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Linux命令awk,sed使用
awk 命令使用記錄 例1, 修改fasta序列ID 若后續(xù)只需要用到序列，不需要ID的信息，就可以把ID信息完全修改掉 例2：簡化fasta序列名字 ID 修改前后對比 ...
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用Python提取FASTA中最長轉(zhuǎn)錄本在對拼裝或者數(shù)據(jù)庫下載的序列文件進行下一步分析時，我們通常會對序列進行去冗余操作，其中經(jīng)常需要提取同一個‘gene’的最長轉(zhuǎn)錄本，所以動手用python寫一個腳本。 一、基本...
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多物種無參Trinity組裝 | awk樣本列表
組裝策略 適用于設(shè)計多樣本多物種的組裝。例如100個樣本，10個物種。這里如果想直接完成10個de nove組裝，需要將所有樣本數(shù)據(jù)放到一起后，通過樣本信息表聲明每個樣本的物...
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提取最長蛋白序列（轉(zhuǎn)錄本一樣適用）
對于蛋白的fa文件，由于是每個轉(zhuǎn)錄本對應(yīng)一個蛋白序列。由于后期注釋需要以基因為單位，因此需要對fa文件進行處理，計算每一個轉(zhuǎn)錄本的蛋白序列長度，然后提取最長的蛋白序列，該序列...
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昆蟲學博士，分享實驗Protocol、生物信息、科研繪圖、中國傳統(tǒng)術(shù)數(shù)學等。
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利用TransDecoder提取轉(zhuǎn)錄本CDS、UTR序列
前言：在對miRNA進行靶標預(yù)測分析時，需要特定物種的轉(zhuǎn)錄本作為靶向的數(shù)據(jù)庫。通常對miRNA預(yù)測以3'UTR區(qū)域為主，這就需要對轉(zhuǎn)錄本數(shù)據(jù)庫進行UTR區(qū)域的提取。我在之前寫...
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使用TBtools進行本地blast并根據(jù)blast結(jié)果提取相關(guān)序列TBtools 是一個集合了超多生信處理的小工具，非常方便，而且是無命令行的操作，入門門檻極低。開發(fā)者是華南農(nóng)業(yè)大學陳程杰博士，TBtools文章地址：https://www...
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blast與blast+使用（參數(shù)、輸出文件格式）
一、BLAST+（NCBI發(fā)布于2009年） 下載地址：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATES...
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山東省花生研究所
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bedtools批量提取基因組指定位置序列
bedtools批量提取基因組指定位置序列 之前已經(jīng)介紹過很多提取序列的方法，有腳本的也有軟件的，這里再介紹一種方法。 用到軟件是bedtools，具體方法如下： Optio...
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如何快速從轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中篩選目標基因！
如何從海量高通量測序數(shù)據(jù)中篩選出目標數(shù)據(jù)？這是困擾大多數(shù)老師的一個難題！ 小編以一個excel的簡單函數(shù)為例，演示一下如何從表格中快速篩選感興趣的基因等信息。 函數(shù)的名稱是V...
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華中農(nóng)業(yè)大學博士研究生在讀，專注于生物信息學領(lǐng)域。
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