到利用CLUMPP合并多個(gè)K值的結(jié)果,這邊...
最近在做群體結(jié)構(gòu)分析,群體結(jié)構(gòu)三劍客:structure、pac和kinship。這邊我主要用的軟件是structure,畢竟比較老牌,正常一個(gè)K值只要1天時(shí)間,我感覺還能接...
featureCounts的安裝 在轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行統(tǒng)計(jì)基因count數(shù)的時(shí)候,Htseq-count與featureCounts為使用最多的軟件,其中htseq-count的速度...
群體進(jìn)化-gwas分析 群體進(jìn)化基礎(chǔ)分析 PCA 分析原理PCA(Principal Component Analysis),即主成分分析方法,是一種使用最廣泛的數(shù)據(jù)...
一、數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 首先,選取不同物種的Protein數(shù)據(jù)集:Arabidopsis_thaliana.fa;Citrus_grandis.fa;Dimocarpus_longan...
Fasta序列長(zhǎng)度的計(jì)算的原理就是將不同染色體長(zhǎng)度存入哈希,最后用length去計(jì)算哈希元素(字符串)的長(zhǎng)度。 perl腳本如下: 將上述代碼寫入length文件,并chmo...
在群體遺傳學(xué)相關(guān)的系數(shù)計(jì)算這一塊,vcftools是個(gè)很好的工具,操作簡(jiǎn)單,可以從變異檢測(cè)的vcf出發(fā),直接計(jì)算Pi系數(shù),TajimaD系數(shù)以及Fst系數(shù),還是比較方便。 安...
引言 今天給大家?guī)硪粋€(gè)關(guān)于“撒幣“的問題,說起”撒幣“,最經(jīng)典就是二項(xiàng)分布,也就是你拿起一枚硬幣拋向空中,當(dāng)它轉(zhuǎn)體n個(gè)360°,最后華麗的落在地上,出現(xiàn)正面或者反面的概率。...
先寫在前面,人生苦短,我用python。 此文作為自己的一個(gè)小筆記,記錄自己的爬蟲的一些東西,此處為為爬取起點(diǎn)小說網(wǎng)的首頁(yè)的全部小說,使用語言python,使用庫(kù)lxml以及...