本教程中，我們將分析10x Genomics提供的人類外周血單核細(xì)胞（PBMC）單細(xì)胞ATAC測序數(shù)據(jù)集。本教程使用以下文件，均可在10x Genomics網(wǎng)站上獲取： 原始...
發(fā)簡信
IP屬地：廣東
-
scATAC-seq數(shù)據(jù)分析流程---以PBMC數(shù)據(jù)為例 -
scATAC-seq數(shù)據(jù)分析流程
在本教程中，我們將分析由10x Genomics 官網(wǎng)提供的人類外周血單核細(xì)胞（PBMCs）的單細(xì)胞ATAC-seq數(shù)據(jù)集。本指南中使用的以下文件均可通過10x Genomi...
-
空間轉(zhuǎn)錄組分析工具——Stereopy
Stereopy 是一個基礎(chǔ)且全面的工具，用于基于空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)（如 Stereo-seq，即空間增強(qiáng)分辨率組學(xué)測序數(shù)據(jù)）進(jìn)行數(shù)據(jù)挖掘和可視化。這里將不斷添加更多分析功能—...
-
“單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄組”數(shù)據(jù)分析真的實(shí)現(xiàn)“單細(xì)胞”了嗎？如果你關(guān)注過近兩年的生命科學(xué)進(jìn)展，一定聽過“空間轉(zhuǎn)錄組”這個熱詞。這項技術(shù)被譽(yù)為繼單細(xì)胞測序之后的又一革命性突破，被《Nature Methods》評為2020年年度技術(shù)。它...
-
將.h5ad轉(zhuǎn)換成Seurat可識別格式
很多時候從數(shù)據(jù)庫下載的處理過的各種單細(xì)胞數(shù)據(jù)格式都是.h5ad或者.h5。本篇內(nèi)容就先給一個處理.h5ad文件的腳本。 讀取文件，并查看文件包括的信息。從里面提取所需要的信息...
-
Stero_seq單細(xì)胞處理工具cellbin2使用
很久沒有這么大體量的搞過數(shù)據(jù)了。最近在整理cellbin，真的整的我心累。 一般情況下是直接創(chuàng)建conda 環(huán)境，然后寫一大堆模型和函數(shù)，你在這個環(huán)境里面使用就行。這個cel...
-
安裝一個jupyter所有環(huán)境可以共用
在base環(huán)境下安裝 jupyter lab或者 notebook在創(chuàng)建的不同環(huán)境中使用ipykernel就可以了。 下面是一個例子：1、在base環(huán)境中安裝jupyter ...
-
在不同環(huán)境下使用trackpy
直接打開 moniconda 使用 conda install 安裝了trackpy package。 那么我就是安裝在了base環(huán)境下面。 想要成功加載trackpy ...
-
pySCENIC安裝的BUG&deBUG過程
嗯，很有必要整理一下這個軟件遇到的很多問題。作為分析regulon的一個工具，SCENIC有兩張版本，一個是R版本，一個是python版本。R版本安裝簡單，但是計算速度非常。...
-
pySCENIC安裝問題
在Linux安裝 pySCENIC，conda安裝之后，顯示安裝成功了。但是pyscenic -h 的時候出錯了。errors out after fresh install...
-
免疫相關(guān)的各種概念
雖說是搞數(shù)據(jù)分析的，但是分析的數(shù)據(jù)五花八門，所以各種知識點(diǎn)都需要掌握。現(xiàn)在即將開啟新方向，那么閱讀相關(guān)文獻(xiàn)不懂的時候，就需要開始查閱并掌握相關(guān)知識點(diǎn)啦。 HLA是Human ...
-
@法瑞斯 我發(fā)你。
TCGA數(shù)據(jù)庫下載后文件合并與轉(zhuǎn)換
1、從TCGA上下載癌癥相關(guān)數(shù)據(jù)到rawdata，下載一般用TCGA_gdc-client。以原始的Seq-count為例。 2、加入cart之后下載manifest.jso...
-
單細(xì)胞數(shù)據(jù)整合方法大匯總單細(xì)胞數(shù)據(jù)大爆發(fā)增長很多時候會對多種樣本，不同平臺來源的細(xì)胞進(jìn)行整合分析，查看細(xì)胞之間，基因表達(dá)等等方面的具體差異。現(xiàn)階段單細(xì)胞數(shù)據(jù)整合的方法有很多種，常用的CCA, Har...
-
@zzxzzx9841 嗯嗯 直接count
cellranger count使用
1、如果你是直接拿到的R1/R2的fastq文件，那么就直接上cellranger count。氮素，如果你是I1/R1/R2的數(shù)據(jù)，那就麻煩還要跑個cellranger m...
-
@FOREST_9b89 我記得是一天多，如果崩了 那就是內(nèi)存不夠了。
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組差異表達(dá)分析——DEsingle
上一篇說道SCDE包進(jìn)行單細(xì)胞測序的差異表達(dá)分析。這一篇就來說說DEsingle這個包。1、安裝先上包的官網(wǎng)鏈接https://github.com/miaozhun/DEs...
-
統(tǒng)計學(xué)中的顯著性檢驗
搬運(yùn)保存：如何理解數(shù)據(jù)差異的顯著性檢驗 ？ - 知乎 (zhihu.com)[https://zhuanlan.zhihu.com/p/49467403] 數(shù)據(jù)差異的顯著性檢...
-
@FOREST_9b89 哈哈哈哈
sorry, 我也不太記得了，但是如果崩了就不要用這個方法了，直接findmarkers吧。
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組差異表達(dá)分析——DEsingle
上一篇說道SCDE包進(jìn)行單細(xì)胞測序的差異表達(dá)分析。這一篇就來說說DEsingle這個包。1、安裝先上包的官網(wǎng)鏈接https://github.com/miaozhun/DEs...
-
腫瘤突變負(fù)荷 tumor mutation burden（TMB）定義
之前就遇到過這個問題，不是很理解，終于找到了這個比較明白的解釋。來源：(1條消息) TMB簡介（腫瘤突變負(fù)荷 tumor mutation burden, 簡稱TMB）_高錦...