發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：湖北
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生成netMHCpan輸入文件
不能直接輸入vcf真的很煩啊，氨基酸序列fasta太長(zhǎng)了還會(huì)直接Segmentation Fault 過(guò)濾獲得PASS的vcf 我只用了gatk...
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EGA(European Genome-Phenome Archive)數(shù)據(jù)申請(qǐng)下載2023-6-13更新 太大的數(shù)據(jù)還是放棄下載吧幾個(gè)月過(guò)去，本來(lái)以為pyega3不行的話ascp肯定行結(jié)果43T下載下來(lái)17T，c4gh解碼失敗...
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合并fq.gz
多個(gè)lane的fq文件合并
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ascp下載安裝報(bào)錯(cuò)處理太長(zhǎng)不看版：需要的話conda就完事了，但sra說(shuō)是用ascp也不會(huì)快了改glibc gcc后患無(wú)窮，一定要提前備份，我半個(gè)月后yum inst...
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SRA公共數(shù)據(jù)下載下載安裝SRA Toolkit 網(wǎng)址：https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloadin...
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用vcfR在RStudio-Server打開32G超大vcf文件
請(qǐng)務(wù)必設(shè)置verbose = T不然干等著也不知道是在跑還是卡住了真的很難受顯示如下
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修改時(shí)間和命令行顯示設(shè)置
root賬號(hào) 在.bashrc里添加
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CentOS7服務(wù)器配置RStudio-Server并更改R版本本操作需要root權(quán)限 2023-6-14更新 需要添加的R路徑變量有兩個(gè)，建議用conda安裝的R，我用R安不上Seurat，換成用conda...
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GATK4 BaseRecalibrator報(bào)錯(cuò)：Query asks for data past end of contig
報(bào)錯(cuò)代碼 這其實(shí)就是說(shuō)有一個(gè)read比對(duì)到contig上的時(shí)候末尾超出去了，那只要簡(jiǎn)單粗暴刪掉這對(duì)reads就不會(huì)再報(bào)錯(cuò)啦~ 尋找報(bào)錯(cuò)行 將排序...