紙上得來終覺淺，絕知此事要躬行學習要明確輸入輸出，多舉例子，多找到應用場景，多進行檢索練習——費曼學習法 之前總感覺WGCNA已經(jīng)學習的差不多了，已經(jīng)能夠實際使用了，結果時間...
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【W(wǎng)GCNA學習筆記】兩次相關性分析 -
TCGA微衛(wèi)星不穩(wěn)定灶（MSI）數(shù)據(jù)處理基本概念 微衛(wèi)星(Microsatellite)：基因組中的一類短串聯(lián)重復DNA序列，一般由1-6個核苷酸組成，呈串聯(lián)重復排列。由于其核心重復單元重復次數(shù)差異，微衛(wèi)星具有群體...
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腫瘤純度計算（InfiniumPurify基于甲基化）
概念來源 腫瘤純度（tumor purity）指的是樣本中腫瘤細胞占所有細胞的比例。原始文獻Systematic pan-cancer analysis of tumour ...
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腫瘤可變剪切相關概念
基礎概念 RNA可變剪接（alternative splicing）是真核細胞調控蛋白表達的一個重要機制，指轉錄形成的前體mRNA通過去除內含子、保留外顯子形成成熟mRNA的...
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腫瘤新抗原突變負荷（TNB）
概念提出背景 腫瘤抗原根據(jù)其特異性可大致分為兩類：腫瘤特異性抗原，只存在于腫瘤細胞中；腫瘤相關抗原，在腫瘤細胞中過度表達或異常表達，在一些正常細胞中也有表達。 除了異常的表達...
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【W(wǎng)GCNA學習筆記】無尺度分布和軟閾值使用WGCNA進行分析時，一定會遇到這兩幅圖，其中有這么幾個重要的概念，軟閾值，無尺度網(wǎng)絡分布。 使用WGCNA分析時，這兩幅圖肯定會使用到，這兩幅圖的主要價值就在于尋找軟閾...
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R檢驗數(shù)據(jù)是否符合冪律分布在進行WGCNA分析中，確定軟閾值并給基因之間的相關性，加上一個冪次后，使得這種基因之間的連接度符合冪次分布。那么如何確定，或者通過統(tǒng)計學的方式檢驗，相關的分布符合冪律分布呢...
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矩陣相關性分析的相關參數(shù)設置使用了WGCNA示例數(shù)據(jù)，計算了矩陣兩兩相關性，發(fā)現(xiàn)其中有use這個參數(shù)當中的設置變化時，其結果也有所變化。記錄一下。 使用的數(shù)據(jù) 使用的是WGCNA官方文檔提供的數(shù)據(jù) 使用...
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箱型圖繪制時報錯處理在批量繪制箱型圖時，使用自定義的函數(shù)，出現(xiàn)了不能比較統(tǒng)計學差異的問題。 具體問題 數(shù)據(jù)特征 數(shù)據(jù)是行是樣本，列是臨床特征+基因表達 想要繪制不同臨床特征中，基因表達箱型圖 寫...
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科研繪圖——upset展示更復雜的交集情況將幾個數(shù)據(jù)集之間的交集進行可視化，除了可以利用Venn圖外，還可以使用upset這種圖形。這種方法是發(fā)表在2014年nature methods上面。Sets and int...
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科研繪圖——upset展示更復雜的交集情況
將幾個數(shù)據(jù)集之間的交集進行可視化，除了可以利用Venn圖外，還可以使用upset這種圖形。這種方法是發(fā)表在2014年nature methods上面。Sets and int...
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批量處理——把循環(huán)中產(chǎn)生的數(shù)據(jù)框合并這是對之前批量處理方法的一個補充，前面的文章 目錄批量處理——for循環(huán)批量計算組間差異[http://www.itdecent.cn/p/cc51ac013af6]批量處...
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【jupyter notebook】—— 安裝第三方python包做數(shù)據(jù)分析，只要深入地研究，學幾種語言是應該的，技多不壓身，其中jupyter notebook就算是一個需要了解和學習的工具。先學習了R，又擋不住好奇心，想要了解一下pyt...
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批量處理——兩基因不同組別中的相關性展現(xiàn)
相比于網(wǎng)頁工具，使用編程語言處理科研數(shù)據(jù)的一大優(yōu)勢，在于高度的定制化，以及批量處理數(shù)據(jù)的快捷性和高效性 目錄批量處理——for循環(huán)批量計算組間差異[https://www.j...
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R for Data Science（筆記） ---數(shù)據(jù)變換（select基礎使用）tidy流處理數(shù)據(jù)越來越流行，我想這與管道符%>% 的使用，數(shù)據(jù)處理動詞化，有著很重要的關系。 用最少的時間，解決最重要的、最常見的問題，我把這稱為是高效；剩余的難點，我把其...
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R for Data Science（筆記） ---數(shù)據(jù)變換（select組合其他函數(shù)）
緊接之前寫的select的基礎操作 4. 拓展2 其實select的使用，和其他函數(shù)結合搭配使用會發(fā)揮強大的作用 結合函數(shù) last_col() 選取倒數(shù)第幾列，默認是最后一...
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滿滿的干貨！
R for Data Science（筆記） ---數(shù)據(jù)變換（創(chuàng)建新的變量）
tidy流處理數(shù)據(jù)的方便，我想這與管道符%>% 的使用，數(shù)據(jù)處理動詞化，有著很重要的關系。 用最少的時間，解決最重要的、最常見的問題，我把這稱為是高效；剩余的難點，我把其稱為...
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R for Data Science（筆記） ---數(shù)據(jù)變換（創(chuàng)建新的變量）tidy流處理數(shù)據(jù)的方便，我想這與管道符%>% 的使用，數(shù)據(jù)處理動詞化，有著很重要的關系。 用最少的時間，解決最重要的、最常見的問題，我把這稱為是高效；剩余的難點，我把其稱為...
