基因組組裝完成后，可通過查看contig的N50或者BUSCO，以及LAI評估組裝質(zhì)量。本文就LAI方法做一簡單介紹。 基因組中的重復(fù)序列大體分為兩類： 串聯(lián)重復(fù)（Tande...
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LTR組裝指數(shù)（LAI）評估基因組 -
2022-06-10關(guān)于基因組LAI評估的幾點(diǎn)思考
1. LTR鑒定和LAI評估（> 5G基因組） 1）需要同時利用LTR_Finder和LTR_harvest同時鑒定，但是這兩個都是單線程，巨慢，尤其是LTR_Finder。...
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滑窗統(tǒng)計基因組的一些特征值比如基因密度和GC含量1.劃分窗口bedtools makewindows -g Chr.length -w 50000 > 50k.windows 2.計算每個滑窗內(nèi)基因的數(shù)量 #同理可以...
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生信 | 基因組組裝實(shí)戰(zhàn)（六）：基因組質(zhì)量、一致性、保守性、LAI等評估寫在前面 以下內(nèi)容均來自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培訓(xùn)班上記錄的課堂筆記 1.基因組組裝指標(biāo)評估 為什么...
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busco軟件使用詳解BUSCO[https://busco.ezlab.org] - 組裝質(zhì)量評估軟件 BUSCO - Benchmarking Universal Single-Copy Or...
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利用R語言作PPI（免String網(wǎng)頁和安裝cytoscape法）原創(chuàng)來自https://mp.weixin.qq.com/s/xw-x_r9yq6Iiw-4LwyKvWw，本人稍作修改，原文是針對小鼠，現(xiàn)改為人類當(dāng)?shù)玫讲町惢蚝?，很多時候...
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【動植物研究動態(tài)】2022年1-3月收藏的文獻(xiàn)
微信收藏夾中的文獻(xiàn)解讀，只整理出今年2022年已收藏的部分文獻(xiàn)，之前的太多，不列了。后續(xù)計劃每周更一次，自己會看得更認(rèn)真點(diǎn)，解讀更詳細(xì)些。 Nature Genetics |...
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snp密度圖、treemix、D檢測snp密度圖 treemix畫圖ML樹 D檢測 （ABBA-BABA test） IGV 讀取bam文件 IGV導(dǎo)入基因組和bam文件。genomes>load from f...
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awk基本用法 、 awk應(yīng)用案例 、 綜合腳本
鏈接[https://tts.tmooc.cn/ttsPage/LINUX/NSDTN202012/SHELL/DAY05/COURSE/ppt.html] 一，sed其他指...
