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不同參考基因組之間坐標的轉(zhuǎn)換
litover只能提供一些熱門基因組的轉(zhuǎn)換，而西農(nóng)開發(fā)的RGD只有一小部分基因組，不過非常棒的是他們提供了maf文件，這是手動創(chuàng)建chain文件...
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SIFT構建本地數(shù)據(jù)庫與注釋0.寫在前面 SIFT本身內(nèi)置了許多常見物種的評分數(shù)據(jù)庫，在嘗試構建自己的庫之前，先在官網(wǎng)找找有沒有自己需要的。但是有些庫上次更新時間有點嚇人。...
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AGAT-Another Gtf/Gff Analysis Toolkit
0.寫在前面 研究這個軟件，主要是想利用它創(chuàng)建只有CDS區(qū)域的注釋文件以解決snpEff注釋軟件的局限性，希望能做到吧。其具體的，多樣的功能見：...
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Haploview軟件進行連鎖不平衡（LD）分析0.寫在前面 LD分析可以幫助識別基因組中的LD區(qū)塊，即一段連續(xù)的位點之間存在很強的LD的區(qū)域，這些區(qū)塊可能包含重要的功能元件或者遺傳變異。在l...
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使用ADZE計算allelic richness (Ar) 和 private allele richness (pAr)0.寫在前面 軟件官網(wǎng)：https://web.stanford.edu/group/rosenberglab/adze.html[https:...
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Popgene微衛(wèi)星使用筆記1. 輸入文件準備 1. 從GeneMaker閱讀匯總微衛(wèi)星的位點信息 2. 轉(zhuǎn)換為ABCD...基因型 按照固定的規(guī)則轉(zhuǎn)換基因型，各個位點的A...
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Fst兩種奇妙的用法
1.global Fst 篩選出來的Fst值較大的區(qū)域，意味著在這些群體間的分布不均勻，對于研究單個群體沒什么用這方法只能給出整個群體中受選擇的...
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ROH分析及熱點區(qū)域計算0寫在前面 腳本方面充斥著CHATGPT，復制粘貼。盡管每個步驟都實際運行過，但因為是一邊實驗一邊寫，難免存在錯誤各種排版，細節(jié)問題懶得細摳了這...
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ROH分析流程及各種參數(shù)的選取1前言 ROH參數(shù)的設置越看越復雜《How to study runs of homozygosity using PLINK? A guide...