今天給小朋友數(shù)據(jù)可視化工具時(shí)候，發(fā)現(xiàn)國(guó)內(nèi)很多人開發(fā)出來數(shù)據(jù)可視化平臺(tái)，可以滿足許多數(shù)據(jù)可視化需要。想著干脆整了一個(gè)目錄貼。簡(jiǎn)單記錄下來，幾個(gè)我不時(shí)會(huì)看到的，都是非常漂亮的工作...
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整理貼 | 生物信息學(xué)數(shù)據(jù)可視化平臺(tái)~國(guó)人作品 -
植物研究相關(guān)數(shù)據(jù)庫匯總
01綜合性數(shù)據(jù)庫 http://www.bioinfo.wsu.edu/ 作物基因組、遺傳和育種研究的分析計(jì)算工具和數(shù)據(jù)庫 https://www.agbiodata.o...
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Linux scp命令遠(yuǎn)程拷貝復(fù)制
Linux scp命令用于Linux之間復(fù)制文件和目錄。scp是 secure copy的縮寫, scp是linux系統(tǒng)下基于ssh登陸進(jìn)行安全的遠(yuǎn)程文件拷貝命令。語法 簡(jiǎn)易...
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99%的人都不會(huì)做的Excel截?cái)嘀鶢顖D文不如表，表不如圖。 Excel很大的一個(gè)優(yōu)勢(shì)是，能夠很方便地制作各種數(shù)據(jù)圖。但，有時(shí)我們制作的柱狀圖，會(huì)出現(xiàn)這樣的情況： 例：和馬云、王思聰對(duì)比年收入(本文數(shù)據(jù)純屬虛構(gòu),不...
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DNA拷貝數(shù)計(jì)算和文庫濃度換算人基因組長(zhǎng)度約為30億堿基對(duì)，即：3*109 bp； DNA每bp平均分子量為：660 g/mol； 長(zhǎng)度為L(zhǎng) bp的DNA分子的分子量M為：L*660 g/mol； -1....
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基因組- genome survey（1）尚未進(jìn)行基因組測(cè)序的物種，在進(jìn)行基因組測(cè)序前，首先需對(duì)該物種進(jìn)行 genome survey。一般通過兩個(gè)途徑：細(xì)胞遺傳學(xué)（這里只講流式細(xì)胞術(shù)）和基因組測(cè)序 1、基因組大小定...
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用MEGA軟件構(gòu)建NJ樹（Neighbor-Joining）MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis)— 分子演化遺傳分析 MEGA是一款操作簡(jiǎn)單的系統(tǒng)發(fā)育分析軟件。 NJ法構(gòu)建的樹...
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MEGA構(gòu)建進(jìn)化樹如何用MEGA-X構(gòu)建進(jìn)化樹_生物研究_實(shí)用技巧_科研星球 (51xxziyuan.com)[https://www.51xxziyuan.com/54/1152.html]...
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構(gòu)建發(fā)育樹 Bootstrap值
即自展值，可用來檢驗(yàn)所計(jì)算的進(jìn)化樹分支可信度。Bootstrap幾乎是構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹一個(gè)必須的選項(xiàng)。一般Bootstrap的值>70%，則認(rèn)為構(gòu)建的進(jìn)化樹較為可靠。如果Boo...
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使用wgd進(jìn)行全基因組復(fù)制分析這篇教程是我在2019年9月左右分析WGD時(shí)的筆記。目前來看，背景介紹和軟件使用說明都基本沒啥問題。但是現(xiàn)在更建議大家使用wgdi進(jìn)行比較基因組學(xué)中相關(guān)分析，教程見如何用WG...
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淺談全基因組復(fù)制
作者：May審稿：童蒙編輯：amethyst 01 什么是全基因組復(fù)制 多倍化（polyploidy）或全基因加倍/復(fù)制（whole genome duplication, ...
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BUSCO評(píng)估基因組組裝和完整性BUSCO是Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs（通用單拷貝同源基因基準(zhǔn)）的縮寫，基于基因進(jìn)化（有參比對(duì)）評(píng)估基因組組裝和...
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FigTree進(jìn)化樹批量修改ID教程來源https://www.omicsclass.com/article/675 FigTree可以基于系統(tǒng)進(jìn)化樹分析文件nwk進(jìn)行進(jìn)化樹顯示和美化，具體可以參考：htt...
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統(tǒng)計(jì)-R(相關(guān)系數(shù))與R^2(決定系數(shù))傻傻分不清讀文獻(xiàn)時(shí)，有時(shí)求相關(guān)系數(shù)，有時(shí)求擬合優(yōu)度，到底都是什么呢？ 先給結(jié)論，R與R^2沒有關(guān)系，就如同標(biāo)準(zhǔn)差與標(biāo)準(zhǔn)誤差沒有關(guān)系一樣。 1. 相關(guān)系數(shù)（R） 定義：變量之間線性相關(guān)的...
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mcmctree估算物種分歧時(shí)間推斷物種系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系以及分歧時(shí)間對(duì)探討物種起源與演化具有重要意義。通過最大似然法（ML）構(gòu)建物種進(jìn)化樹以及估算物種分化時(shí)間在比較基因組學(xué)的研究進(jìn)展中已經(jīng)成為了必不可少的“套路...
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代謝組差異代謝物分析簡(jiǎn)介差異代謝物分析 差異代謝物分析包括多元統(tǒng)計(jì)分析和單維統(tǒng)計(jì)分析，其中多元統(tǒng)計(jì)能捕捉到具有相互關(guān)聯(lián)的差異性變量有利于代謝調(diào)控網(wǎng)絡(luò)研究；單維的統(tǒng)計(jì)能獨(dú)立分析單個(gè)變量的統(tǒng)計(jì)學(xué)意義，在...
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二代測(cè)序數(shù)據(jù)組裝二代數(shù)據(jù)組裝 構(gòu)建contig：將所有小片段打成K-mer構(gòu)建de Bruijn圖，然后會(huì)根據(jù)給定的參數(shù)對(duì)de Bruijn圖做一些化簡(jiǎn)，最后連接K-mer的路徑即可得到co...
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最大簡(jiǎn)約法（Maximum Parsimony）選擇最優(yōu)樹——NP-complete問題 （以下內(nèi)容都是基于Christopher P. Randle教授在研究組上交流時(shí)的課件整理而來。感謝Christopher。） 在介...
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進(jìn)化樹構(gòu)建方法的選取
比較幾種主要的構(gòu)樹方法，一般情況下，若有合適的分子進(jìn)化模型可供選擇，用最大似然法（ML）構(gòu)樹獲得的結(jié)果較好；對(duì)于近緣物種序列，通常情況下使用最大簡(jiǎn)約法(MP)；而對(duì)于遠(yuǎn)緣物種...