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空間轉(zhuǎn)錄組分析工具——Stereopy
Stereopy 是一個基礎且全面的工具，用于基于空間轉(zhuǎn)錄組學數(shù)據(jù)（如 Stereo-seq，即空間增強分辨率組學測序數(shù)據(jù)）進行數(shù)據(jù)挖掘和可視化...
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“單細胞空間轉(zhuǎn)錄組”數(shù)據(jù)分析真的實現(xiàn)“單細胞”了嗎？如果你關注過近兩年的生命科學進展，一定聽過“空間轉(zhuǎn)錄組”這個熱詞。這項技術(shù)被譽為繼單細胞測序之后的又一革命性突破，被《Nature Method...
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將.h5ad轉(zhuǎn)換成Seurat可識別格式
很多時候從數(shù)據(jù)庫下載的處理過的各種單細胞數(shù)據(jù)格式都是.h5ad或者.h5。本篇內(nèi)容就先給一個處理.h5ad文件的腳本。 讀取文件，并查看文件包括...
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Stero_seq單細胞處理工具cellbin2使用
很久沒有這么大體量的搞過數(shù)據(jù)了。最近在整理cellbin，真的整的我心累。 一般情況下是直接創(chuàng)建conda 環(huán)境，然后寫一大堆模型和函數(shù)，你在這...
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安裝一個jupyter所有環(huán)境可以共用
在base環(huán)境下安裝 jupyter lab或者 notebook在創(chuàng)建的不同環(huán)境中使用ipykernel就可以了。 下面是一個例子：1、在ba...
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steropy安裝使用
安裝 安裝jupyter lab 即可然后詳細學習官網(wǎng)上的流程即可。
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在不同環(huán)境下使用trackpy
直接打開 moniconda 使用 conda install 安裝了trackpy package。 那么我就是安裝在了base環(huán)境下面。...
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pySCENIC安裝的BUG&deBUG過程
嗯，很有必要整理一下這個軟件遇到的很多問題。作為分析regulon的一個工具，SCENIC有兩張版本，一個是R版本，一個是python版本。R版...
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pySCENIC安裝問題
在Linux安裝 pySCENIC，conda安裝之后，顯示安裝成功了。但是pyscenic -h 的時候出錯了。errors out afte...