介紹：使用PopLDdecay軟件生成群體的LD衰減圖。從大群體中提取subgroup的vcf作為PopLDdecay的輸入。 使用PopLDdecay中程序Plot_Mul...
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LDdecay使用介紹 -
組會論文 | Nat Genet：大規(guī)模多性狀全基因組關聯(lián)分析鑒定數(shù)百個青光眼風險位點《Large-scale multitrait genome-wide association analyses identify hundreds of glaucoma ...
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VCFtools的使用(參數(shù)說明)
寫在前面：當學習某一重要文件格式時，更需要對此格式對應軟件工具進行全面的學習（如sam/bam——samtools）。在多次花時間寫腳本處理文件之后發(fā)現(xiàn)，80%左右的任務其實...
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GATK4.1 call SNP
GATK4.0 和之前的版本相比還是有較大的不同，更加趨于流程化。 軟件安裝 下載GATK 目前最新版是4.1.9.0 全部的版本鏈接在：https://github.com...
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ggplot2學習筆記系列之利用ggplot2繪制誤差棒及顯著性標記YanTao 繪制帶有誤差棒的條形圖 繪制帶有顯著性標記的條形圖 繪制兩條形圖中間帶有星號的統(tǒng)計圖 為圖形添加標題 圖形標題有圖標題、坐標軸標題、圖例標題等 上次有人問坐標軸...
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不同參考基因組之間坐標的轉換
litover只能提供一些熱門基因組的轉換，而西農開發(fā)的RGD只有一小部分基因組，不過非常棒的是他們提供了maf文件，這是手動創(chuàng)建chain文件中最耗時間和資源的一步。本文主...
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基于Vcf文件進行基因單倍型分析單倍型，是單倍體[https://baike.baidu.com/item/%E5%8D%95%E5%80%8D%E4%BD%93/304058]基因型的簡稱，在遺傳學上是指...
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2021-05-23 ChIP-seq數(shù)據(jù)從頭到尾比對及分析匯總（個人分析記錄貼）0_1 前言 有時間再詳細寫introduction。先把我分析數(shù)據(jù)的流程記錄下來，后續(xù)持續(xù)更新。 0_2 用到的軟件或腳本 測序數(shù)據(jù)質控：fastp[https://git...
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多款軟件進行vcf合并-gatk、vcftools、bcftools
vcf文件儲存的是樣本的變異信息文件，在同一批次分析中，如果不是采用joint calling的方式進行分析，最終會獲得單個樣本的變異數(shù)據(jù)。這種文件很難對同組不同樣本進行差異...
