MetaX是一款專為宏蛋白質(zhì)組學(xué)(Metaproteomics)設(shè)計的開源工具,能夠?qū)㈦男蛄信c分類學(xué)和功能信息相結(jié)合,以幫助研究人員解答微生物在生態(tài)系統(tǒng)中的角色和功能,即“誰...
MetaX是一款專為宏蛋白質(zhì)組學(xué)(Metaproteomics)設(shè)計的開源工具,能夠?qū)㈦男蛄信c分類學(xué)和功能信息相結(jié)合,以幫助研究人員解答微生物在生態(tài)系統(tǒng)中的角色和功能,即“誰...
@jing_我愿 用的python版本是3.7以上嗎?
Python爬蟲,批量獲取知網(wǎng)文獻信息一、前言 最近臨近畢業(yè),寫畢業(yè)論文需要從知網(wǎng)查找大量的文獻。但去知網(wǎng)一條一條進去看摘要又略顯麻煩和浪費時間。于是,反手寫一個爬蟲,批量獲取基本信息,豈不美哉?在開始這個項目之...
@dayangyanga (1)是的 (2)對,多序列比對之后的PMAL格式
選擇壓力分析,從序列下載到結(jié)果繪圖選擇壓力及基因在進化過程中所受到的壓力,也稱自然選擇。 在遺傳學(xué)中, Ka/Ks或者dN/dS表示的是非同義突變頻率(Ka)和同義突變頻率(Ks)之間的比例。 一般認為,同義...
之前寫過一篇文章Fastq-dump: 一個神奇的軟件[http://www.itdecent.cn/p/a8d70b66794c], 詳細介紹了fastq-dump的用法...
筆記內(nèi)容:熱圖的應(yīng)用意義包的安裝scale的作用作圖細節(jié):系統(tǒng)發(fā)生樹,label, color key的問題等補充:添加多行ColSideColors補充:heatmap.3...
一、iMetaLab簡介 宏蛋白組學(xué)是個非常小眾的領(lǐng)域,即使從事的學(xué)者也并非專門做這個,大多是作為系統(tǒng)生物學(xué)的延伸研究。業(yè)界有幾個比較有影響力的研究團隊,一是比利時根特大學(xué)的...
@蘇打水_cd25 需要核酸序列
選擇壓力分析,從序列下載到結(jié)果繪圖選擇壓力及基因在進化過程中所受到的壓力,也稱自然選擇。 在遺傳學(xué)中, Ka/Ks或者dN/dS表示的是非同義突變頻率(Ka)和同義突變頻率(Ks)之間的比例。 一般認為,同義...
說明:此篇筆記系2016-2017年由克里克學(xué)院與康昱盛主辦的蛋白質(zhì)組學(xué)網(wǎng)絡(luò)大課堂整理而成,侵刪。該課程由上海易算生物科技有限公司CEO沈誠頻博士所授。 主要知識點:--DI...
注意:本文完全摘抄于簡書:iTRAQ定量蛋白質(zhì)組筆記(上) 僅為個人學(xué)習(xí)使用,如有侵權(quán),請聯(lián)系刪除,謝謝! 前言 這篇筆記是騰訊課堂上的蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)分析教程的筆記,教程的全稱...
前言 在前面的一系列WGS文章中,我講述了很多基因數(shù)據(jù)分析的來龍去脈,雖然許多同學(xué)覺得很有幫助,但是卻缺了一個重要的環(huán)節(jié)——沒有提供實際可用的數(shù)據(jù)來實戰(zhàn)完成具體的流程,不能得...
1.簡介 2016年,德國馬普所的Cox和蛋白質(zhì)組學(xué)領(lǐng)域巨擘Matthias Mann合作開發(fā)了MaxQuant軟件(MQ),并發(fā)表在nbt上,protocol也相應(yīng)發(fā)表在n...
本篇文章介紹R語言默認熱圖函數(shù)heatmap 首先我們閱讀了說明書(文章最后) ——————** heatmap說明書**————— Draw a Heat Map Desc...
前言 前言 這篇筆記是騰訊課堂上的蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)分析教程的筆記,教程的全稱是《iTRAQ定量蛋白質(zhì)組》教程中涉及到的蛋白質(zhì)譜使用的方法是iTRAQ,分析的物種是玉米,雖然與我的...
分析連續(xù)變量之間線性相關(guān)程度的強弱,并用適當(dāng)?shù)慕y(tǒng)計指標表示出來的過程稱為相關(guān)分析。本文主要介紹比較常用的 Pearson相關(guān)系數(shù)、Spearman秩相關(guān)系數(shù)。這兩個相關(guān)性系數(shù)...
相關(guān)性分析 相關(guān)性分析是指對兩個或多個具備相關(guān)性的變量元素進行分析,從而衡量兩個變量因素的相關(guān)密切程度。相關(guān)性分析旨在研究兩個或兩個以上隨機變量之間相互依存關(guān)系的方向和密切程...