作者，Evil Genius 本周開始，我們要開始上空間轉(zhuǎn)錄組的系列課程了。 空轉(zhuǎn)可以在單細(xì)胞、多細(xì)胞或亞細(xì)胞分辨率上進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析，同時(shí)保留復(fù)雜組織中細(xì)胞的幾何定位信息。 ...
IP屬地：英格蘭
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空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)解析方法系統(tǒng)總結(jié) -
課前準(zhǔn)備----空間轉(zhuǎn)錄組R版本的harmony整合（封裝版）
作者，Evil Genius 關(guān)于空間轉(zhuǎn)錄組的整合分析已經(jīng)是非常常見了，昨天分享的是python版本，隨著數(shù)據(jù)量不斷地增大，R版本的計(jì)算效率明顯下降，但是作為一種更加具有接受...
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雞（Gallus_gallus）轉(zhuǎn)錄組實(shí)戰(zhàn)
1 軟件安裝 http://www.itdecent.cn/p/eb89ab4af035[http://www.itdecent.cn/p/eb89ab4af035]li...
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如何在t-SNE或UMAP圖上展示每個(gè)細(xì)胞線粒體的UMI比率/Features/nCount數(shù)1.載入所需要的包和數(shù)據(jù)集（GSE174430） 2.每個(gè)細(xì)胞的線粒體UMI比率 3.每個(gè)細(xì)胞的Feature數(shù) 4.每個(gè)細(xì)胞的UMI總數(shù)
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西北農(nóng)林科技大學(xué)食品研究生
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跨物種同源基因轉(zhuǎn)換（biomaRt和homologene）2022-06-17
適用背景 當(dāng)我們進(jìn)行跨物種比較分析時(shí)會(huì)發(fā)現(xiàn)基因名對(duì)不上，或者找不到基因，這時(shí)候就需要進(jìn)行物種間的同源基因轉(zhuǎn)換。最常用的工具就是Ensembl的biomaRt，另外還查到NCB...
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空間組數(shù)據(jù)和單細(xì)胞數(shù)據(jù)的相關(guān)性分析（Seurat）2022-05-20相似關(guān)鍵詞 單細(xì)胞數(shù)據(jù)集相關(guān)性分析 空間組與單細(xì)胞數(shù)據(jù)集相關(guān)性分析 空間組數(shù)據(jù)集相關(guān)性分析 適用背景 近年來，單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序異常火爆，而與其類似的空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序很有可能成為...
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Seurat查看不同亞群的高表達(dá)基因排行（AverageExpression）2022-06-01
適用背景 雖然單細(xì)胞絕大多數(shù)時(shí)候都關(guān)注差異表達(dá)基因（DEG），但在分析中途會(huì)發(fā)現(xiàn)有些奇奇怪怪的基因會(huì)在所有細(xì)胞中都高表達(dá)，所以這篇文章才寫了下面這個(gè)函數(shù)ave_top，用于選...
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一只末流985生物
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計(jì)算生物學(xué)、統(tǒng)計(jì)學(xué)、機(jī)器學(xué)習(xí)<br>
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空間通過細(xì)胞空間排布分析銀屑病的嚴(yán)重程度作者，Evil Genius 今天我們復(fù)習(xí)，文章在Spatial transcriptomics stratifies psoriatic disease severity ...
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2023年大事年表
最近大家都在總結(jié)2023年都經(jīng)歷了什么，我也跟個(gè)風(fēng)，看看大家有沒有什么想說的。 2023年1月25號(hào)，想帶結(jié)婚對(duì)象回家過年，被拒絕。 2023年2月19日，30而立。 202...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中研究并可視化體細(xì)胞突變作者，Evil Genius 關(guān)于單細(xì)胞數(shù)據(jù)call snp的分析已經(jīng)分享了很多了，文章也發(fā)了nature，如下： 關(guān)于空間轉(zhuǎn)錄組和SNP的一些答疑[https://www....
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空間轉(zhuǎn)錄組的鄰域差異圖繪制(高精度平臺(tái)HD)作者，Evil Genius 昨晚響應(yīng)號(hào)召，一直值班到凌晨4點(diǎn)，各方面的消息來看，昨晚沒有跳橋的。 但是官方的態(tài)度真讓人寒心。 今天太原下雨，我們來畫一畫圖吧，做空間分析的童...
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時(shí)空轉(zhuǎn)錄組圖譜揭示了人類大腦發(fā)育的區(qū)域特征（Stereo-seq）作者，Evil Genius 相對(duì)于單細(xì)胞，國內(nèi)的空間技術(shù)發(fā)展還是比較落后的，國外早就有了CODEX等高精度空間平臺(tái)，目前國內(nèi)最好的空間平臺(tái)，無疑還是華大的Stereo-se...
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多尺度動(dòng)力學(xué)模型表征空間細(xì)胞穩(wěn)態(tài)|Nat. Methods作者，Evil Genius 今天參考的文章在Spatial transition tensor of single cells[https://www.nature.com...
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空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫匯總作者，Evil Genius 分享一個(gè)數(shù)據(jù)庫，CROST, CROST應(yīng)用標(biāo)準(zhǔn)化處理流程整合了182個(gè)高質(zhì)量的空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)集，涵蓋8個(gè)不同物種、35種組織類型和56種疾病的...
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空間組學(xué)反卷積分析的挑戰(zhàn)與展望作者，Evil Genius 破譯細(xì)胞類型異質(zhì)性對(duì)于系統(tǒng)地理解組織穩(wěn)態(tài)及其在疾病中的失調(diào)至關(guān)重要。計(jì)算反卷積是從各種組學(xué)數(shù)據(jù)中估計(jì)細(xì)胞型豐度的有效方法。 參考文獻(xiàn) 任何復(fù)雜組...
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這個(gè)世界流行離開，但我們卻不擅長告別
