在R中進(jìn)行整理，pmap格式在下面帖子中有詳細(xì)介紹。第一列為SNP的ID，第二列為chr，第三列為SNP的位置，第四列開始為每個(gè)性狀的SNP的P值。9.3 GWAS：關(guān)聯(lián)分析...
發(fā)簡信
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9.5 GWAS顯著SNP篩選及曼哈頓圖繪制 -
跑通GWAS，用這些腳本就夠了最近跑通了一遍GWAS分析，全程在linux操作，雖然具體還有好多需要微調(diào)的地方，先把代碼整理分享出來mark一下 前期準(zhǔn)備 1.理論知識 強(qiáng)烈推薦百邁客云課堂課程GWAS生...
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GWAS基本分析內(nèi)容之前給大家大致介紹了GWAS在臨床生信分析中的概況，包括一些基本概念，原理和注意事項(xiàng)（出門左手邊—>臨床生物信息學(xué)中的GWAS分析），這次具體講講GWAS基本分析內(nèi)容及結(jié)果解...
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第9章 聚類不同于分類和回歸，聚類不需要事先的任何參考分類信息，可以簡單地通過判斷數(shù)據(jù)特征的相似性來完成對數(shù)據(jù)的歸類。 層次聚類不需要事先指定族的個(gè)數(shù)，以系統(tǒng)樹的形式展現(xiàn)。 k均值聚類扁...
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關(guān)于調(diào)整ggplot2圖形背景，圖例，XY軸范圍及標(biāo)簽等的問題不知道大家有沒有印象，其實(shí)關(guān)于調(diào)整ggplot2圖形背景，圖例，XY軸范圍及標(biāo)簽等的問題在我們往期公眾號有推文介紹過，但是以前給大家介紹的是利用ggThemeAssist 包...
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全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）-基本分析內(nèi)容1、GWAS 流程 image.png數(shù)據(jù)質(zhì)控? 1）按分型百分比條件過濾，多數(shù)文章剔除缺失率在20%以上的位點(diǎn)，樣本量較大的群體中，可以將缺失率小于50%的位點(diǎn)都保留；? ...
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9.3 GWAS：關(guān)聯(lián)分析——EMMAXEMMAX是關(guān)聯(lián)分析速度提升的一個(gè)代表性算法, 已廣泛應(yīng)用于棉花、大豆和水稻等的復(fù)雜性狀關(guān)聯(lián)分析。EMMAX認(rèn)為，每一個(gè)SNP對復(fù)雜性狀的解釋率都很低，每個(gè)組件的方差在運(yùn)算中...
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博主收徒么，自學(xué)太難啦??，經(jīng)常遇到瓶頸無法解決
[推免]個(gè)人科研經(jīng)歷導(dǎo)航
寫在最前面 首先向老師們問好，我也沒想到平時(shí)隨手寫寫的內(nèi)容可以用來介紹自己的科研經(jīng)歷。由于本人知識有限，以下內(nèi)容如有錯(cuò)誤，請您指正。 本科四年的科研學(xué)習(xí)經(jīng)歷 大一大二期間主要...
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躺著舒服嗎？那是留給死人的~<br>（一個(gè)憑興趣嘮嗑的本科生）<br>簡書不更新了，在我自己的網(wǎng)站<a href="https://links.jianshu.com/go?to=http%3A%2F%2F118.31.35.204%2F" target="_blank">http://118.31.35.204/</a>更新
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GWAS - 基因型與表型的關(guān)聯(lián)分析流程這里介紹的SNP數(shù)據(jù)與單一表型的相關(guān)分析流程 一、準(zhǔn)備plink文件 ped和map文件轉(zhuǎn)換為bed、fam、bim mydata為ped和map的文件名，不需要加后綴mak...
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GWAS學(xué)習(xí)筆記（2）-GWAS分析具體流程y一、認(rèn)識文件名 五大格式文件：ped&mapbed&fam&bim 各自存儲何種數(shù)據(jù) 五種格式 ①ped（pedigree，家系）：包含樣本的譜系信息和基因型信息，必須與f...
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PLINK+TASSEL做GWAS+Post-GWAS分析此視頻來自B站，是非常好和全的的一個(gè)GWAS操作的視頻，從開始準(zhǔn)備軟件下載，數(shù)據(jù)過濾，到最后的候選基因注釋。GWAS的實(shí)戰(zhàn)視頻https://www.bilibili.com...
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GWAS分析-R包GAPIT (四)GAPIT (Genome Associated Prediction Integrated Tool),是一個(gè)R包，使用Gapit可以進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析和基因組預(yù)測（選擇...
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GWAS分析 (一)接觸全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）已經(jīng)一年半有余，從剛開始對GWAS的全然無知到現(xiàn)在慢慢了解，越來越能體會到這項(xiàng)技術(shù)的了不起。同時(shí)，越來越多的科研工作者也在使用這項(xiàng)技術(shù)，然后就...
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【Linux】 awk快速匹配合并2個(gè)表格作為三劍客之一的awk的功能不用多介紹了，文本處理能力不輸Perl，尤其是在命令行快速使用。（當(dāng)然Perl的單行命令也是很強(qiáng)的） 需求 我有一個(gè)表格1（轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫文件）t...
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【宏基因組】MEGAN4，MEGAN5和MEGAN6的Linux安裝和使用MEGAN（Metagenome Analyzer）是宏基因組學(xué)進(jìn)行物種和功能研究的常用軟件，實(shí)際上現(xiàn)在的Diamond+MEGAN6已經(jīng)是一套比較完整的物種和功能注釋流程了...
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基因組常見文件格式
[toc] vcf文件（4.2） 格式說明 官方文檔：https://samtools.github.io/hts-specs/VCFv4.2.pdf[https://sam...
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我的GWAS學(xué)習(xí)筆記上個(gè)月中旬，出于對GWAS的好奇，我參加了一個(gè)培訓(xùn)班，之后又花了一周的時(shí)間來整理聽課筆記，感覺現(xiàn)在對GWAS已經(jīng)有了一個(gè)比較全面的認(rèn)識。 在call SNP之后，做GWAS之...
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我什么時(shí)候才能像你希望優(yōu)秀
[推免]個(gè)人科研經(jīng)歷導(dǎo)航
寫在最前面 首先向老師們問好，我也沒想到平時(shí)隨手寫寫的內(nèi)容可以用來介紹自己的科研經(jīng)歷。由于本人知識有限，以下內(nèi)容如有錯(cuò)誤，請您指正。 本科四年的科研學(xué)習(xí)經(jīng)歷 大一大二期間主要...