># perl源碼安裝報(bào)錯(cuò) ```bash >$ make >...... >make[1]: *** [IO.o] Error 1 >make[1]: Leaving di...
IP屬地：上海
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Perl源碼安裝碰到的坑
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西澳大學(xué)生物信息博士一枚<br>研究方向: 植物泛基因組與群體基因組學(xué)的挖掘<br><br>簡(jiǎn)信不回答問題，有問題發(fā)至<br>lakeseafly50@gmail.com
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【pyhton報(bào)錯(cuò)】ModuleNotFoundError: No module named '_ctypes'
在安裝python的模塊時(shí)，報(bào)以上錯(cuò)誤，需要安裝libffi包。 libffi的安裝 安裝完之后，一定要把libffi的lib和include加到環(huán)境變量 Python的重新...
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【降解組分析】利用CleaveLand4進(jìn)行降解組分析
降解組的分析，目前主流的軟件為CleaveLand4，他可以通過測(cè)序數(shù)據(jù)來尋找miRNA與基因的剪切位點(diǎn)，從而驗(yàn)證miRNA靶基因的準(zhǔn)確性。 CleaveLand4軟件安裝 ...
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用tbtools進(jìn)行基因家族分析《三》基因的染色體定位分析 利用tbtools的 Gene Location Visualize From GTF/GFF工具，對(duì)染色體進(jìn)行位置的繪制，這種是棒狀的染色體圖。 若想...
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用tbtools進(jìn)行基因家族分析《二》家族成員的確定 找到 ”Batch-CDD"工具，輸入上一步獲得的hitdata.txt文件，以及蛋白序列文件，點(diǎn)擊"start“，對(duì)其結(jié)構(gòu)進(jìn)行可視化. 基因家族的特征測(cè)定 ...
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用tbtools進(jìn)行基因家族分析《一》此版本為無代碼版本，依賴tbtools來實(shí)現(xiàn)，純粹記錄自己的學(xué)習(xí)經(jīng)驗(yàn)。 蛋白序列的blast比對(duì) 選擇擬南芥基因家族的蛋白序列文件 選擇你想要查找的基因家族的基因組蛋白文件 ...
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【R語言】parallel實(shí)現(xiàn)多線程
由于最近用R語言跑的數(shù)據(jù)比較多，且都是重復(fù)的操作，跑一次時(shí)間長(zhǎng)，所以嘗試了下并行運(yùn)算，所用的包為 parallel ，使用簡(jiǎn)單，易于上手。 parallel的用法 paral...
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SraToolkit工具下載與安裝
@[TOC](SraToolkit 下載與安裝) 第一步：進(jìn)入NCBI選擇“Download”, 進(jìn)入后選擇“Download Tools”工具下載。 第二步：選擇“SRA ...
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【群體結(jié)構(gòu)】structure結(jié)構(gòu)圖繪制上一篇文章：【群體結(jié)構(gòu)】CLUMPP軟件使用[http://www.itdecent.cn/p/c2f252041e37] 前面講到利用CLUMPP合并多個(gè)K值的結(jié)果，這邊...
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【群體結(jié)構(gòu)】CLUMPP軟件使用
最近在做群體結(jié)構(gòu)分析，群體結(jié)構(gòu)三劍客：structure、pac和kinship。這邊我主要用的軟件是structure，畢竟比較老牌，正常一個(gè)K值只要1天時(shí)間，我感覺還能接...
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【轉(zhuǎn)錄組】基因定量分析 featureCounts的使用
featureCounts的安裝 在轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行統(tǒng)計(jì)基因count數(shù)的時(shí)候，Htseq-count與featureCounts為使用最多的軟件，其中htseq-count的速度...
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群體進(jìn)化-GWAS分析
群體進(jìn)化-gwas分析 群體進(jìn)化基礎(chǔ)分析 PCA 分析原理PCA(Principal Component Analysis)，即主成分分析方法，是一種使用最廣泛的數(shù)據(jù)...
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基因家族擴(kuò)張與收縮分析及物種進(jìn)化樹構(gòu)建（上）一、數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 首先，選取不同物種的Protein數(shù)據(jù)集：Arabidopsis_thaliana.fa；Citrus_grandis.fa；Dimocarpus_longan...
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公眾號(hào)：TOP生物信息<br>B站：TOP菌<br>WeChat：TOPJUN996<br><br>top2讀研，學(xué)習(xí)方向：癌癥基因組、腫瘤免疫、單細(xì)胞組學(xué)
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使用perl語言計(jì)算fasta序列長(zhǎng)度
Fasta序列長(zhǎng)度的計(jì)算的原理就是將不同染色體長(zhǎng)度存入哈希，最后用length去計(jì)算哈希元素（字符串）的長(zhǎng)度。 perl腳本如下： 將上述代碼寫入length文件，并chmo...
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vcftools安裝碰到的坑
在群體遺傳學(xué)相關(guān)的系數(shù)計(jì)算這一塊，vcftools是個(gè)很好的工具，操作簡(jiǎn)單，可以從變異檢測(cè)的vcf出發(fā)，直接計(jì)算Pi系數(shù)，TajimaD系數(shù)以及Fst系數(shù)，還是比較方便。 安...
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淺談富集分析的Pvalue
引言 今天給大家?guī)硪粋€(gè)關(guān)于“撒幣“的問題，說起”撒幣“，最經(jīng)典就是二項(xiàng)分布，也就是你拿起一枚硬幣拋向空中，當(dāng)它轉(zhuǎn)體n個(gè)360°，最后華麗的落在地上，出現(xiàn)正面或者反面的概率。...
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【Python】利用lxml爬取起點(diǎn)小說網(wǎng)小說
先寫在前面，人生苦短，我用python。 此文作為自己的一個(gè)小筆記，記錄自己的爬蟲的一些東西，此處為為爬取起點(diǎn)小說網(wǎng)的首頁(yè)的全部小說，使用語言python，使用庫(kù)lxml以及...
