今天給小朋友數(shù)據(jù)可視化工具時候，發(fā)現(xiàn)國內很多人開發(fā)出來數(shù)據(jù)可視化平臺，可以滿足許多數(shù)據(jù)可視化需要。想著干脆整了一個目錄貼。簡單記錄下來，幾個我不時會看到的，都是非常漂亮的工作...
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整理貼 | 生物信息學數(shù)據(jù)可視化平臺~國人作品 -
植物研究相關數(shù)據(jù)庫匯總
01綜合性數(shù)據(jù)庫 http://www.bioinfo.wsu.edu/ 作物基因組、遺傳和育種研究的分析計算工具和數(shù)據(jù)庫 https://www.agbiodata.o...
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Linux scp命令遠程拷貝復制
Linux scp命令用于Linux之間復制文件和目錄。scp是 secure copy的縮寫, scp是linux系統(tǒng)下基于ssh登陸進行安全的遠程文件拷貝命令。語法 簡易...
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99%的人都不會做的Excel截斷柱狀圖文不如表，表不如圖。 Excel很大的一個優(yōu)勢是，能夠很方便地制作各種數(shù)據(jù)圖。但，有時我們制作的柱狀圖，會出現(xiàn)這樣的情況： 例：和馬云、王思聰對比年收入(本文數(shù)據(jù)純屬虛構,不...
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DNA拷貝數(shù)計算和文庫濃度換算人基因組長度約為30億堿基對，即：3*109 bp； DNA每bp平均分子量為：660 g/mol； 長度為L bp的DNA分子的分子量M為：L*660 g/mol； -1....
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基因組- genome survey（1）尚未進行基因組測序的物種，在進行基因組測序前，首先需對該物種進行 genome survey。一般通過兩個途徑：細胞遺傳學（這里只講流式細胞術）和基因組測序 1、基因組大小定...
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用MEGA軟件構建NJ樹（Neighbor-Joining）MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis)— 分子演化遺傳分析 MEGA是一款操作簡單的系統(tǒng)發(fā)育分析軟件。 NJ法構建的樹...
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構建發(fā)育樹 Bootstrap值
即自展值，可用來檢驗所計算的進化樹分支可信度。Bootstrap幾乎是構建系統(tǒng)進化樹一個必須的選項。一般Bootstrap的值>70%，則認為構建的進化樹較為可靠。如果Boo...
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使用wgd進行全基因組復制分析這篇教程是我在2019年9月左右分析WGD時的筆記。目前來看，背景介紹和軟件使用說明都基本沒啥問題。但是現(xiàn)在更建議大家使用wgdi進行比較基因組學中相關分析，教程見如何用WG...
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BUSCO評估基因組組裝和完整性BUSCO是Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs（通用單拷貝同源基因基準）的縮寫，基于基因進化（有參比對）評估基因組組裝和...
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FigTree進化樹批量修改ID教程來源https://www.omicsclass.com/article/675 FigTree可以基于系統(tǒng)進化樹分析文件nwk進行進化樹顯示和美化，具體可以參考：htt...
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統(tǒng)計-R(相關系數(shù))與R^2(決定系數(shù))傻傻分不清讀文獻時，有時求相關系數(shù)，有時求擬合優(yōu)度，到底都是什么呢？ 先給結論，R與R^2沒有關系，就如同標準差與標準誤差沒有關系一樣。 1. 相關系數(shù)（R） 定義：變量之間線性相關的...
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mcmctree估算物種分歧時間推斷物種系統(tǒng)發(fā)育關系以及分歧時間對探討物種起源與演化具有重要意義。通過最大似然法（ML）構建物種進化樹以及估算物種分化時間在比較基因組學的研究進展中已經成為了必不可少的“套路...
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代謝組差異代謝物分析簡介差異代謝物分析 差異代謝物分析包括多元統(tǒng)計分析和單維統(tǒng)計分析，其中多元統(tǒng)計能捕捉到具有相互關聯(lián)的差異性變量有利于代謝調控網絡研究；單維的統(tǒng)計能獨立分析單個變量的統(tǒng)計學意義，在...
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二代測序數(shù)據(jù)組裝二代數(shù)據(jù)組裝 構建contig：將所有小片段打成K-mer構建de Bruijn圖，然后會根據(jù)給定的參數(shù)對de Bruijn圖做一些化簡，最后連接K-mer的路徑即可得到co...
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最大簡約法（Maximum Parsimony）選擇最優(yōu)樹——NP-complete問題 （以下內容都是基于Christopher P. Randle教授在研究組上交流時的課件整理而來。感謝Christopher。） 在介...
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進化樹構建方法的選取
比較幾種主要的構樹方法，一般情況下，若有合適的分子進化模型可供選擇，用最大似然法（ML）構樹獲得的結果較好；對于近緣物種序列，通常情況下使用最大簡約法(MP)；而對于遠緣物種...