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2022-01-20 文獻-Nature阿爾茲海默癥神經組織比較復雜，通常用單細胞核測序單細胞核測序的特征：1、每個樣本細胞量基本<40002、每個細胞里的基因基本<1000甚至<500 單細胞結...
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2022-01-21 百分位數(shù)進行細胞過濾樣本量比較大的時候推薦使用百分位數(shù)進行細胞過濾 可視化 可視化后，可以看這個標準過大概過濾掉了多少細胞 創(chuàng)建過濾后的子集
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2022-01-21 細胞注釋思路注釋用的參考數(shù)據(jù)庫 細胞類型鑒定 思路 代碼在cell_marker_annotation.R 1、查看所有marker基因 0亞群很多是T細胞...
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2022-01-21 課題設計和思路分享課題設計 思路1：單細胞數(shù)據(jù)作為起點，找出特征，去bulk數(shù)據(jù)庫驗證 思路2：bulk為起點，單細胞為終點 思路1和2對比 挖掘思路1 第一種思...
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2022-01-20 文獻-Cell-三陰性乳腺癌化療耐藥進化16年開始做，17年投稿，18年發(fā)表，在當時單細胞技術比較新 可視化研究思路很重要！ 一、WES結果 第一個角度：突變有無 化療獲益的患者外顯子...
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2022-01-20 擬時序分析-monocle2包安裝 創(chuàng)建文件夾存儲結果 用CCA后的數(shù)據(jù)進行擬時序分析 結果展示
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2022-01-17 CCA校正批次效應
批次效應強時，用CCA進行校正 先用PCA圖查看不整合前的批次效應原理在每個批次中找到相同的一組表達差異低的基因，用這組基因在每個亞群中的差異代...
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2022-01-17 cellmarker注釋
細胞類型自動化注釋 以下代碼在sub_analysis_scRNA.R中計算特定兩組細胞之間的差異基因，決定要不要把兩個亞群合并 修改具體類別名字
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2022-01-17 多個樣本單細胞分析流程讀數(shù)據(jù) 合并數(shù)據(jù)，創(chuàng)建seurat對象 合并樣本的數(shù)據(jù)可以使用cbind（） 基因數(shù)相同時或者用merge（） ...