基因組組裝完成后,可通過查看contig的N50或者BUSCO,以及LAI評估組裝質(zhì)量。本文就LAI方法做一簡單介紹。 基因組中的重復(fù)序列大體分為兩類: 串聯(lián)重復(fù)(Tande...
基因組組裝完成后,可通過查看contig的N50或者BUSCO,以及LAI評估組裝質(zhì)量。本文就LAI方法做一簡單介紹。 基因組中的重復(fù)序列大體分為兩類: 串聯(lián)重復(fù)(Tande...
1. LTR鑒定和LAI評估(> 5G基因組) 1)需要同時利用LTR_Finder和LTR_harvest同時鑒定,但是這兩個都是單線程,巨慢,尤其是LTR_Finder。...
1.劃分窗口bedtools makewindows -g Chr.length -w 50000 > 50k.windows 2.計算每個滑窗內(nèi)基因的數(shù)量 #同理可以...
寫在前面 以下內(nèi)容均來自我在菲沙基因(Frasergen[http://www.frasergen.com/])暑期生信培訓(xùn)班上記錄的課堂筆記 1.基因組組裝指標(biāo)評估 為什么...
BUSCO[https://busco.ezlab.org] - 組裝質(zhì)量評估軟件 BUSCO - Benchmarking Universal Single-Copy Or...
原創(chuàng)來自https://mp.weixin.qq.com/s/xw-x_r9yq6Iiw-4LwyKvWw,本人稍作修改,原文是針對小鼠,現(xiàn)改為人類當(dāng)?shù)玫讲町惢蚝?,很多時候...
微信收藏夾中的文獻(xiàn)解讀,只整理出今年2022年已收藏的部分文獻(xiàn),之前的太多,不列了。后續(xù)計劃每周更一次,自己會看得更認(rèn)真點(diǎn),解讀更詳細(xì)些。 Nature Genetics |...
snp密度圖 treemix畫圖ML樹 D檢測 (ABBA-BABA test) IGV 讀取bam文件 IGV導(dǎo)入基因組和bam文件。genomes>load from f...
鏈接[https://tts.tmooc.cn/ttsPage/LINUX/NSDTN202012/SHELL/DAY05/COURSE/ppt.html] 一,sed其他指...