在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中，在確定細(xì)胞類型后，除了可以進(jìn)行差異表達(dá)基因分析外，還可以針對(duì)單個(gè)細(xì)胞類型進(jìn)行分析特定分析，這時(shí)就需要我們提取細(xì)胞子集分開處理了。 一、Seurat數(shù)據(jù)格式...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：甘肅
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Seurat取子集時(shí)會(huì)用到的函數(shù)和方法 -
單細(xì)胞測(cè)序——髓系細(xì)胞注釋marker主要根據(jù)文獻(xiàn)中的描述與方法 髓系細(xì)胞分類 巨噬細(xì)胞，單核細(xì)胞，DC細(xì)胞 文獻(xiàn)一：Single-cell landscape of the ecosystem in early...
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單細(xì)胞marker整理
##20220423 ESCC_marker plasma： IGHG3、IGHG1、MZB1 JCHAIN B： CD79A、MS4A1、IGHM、CD19、CD79A、C...
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clustree ： 聚類可視化利器我們知道在研究問題時(shí)，分組是很重要的，有分組才有故事可講。比如，兩塊田一塊施肥一塊不施肥，可以做比較嘛。在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中用到較多的數(shù)據(jù)分組技術(shù)是聚類（clustering）...
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生成netMHCpan輸入文件
不能直接輸入vcf真的很煩啊，氨基酸序列fasta太長(zhǎng)了還會(huì)直接Segmentation Fault 過濾獲得PASS的vcf 我只用了gatk里的af-onl-gnomAD...
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使用bismark進(jìn)行甲基化分析并使用IGV對(duì)結(jié)果進(jìn)行可視化Bismark是進(jìn)行甲基化分析過程中常用到的軟件，可以將bisulfite處理后的測(cè)序reads比對(duì)到參考基因組上，得到參考基因組相應(yīng)位置的甲基化水平。 我的甲基化數(shù)據(jù)為WG...
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Bismark Bisulfite Mapper學(xué)習(xí)筆記（二）甲基化信息提取以及文件解讀(IV)Bismark甲基化提取 Bismark附帶一個(gè)補(bǔ)充的bismark_methylation_extractor腳本，它對(duì)Bismark結(jié)果文件進(jìn)行操作，并對(duì)每個(gè)C進(jìn)...
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Bismark Bisulfite Mapper學(xué)習(xí)筆記（一）數(shù)據(jù)預(yù)處理官方手冊(cè)（2020 Sep更新）https://github.com/FelixKrueger/Bismark/tree/master/Docs[https://github...
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DNA甲基化數(shù)據(jù)分析全流程
2021-01-01 更新 簡(jiǎn)單記錄一下平時(shí)的分析過程 和RNA-seq前期流程類似 -- 質(zhì)控、去接頭、比對(duì)參考基因組、排序 后期就是要提取甲基化位點(diǎn)，包括CpG、CHG、...
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我好像沒有add channel就直接裝上了??
ascp下載安裝報(bào)錯(cuò)處理
太長(zhǎng)不看版：需要的話conda就完事了，但sra說是用ascp也不會(huì)快了改glibc gcc后患無(wú)窮，一定要提前備份，我半個(gè)月后yum install個(gè)nlopt-devel...
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bowtie2報(bào)錯(cuò)的處理辦法因?yàn)榉敝氐膶W(xué)業(yè)，已經(jīng)很久沒有更新生信的內(nèi)容了，十分慚愧。近日在本地電腦上運(yùn)行bismark時(shí)，出現(xiàn)了奇奇怪怪的報(bào)錯(cuò)，雖然最后的解決辦法是重裝bowtie2，但還是記錄一下錯(cuò)誤...
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Bismark軟件使用入門
作者：馬可菠蘿 童蒙編輯：angelica 一、甲基化文庫(kù)建庫(kù)原理 借助重亞硫酸鹽（Bisulfite）轉(zhuǎn)換的方法被認(rèn)為是金標(biāo)準(zhǔn)，該化學(xué)試劑會(huì)將未甲基化的C進(jìn)行轉(zhuǎn)化，胞嘧啶（...
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CNVkit call CNV
最近在做CNV項(xiàng)目，整理一下用CNVkit call CNV的 pipeline 1.軟件下載和安裝 首先cnvkit是根據(jù)python寫的，所以首先需要安裝python。c...
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外顯子WES數(shù)據(jù)檢測(cè)CNV方法梳理與軟件匯總總結(jié)（看的有限）： 1. 大部分方法為基于深度（劃分區(qū)間檢測(cè)）的方法（FPKM、區(qū)域堿基數(shù)的類似FPKM算法）。 2.大部分軟件會(huì)使用對(duì)照樣本作為reference作為基線，...
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EGA(European Genome-Phenome Archive)數(shù)據(jù)申請(qǐng)下載2023-6-13更新 太大的數(shù)據(jù)還是放棄下載吧幾個(gè)月過去，本來以為pyega3不行的話ascp肯定行結(jié)果43T下載下來17T，c4gh解碼失敗了一半有這些時(shí)間干點(diǎn)啥不好，裂...
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這個(gè)軟件請(qǐng)用conda裝真的??
ascp下載安裝報(bào)錯(cuò)處理
太長(zhǎng)不看版：需要的話conda就完事了，但sra說是用ascp也不會(huì)快了改glibc gcc后患無(wú)窮，一定要提前備份，我半個(gè)月后yum install個(gè)nlopt-devel...
