MetaX是一款專為宏蛋白質(zhì)組學(xué)（Metaproteomics）設(shè)計的開源工具，能夠?qū)㈦男蛄信c分類學(xué)和功能信息相結(jié)合，以幫助研究人員解答微生物在生態(tài)系統(tǒng)中的角色和功能，即“誰...
發(fā)簡信
IP屬地：安大略
-
MetaX：探索微生物分類與功能(Taxon-Function)關(guān)聯(lián)的宏蛋白質(zhì)組學(xué)綜合分析平臺 -
@jing_我愿 用的python版本是3.7以上嗎？
Python爬蟲，批量獲取知網(wǎng)文獻信息
一、前言 最近臨近畢業(yè)，寫畢業(yè)論文需要從知網(wǎng)查找大量的文獻。但去知網(wǎng)一條一條進去看摘要又略顯麻煩和浪費時間。于是，反手寫一個爬蟲，批量獲取基本信息，豈不美哉？在開始這個項目之...
-
@dayangyanga （1）是的 （2）對，多序列比對之后的PMAL格式
選擇壓力分析，從序列下載到結(jié)果繪圖
選擇壓力及基因在進化過程中所受到的壓力，也稱自然選擇。 在遺傳學(xué)中， Ka/Ks或者dN/dS表示的是非同義突變頻率(Ka)和同義突變頻率（Ks）之間的比例。 一般認為，同義...
-
都8102年了，還用fastq-dump，快換fasterq-dump吧之前寫過一篇文章Fastq-dump: 一個神奇的軟件[http://www.itdecent.cn/p/a8d70b66794c]， 詳細介紹了fastq-dump的用法...
-
R使用筆記: heatmap.2繪制熱圖筆記內(nèi)容：熱圖的應(yīng)用意義包的安裝scale的作用作圖細節(jié)：系統(tǒng)發(fā)生樹，label, color key的問題等補充：添加多行ColSideColors補充：heatmap.3...
-
【宏蛋白組】iMetaLab平臺分析腸道宏蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)一、iMetaLab簡介 宏蛋白組學(xué)是個非常小眾的領(lǐng)域，即使從事的學(xué)者也并非專門做這個，大多是作為系統(tǒng)生物學(xué)的延伸研究。業(yè)界有幾個比較有影響力的研究團隊，一是比利時根特大學(xué)的...
-
@蘇打水_cd25 需要核酸序列
選擇壓力分析，從序列下載到結(jié)果繪圖
選擇壓力及基因在進化過程中所受到的壓力，也稱自然選擇。 在遺傳學(xué)中， Ka/Ks或者dN/dS表示的是非同義突變頻率(Ka)和同義突變頻率（Ks）之間的比例。 一般認為，同義...
-
-
4. 蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)分析基礎(chǔ)（3）
說明：此篇筆記系2016-2017年由克里克學(xué)院與康昱盛主辦的蛋白質(zhì)組學(xué)網(wǎng)絡(luò)大課堂整理而成，侵刪。該課程由上海易算生物科技有限公司CEO沈誠頻博士所授。 主要知識點：--DI...
-
定量蛋白組學(xué)分析流程注意：本文完全摘抄于簡書：iTRAQ定量蛋白質(zhì)組筆記(上) 僅為個人學(xué)習(xí)使用，如有侵權(quán)，請聯(lián)系刪除，謝謝！ 前言 這篇筆記是騰訊課堂上的蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)分析教程的筆記，教程的全稱...
-
GATK4.0和全基因組數(shù)據(jù)分析實踐（上）前言 在前面的一系列WGS文章中，我講述了很多基因數(shù)據(jù)分析的來龍去脈，雖然許多同學(xué)覺得很有幫助，但是卻缺了一個重要的環(huán)節(jié)——沒有提供實際可用的數(shù)據(jù)來實戰(zhàn)完成具體的流程，不能得...
-
【6】蛋白質(zhì)組學(xué)鑒定定量軟件之MaxQuant1.簡介 2016年，德國馬普所的Cox和蛋白質(zhì)組學(xué)領(lǐng)域巨擘Matthias Mann合作開發(fā)了MaxQuant軟件（MQ），并發(fā)表在nbt上，protocol也相應(yīng)發(fā)表在n...
-
-
-
R語言繪制熱圖(一)：heatmap函數(shù)畫熱圖本篇文章介紹R語言默認熱圖函數(shù)heatmap 首先我們閱讀了說明書（文章最后） ——————** heatmap說明書**————— Draw a Heat Map Desc...
-
iTRAQ定量蛋白質(zhì)組筆記(上)
前言 前言 這篇筆記是騰訊課堂上的蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)分析教程的筆記，教程的全稱是《iTRAQ定量蛋白質(zhì)組》教程中涉及到的蛋白質(zhì)譜使用的方法是iTRAQ，分析的物種是玉米，雖然與我的...
-
相關(guān)性分析 Pearson 相關(guān)系數(shù) 和 Spearman 秩相關(guān)系數(shù)
分析連續(xù)變量之間線性相關(guān)程度的強弱，并用適當(dāng)?shù)慕y(tǒng)計指標表示出來的過程稱為相關(guān)分析。本文主要介紹比較常用的 Pearson相關(guān)系數(shù)、Spearman秩相關(guān)系數(shù)。這兩個相關(guān)性系數(shù)...
-
R語言進行相關(guān)性分析相關(guān)性分析 相關(guān)性分析是指對兩個或多個具備相關(guān)性的變量元素進行分析，從而衡量兩個變量因素的相關(guān)密切程度。相關(guān)性分析旨在研究兩個或兩個以上隨機變量之間相互依存關(guān)系的方向和密切程...
