看論文 Genomic insights into the origin, domestication and diversification of Brassica jun...
IP屬地：廣東
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跟著Nature Genetics學(xué)畫(huà)圖：R語(yǔ)言ggplot2畫(huà)點(diǎn)和連線展示群體間Fst值和群體內(nèi)Pi值 -
【群體遺傳】選擇信號(hào)分析-Fst、Pi1.選擇信號(hào)分析—Fst選擇信號(hào)分析 概念 Fst：群體間遺傳分化指數(shù)，是種群分化和遺傳距離的一種衡量方法，分化指數(shù)越大，差異越大。適用于亞群體間多樣性的比較。 用于衡量種群...
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群體遺傳學(xué)統(tǒng)計(jì)指標(biāo)——群體間分歧度檢驗(yàn)（Fst）基本概念 Fst：群體間遺傳分化指數(shù)，是種群分化和遺傳距離的一種衡量方法，分化指數(shù)越大，差異越大。適用于亞群體間多樣性的比較。用于衡量種群分化程度，取值從0到1，為0則認(rèn)為兩...
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SV 合并軟件 SURVIVOR
SURVIVOR 軟件的功能： 1)Simulate SVs and evaluate existing callers.2) Merge and compare SVs w...
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使用腳本統(tǒng)計(jì)vcf文件中每條染色體變異數(shù)目現(xiàn)在有syri生成的vcf變異文件分布在每個(gè)文件夾里，提取每條染色體的變異數(shù)目。 腳本： 使用a.txt 畫(huà)圖，將數(shù)據(jù)讀入R中， 繪制箱型圖， 哎，寫(xiě)畢業(yè)論文去了
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一文總結(jié)聚類分析步驟！一、聚類 1.準(zhǔn)備工作 （1） 研究目的 聚類分析是根據(jù)事物本身的特性研究個(gè)體分類的方法，聚類分析的原則是同一類別的個(gè)體有較大相似性，不同類別的個(gè)體差異比較大。 （2） 數(shù)據(jù)...
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遺傳分化指數(shù)(Fst)的計(jì)算
在群體遺傳學(xué)中衡量群體間的遺傳分化的程度的指標(biāo)有許多種，較為常見(jiàn)的就是遺傳分化指數(shù)（Fst），fst是由F統(tǒng)計(jì)量演變而來(lái)，F(xiàn)統(tǒng)計(jì)量主要有三種（FIS，F(xiàn)IF，F(xiàn)ST）。Fst...
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芯周刊·第7期 | 空間轉(zhuǎn)錄組解析新冠后遺癥中肺部組織病變的時(shí)空表達(dá)譜01 非人靈長(zhǎng)類動(dòng)物單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組和調(diào)控組參考圖譜繪制完成 非人靈長(zhǎng)類動(dòng)物在遺傳、器官結(jié)構(gòu)、生理功能、病理反應(yīng)和生化代謝等諸多方面都表現(xiàn)出與人類相似的特征，其中食蟹猴已經(jīng)成為醫(yī)...
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修改BAM文件中的染色體名字
在處理ChIP-seq數(shù)據(jù)的時(shí)候，遇到這樣一個(gè)問(wèn)題：前期我的FASTA和GTF文件中染色體的名字是1，2，3......22這樣的，但后期某些分析過(guò)程要求染色體名稱必須以ch...
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R/qtl包的QTL學(xué)習(xí)這個(gè)包有點(diǎn)恐怖，想來(lái)我寫(xiě)這個(gè)也有點(diǎn)膽戰(zhàn)心驚。http://www.rqtl.org/官網(wǎng)。 我所有的內(nèi)容的都是基于會(huì)安裝R包的基礎(chǔ)，假設(shè)你已經(jīng)安裝了qtl，當(dāng)開(kāi)始一項(xiàng)新的項(xiàng)目...
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bcftools 處理vcf文件，尋找多個(gè)vcf文件中突變的交集
目標(biāo) 通過(guò)varscan等找到somatic mutations之后，想看多個(gè)樣本的突變之間的交集。bcftools是用來(lái)處理vcf文件，可以進(jìn)行各種相關(guān)的處理和分析。 軟件...
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當(dāng)小白遇到：參考基因組和基因組注釋1、啥是參考基因組和參考基因注釋？ 俗話說(shuō)“大道至簡(jiǎn)”，咱生物界表示：這我熟呀！君不見(jiàn)，我只用ATCG 四個(gè)堿基就能上天入地，外加海底兩萬(wàn)里。嗯，沒(méi)毛病?。∽詮?1990 啟...
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recos軟件繪制突變密度在染色體上的分布圖1. recos還可以這么玩 recos開(kāi)發(fā)之初是為了展現(xiàn)同源染色體之間的共線性關(guān)系、序列結(jié)構(gòu)差異和兩個(gè)基因的各自特性，繪制出一個(gè)高質(zhì)量可以放在文章中的圖片。除了展示兩個(gè)基因...
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轉(zhuǎn)載|VCF變異統(tǒng)計(jì)及繪制染色體分布圖
VCF文件的變異分布圖，除了使用Circos圖之外，統(tǒng)計(jì)特定材料間的變異分布情況時(shí)可能會(huì)用到染色體分布圖，為了節(jié)省時(shí)間，實(shí)現(xiàn)統(tǒng)計(jì)及繪圖的自動(dòng)化，現(xiàn)提供統(tǒng)計(jì)數(shù)量用的Python...
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用R語(yǔ)言對(duì)vcf文件進(jìn)行數(shù)據(jù)挖掘.3 從vcf文件里提取有用信息
目錄 前言[http://www.itdecent.cn/p/729673778e43] 方法簡(jiǎn)介[http://www.itdecent.cn/p/d9bd081763...
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VCF格式文件的shell小練習(xí)
首先使用bowtie2軟件自帶的測(cè)試數(shù)據(jù)生成sam/bam文件，還有vcf文件代碼如下： linux練習(xí)題 把突變記錄的vcf文件區(qū)分成 INDEL和SNP條目 統(tǒng)計(jì)INDE...
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好人一生平安??！蟹蟹你??
R語(yǔ)言如何成功安裝stringi包2021.5.27
一、我的環(huán)境 Win10，64位；Rstudio-1.3.1093R-4.0.3 二、解決方案 能看到我的文章說(shuō)明大家肯定已經(jīng)到了抓耳撓腮，甚至絕望的地步了，哈哈哈，加油，只...
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染色體上畫(huà)基因結(jié)構(gòu)圖分布圖之gggenes2018-11-7 基因結(jié)構(gòu)圖繪制之gggenes 最重要的包參考鏈接補(bǔ)上 https://github.com/wilkox/gggenes 安裝包 注意這里繪圖需要將Rs...