8月初朋友推薦我看這本《中國人英語自學方法教程》,結果看完后,我腸子都悔青了。 這本書的封面我有印象,6年前我看到過,但卻沒買,因為那時看過一個博主的分享,這本書主要講的是用...
你真厲害,我覺得你寫出理論來了,特別好
英語聽力和口語的理論基礎為什么我們聽力不好。 很多人把自己聽力不好怪在不會連讀上,所以認為要學習和練習連讀,這個想法是不正確的。比如come in,連讀后聽起來是“comin”,但之所以能聽懂,并不...
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好文章,講的透徹
5分鐘讓你明白“軟鏈接”和“硬鏈接”的區(qū)別今天在知乎上看到一篇十分有趣的問題:如何評價微軟高級工程師癡迷于soft link這一linux常見概念? 雖然又是知名撕逼王曾某的撕逼帖,但是我還是想就題目中鏈接的問題簡單...
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用mcmctree做分歧時間估計的時候遇到報錯: 問題是序列不符合phylip格式,每個名字沒有區(qū)分開 1.使用以下命令行將orthofinder處理好的多序列比對結果,fa...
-x 提取CDS -y 提取pep
#GTF/GFF格式# gffread入門使用首先了解一下GTF/GFF的格式https://asia.ensembl.org/info/website/upload/gff.html兩者的關系如下 GTF (gene ...
樓主寫的這里:
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#根據hg19.fa提取CDS序列
gffread gencode.v19.annotation.gff3 -g hg19.fa -y tr_cds.fa
#翻譯后蛋白序列
gffread gencode.v19.annotation.gff3 -g hg19.fa -x cds.fa
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是不是寫反了?我想提CDS文件,用第一個命令,出來的tr_cds.fa是蛋白文件,
用gffread -h(help命令)看了下,是這樣寫的:
-x write a fasta file with spliced CDS for each GFF transcript(提CDS?)
-y write a protein fasta file with the translation of CDS for each record(提的CDS文件轉成pep?)
所以是不是 “-x” 和“-y” 寫反了?
首先了解一下GTF/GFF的格式https://asia.ensembl.org/info/website/upload/gff.html兩者的關系如下 GTF (gene ...
樓主真棒
R ggplot2 中reorder()如何降序喜大普奔,終于解決了reorder()降序排序的問題;舉例說明一下:首先我有兩列數據:第一列是樣品名,第二列是對應數值。 先畫個簡單的barplot: 如下圖: 我想將x軸排...
最近Orthofinder2開始陸續(xù)更新,文章已經投發(fā)到biorkix上,在網上搜了一圈,關于Orthofinder的使用的中文教程幾乎是空白的,這周就借此機會和大家一起來學...
文筆真流暢,通俗易懂,什么專業(yè)的呀?
地球史植物進化《三》這是一棵樹,可這顆樹不簡單哪!生長了多少億年了。 樹中有多少種樹?多少目?每個目中有多少品種? 讓我們將會慢慢解讀,這顆樹的樹齡有幾十億年了。 樹名叫做:植樹進化樹。 它是和...
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寫的真好
富集分析集錦搜羅了幾篇富集分析的文章,把自己覺得特別好的在此集中展出,感謝各位作者! 轉自劉小澤,Enrich me! 不管是轉錄組,還是芯片數據,或者其他有關基因的組學分析,每當數據分...