作者，Evil Genius 雖然我們最近在上單細(xì)胞空間的系列課程，但畢竟現(xiàn)在在臨檢公司，我們這次分享一點(diǎn)不一樣的東西，知識面的擴(kuò)展，對大家科研項(xiàng)目很有幫助。 至于為什么不在...
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腫瘤復(fù)發(fā)檢測手段---MRD -
單細(xì)胞大樣本量數(shù)據(jù)處理新方法||Simpler single cell RNAseq data clustering聚類是分析單細(xì)胞RNA序列（scrna-seq）數(shù)據(jù)的一種常用分析方法，但數(shù)據(jù)量的快速增長會使這一過程在計(jì)算上具有挑戰(zhàn)性。準(zhǔn)確高效聚類的新方法是迫切需要的。本文提出了一種基于...
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如何看待復(fù)大發(fā)布國內(nèi)首個ChatGPT模型"MOSS"Hi, Moss. 2 月 20 日晚，復(fù)旦大學(xué)自然語言處理實(shí)驗(yàn)室發(fā)布了國內(nèi)首個具備 ChatGPT 能力的語言模型 ——MOSS，并面向大眾公開邀請內(nèi)測。 MOSS 體驗(yàn)鏈...
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細(xì)胞通訊分析【二】——CellChat分析結(jié)果可視化本期內(nèi)容同步發(fā)布于單細(xì)胞天地微信公眾號。 回顧——細(xì)胞通訊網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建 前面的帖子中我們已經(jīng)成功地進(jìn)行了細(xì)胞間通訊網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建，總的來看借助下面簡易的分析流程即可完成： 今天繼續(xù)介...
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RNA-seq：STAR 軟件比對（SLURM遞交系統(tǒng)）
索引構(gòu)建 構(gòu)建好索引后，第一次比對 構(gòu)建二次比對的新索引： PSSTAR緩存文件太大，7TB空間run 190個RNA-seq都吃不消，還是用For循環(huán)來做。
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中future包的使用跑錨點(diǎn)整合的時候遇到報錯 提示future.globals.maxSize不足解決辦法參考：stackoverflow[https://stackoverflow.com/q...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)處理小細(xì)節(jié)匯總1. Seurat對象查看當(dāng)前的Assay 在進(jìn)行了SCTransform操作后，矩陣默認(rèn)會變成SCT矩陣，如果不加設(shè)置，后續(xù)的PCA等操作都是基于SCT矩陣。修改Defau...
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帶對角線和顯著性的相關(guān)性熱圖1.目的 用對角線熱圖來展示相關(guān)性。上三角形是相關(guān)性p值(顏色和顯著性)，下三角形是相關(guān)系數(shù)，同時展示兩種信息，也沒有顯得很雜亂。 2.搜索 記得我早先見過，但當(dāng)時沒感覺這圖...
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利用流式細(xì)胞儀測細(xì)胞凋亡（Apoptosis） Annexin V/PI染色法利用流式細(xì)胞儀測細(xì)胞凋亡（Apoptosis） Annexin V/PI染色法 2020/06/0240392 工作原理： 正常細(xì)胞的表面由不對稱分布在質(zhì)膜內(nèi)葉和外葉上的脂質(zhì)...
