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2022-01-20 文獻-Nature阿爾茲海默癥神經(jīng)組織比較復雜，通常用單細胞核測序單細胞核測序的特征：1、每個樣本細胞量基本<40002、每個細胞里的基因基本<1000甚至<500 單細胞結(jié)果描述 marker基因的展示...
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2022-01-21 百分位數(shù)進行細胞過濾樣本量比較大的時候推薦使用百分位數(shù)進行細胞過濾 可視化 可視化后，可以看這個標準過大概過濾掉了多少細胞 創(chuàng)建過濾后的子集
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2022-01-21 細胞注釋思路注釋用的參考數(shù)據(jù)庫 細胞類型鑒定 思路 代碼在cell_marker_annotation.R 1、查看所有marker基因 0亞群很多是T細胞的marker，可以初步注釋為...
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2022-01-21 課題設(shè)計和思路分享課題設(shè)計 思路1：單細胞數(shù)據(jù)作為起點，找出特征，去bulk數(shù)據(jù)庫驗證 思路2：bulk為起點，單細胞為終點 思路1和2對比 挖掘思路1 第一種思路可以用 ，然后用 提取上皮細...
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2022-01-20 文獻-Cell-三陰性乳腺癌化療耐藥進化16年開始做，17年投稿，18年發(fā)表，在當時單細胞技術(shù)比較新 可視化研究思路很重要！ 一、WES結(jié)果 第一個角度：突變有無 化療獲益的患者外顯子突變從右到無化療耐藥的患者外顯...
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2022-01-17 CCA校正批次效應
批次效應強時，用CCA進行校正 先用PCA圖查看不整合前的批次效應原理在每個批次中找到相同的一組表達差異低的基因，用這組基因在每個亞群中的差異代表整體基因的差異，按照這個差異...
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2022-01-17 cellmarker注釋
細胞類型自動化注釋 以下代碼在sub_analysis_scRNA.R中計算特定兩組細胞之間的差異基因，決定要不要把兩個亞群合并 修改具體類別名字
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2022-01-17 多個樣本單細胞分析流程讀數(shù)據(jù) 合并數(shù)據(jù)，創(chuàng)建seurat對象 合并樣本的數(shù)據(jù)可以使用cbind（） 基因數(shù)相同時或者用merge（） ...
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2022-01-17 單細胞數(shù)據(jù)庫1GEO 直接發(fā)郵件要數(shù)據(jù) 2EBI 點download 可以參考相同研究的marker基因用來注釋； 一般下載raw數(shù)據(jù)，不要標準化的數(shù)據(jù) 3胖老大寶數(shù)據(jù)庫 protoca...
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2022-01-12 Seurat官網(wǎng)單個樣本標準流程一、設(shè)置Seurat對象 使用的示例數(shù)據(jù)集來自10X Genome 測序的 PBMC。下載鏈接：https://s3-us-west-2.amazonaws.com/10x....
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2021-12-15任務二
教訓：1、由于大小寫不分，導致劈分字符串得到空集，浪費了很多時間?。?！2、循環(huán)中忘記重置列表，導致列表重復?。。?，浪費了很多時間！?。≈R點：re.finditer的用法f=...
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2021-12-13 任務一
周六晚上復習了一遍python的語法，深入學習了一下正則表達式。周日上午寫了3h，晚上3h，周一晚上3.5h，最后終于做得七七八八了一開始看題不太仔細，導致浪費了一些時間，下...
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2021-12-10 xty rosalind 1-10Problem1：給定一個DNA字符串s，計算符號“A”、“C”、“G”和“T”在s中的出現(xiàn)次數(shù)。 Problem2：將DNA轉(zhuǎn)為RNA。(即用"U"替換"T") Probl...
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