我們要實現(xiàn)下面這張圖，這是一張10X空間轉(zhuǎn)錄組分析得到的圖 這張圖可以展示基因的區(qū)域表達(dá)情況，也可以表示10X單細(xì)胞和10X空間轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合之后，每種細(xì)胞類型在各個區(qū)域的分布情...
IP屬地：甘肅
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10X空間轉(zhuǎn)錄組的畫圖操作（基礎(chǔ)知識） -
【10X空間轉(zhuǎn)錄組Visium】（四）R下游分析的探索性代碼示例舊號無故被封，小號再發(fā)一次 更多空間轉(zhuǎn)錄組文章： 1. 新版10X Visium 【10X空間轉(zhuǎn)錄組Visium】（一）Space Ranger 1.0.0(更新于20191...
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loom文件轉(zhuǎn)換成seurat對象GEOdatabase下載了一個.loom文件，想要用一下這個數(shù)據(jù)，折磨了一周，終于成功的將它轉(zhuǎn)換成了seurat對象，現(xiàn)記錄如下：數(shù)據(jù)為GSE162183，地址：https...
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）多組學(xué)（RNA + ATAC）推斷Velovyto（MultiVelo）hello，大家好，今天我們來分享多組學(xué)數(shù)據(jù)推斷RNA Velocyto，大家做velocyto的時候估計都是用RNA數(shù)據(jù)來分析的，其實，對應(yīng)的ATAC數(shù)據(jù)也含有豐富的動力學(xué)...
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借個樓。剛剛安裝成功，師弟說可以直接conda安裝，確實如此
conda install -c bioconda r-monocle3
進(jìn)入R
library(devtools)
devtools::install_github('cole-trapnell-lab/leidenbase')
devtools::install_github('cole-trapnell-lab/monocle3')monocle3 的安裝
monocle2在解決細(xì)胞軌跡排布結(jié)果可讀性上確實讓人歡喜，但monocle2有個致命的確定，就是分析的細(xì)胞數(shù)目有限，最近在分析一個65000多個細(xì)胞時的數(shù)據(jù)量時，在orde...
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）軌跡分析（擬時分析）之基因開關(guān)（GeneSwitches）hello，大家好，今天給大家分享的是，擬時序軌跡分析軟件中對軌跡關(guān)鍵驅(qū)動基因的下游分析，挖掘擬時序分化軌跡開關(guān)基因的分析，這個方面大家應(yīng)該都不陌生，文章在GeneSwitc...
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）做WGCNA分析的智慧hello，大家好，今天給大家分享一些10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）做WGCNA分析時的一些東西，個人認(rèn)為很重要，不過不得不承認(rèn)的是，10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）做WG...
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這個世界流行離開，但我們卻不擅長告別
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組WGCNA到底應(yīng)該怎么做？在做單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析的時候，獲得分群后我們希望知道每個群的marker基因是什么以此來描述細(xì)胞群的特征。其技術(shù)本質(zhì)就是利用某種規(guī)則獲得樣本（高変基因）或者每個亞群（差異基...
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多個切片的空間轉(zhuǎn)錄組基因表達(dá)圖（tsne降維圖/空間分布圖）修改顏色一、加載包 二、下載測試數(shù)據(jù) 三、合并多個切片，同時進(jìn)行基礎(chǔ)分析 四、繪制基因表達(dá)的tsne圖,也可以畫umap圖，看個人喜好 五、繪制基因空間分布圖
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【10X空間轉(zhuǎn)錄組Visium】（六）新版Seurat v3.2分析Visium空間轉(zhuǎn)錄組結(jié)果的代碼實操舊號無故被封，小號再發(fā)一次 更多空間轉(zhuǎn)錄組文章： 1. 新版10X Visium 【10X空間轉(zhuǎn)錄組Visium】（一）Space Ranger 1.0.0(更新于20191...
