紙上得來終覺淺,絕知此事要躬行學(xué)習(xí)要明確輸入輸出,多舉例子,多找到應(yīng)用場景,多進行檢索練習(xí)——費曼學(xué)習(xí)法 之前總感覺WGCNA已經(jīng)學(xué)習(xí)的差不多了,已經(jīng)能夠?qū)嶋H使用了,結(jié)果時間...
紙上得來終覺淺,絕知此事要躬行學(xué)習(xí)要明確輸入輸出,多舉例子,多找到應(yīng)用場景,多進行檢索練習(xí)——費曼學(xué)習(xí)法 之前總感覺WGCNA已經(jīng)學(xué)習(xí)的差不多了,已經(jīng)能夠?qū)嶋H使用了,結(jié)果時間...
基本概念 微衛(wèi)星(Microsatellite):基因組中的一類短串聯(lián)重復(fù)DNA序列,一般由1-6個核苷酸組成,呈串聯(lián)重復(fù)排列。由于其核心重復(fù)單元重復(fù)次數(shù)差異,微衛(wèi)星具有群體...
概念來源 腫瘤純度(tumor purity)指的是樣本中腫瘤細胞占所有細胞的比例。原始文獻Systematic pan-cancer analysis of tumour ...
基礎(chǔ)概念 RNA可變剪接(alternative splicing)是真核細胞調(diào)控蛋白表達的一個重要機制,指轉(zhuǎn)錄形成的前體mRNA通過去除內(nèi)含子、保留外顯子形成成熟mRNA的...
概念提出背景 腫瘤抗原根據(jù)其特異性可大致分為兩類:腫瘤特異性抗原,只存在于腫瘤細胞中;腫瘤相關(guān)抗原,在腫瘤細胞中過度表達或異常表達,在一些正常細胞中也有表達。 除了異常的表達...
使用WGCNA進行分析時,一定會遇到這兩幅圖,其中有這么幾個重要的概念,軟閾值,無尺度網(wǎng)絡(luò)分布。 使用WGCNA分析時,這兩幅圖肯定會使用到,這兩幅圖的主要價值就在于尋找軟閾...
在進行WGCNA分析中,確定軟閾值并給基因之間的相關(guān)性,加上一個冪次后,使得這種基因之間的連接度符合冪次分布。那么如何確定,或者通過統(tǒng)計學(xué)的方式檢驗,相關(guān)的分布符合冪律分布呢...
使用了WGCNA示例數(shù)據(jù),計算了矩陣兩兩相關(guān)性,發(fā)現(xiàn)其中有use這個參數(shù)當(dāng)中的設(shè)置變化時,其結(jié)果也有所變化。記錄一下。 使用的數(shù)據(jù) 使用的是WGCNA官方文檔提供的數(shù)據(jù) 使用...
在批量繪制箱型圖時,使用自定義的函數(shù),出現(xiàn)了不能比較統(tǒng)計學(xué)差異的問題。 具體問題 數(shù)據(jù)特征 數(shù)據(jù)是行是樣本,列是臨床特征+基因表達 想要繪制不同臨床特征中,基因表達箱型圖 寫...
將幾個數(shù)據(jù)集之間的交集進行可視化,除了可以利用Venn圖外,還可以使用upset這種圖形。這種方法是發(fā)表在2014年nature methods上面。Sets and int...
將幾個數(shù)據(jù)集之間的交集進行可視化,除了可以利用Venn圖外,還可以使用upset這種圖形。這種方法是發(fā)表在2014年nature methods上面。Sets and int...
這是對之前批量處理方法的一個補充,前面的文章 目錄批量處理——for循環(huán)批量計算組間差異[http://www.itdecent.cn/p/cc51ac013af6]批量處...
做數(shù)據(jù)分析,只要深入地研究,學(xué)幾種語言是應(yīng)該的,技多不壓身,其中jupyter notebook就算是一個需要了解和學(xué)習(xí)的工具。先學(xué)習(xí)了R,又擋不住好奇心,想要了解一下pyt...
相比于網(wǎng)頁工具,使用編程語言處理科研數(shù)據(jù)的一大優(yōu)勢,在于高度的定制化,以及批量處理數(shù)據(jù)的快捷性和高效性 目錄批量處理——for循環(huán)批量計算組間差異[https://www.j...
tidy流處理數(shù)據(jù)越來越流行,我想這與管道符%>% 的使用,數(shù)據(jù)處理動詞化,有著很重要的關(guān)系。 用最少的時間,解決最重要的、最常見的問題,我把這稱為是高效;剩余的難點,我把其...
緊接之前寫的select的基礎(chǔ)操作 4. 拓展2 其實select的使用,和其他函數(shù)結(jié)合搭配使用會發(fā)揮強大的作用 結(jié)合函數(shù) last_col() 選取倒數(shù)第幾列,默認是最后一...
滿滿的干貨!
R for Data Science(筆記) ---數(shù)據(jù)變換(創(chuàng)建新的變量)tidy流處理數(shù)據(jù)的方便,我想這與管道符%>% 的使用,數(shù)據(jù)處理動詞化,有著很重要的關(guān)系。 用最少的時間,解決最重要的、最常見的問題,我把這稱為是高效;剩余的難點,我把其稱為...
tidy流處理數(shù)據(jù)的方便,我想這與管道符%>% 的使用,數(shù)據(jù)處理動詞化,有著很重要的關(guān)系。 用最少的時間,解決最重要的、最常見的問題,我把這稱為是高效;剩余的難點,我把其稱為...