介紹:使用PopLDdecay軟件生成群體的LD衰減圖。從大群體中提取subgroup的vcf作為PopLDdecay的輸入。 使用PopLDdecay中程序Plot_Mul...
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《Large-scale multitrait genome-wide association analyses identify hundreds of glaucoma ...
寫在前面:當學習某一重要文件格式時,更需要對此格式對應軟件工具進行全面的學習(如sam/bam——samtools)。在多次花時間寫腳本處理文件之后發(fā)現(xiàn),80%左右的任務其實...
GATK4.0 和之前的版本相比還是有較大的不同,更加趨于流程化。 軟件安裝 下載GATK 目前最新版是4.1.9.0 全部的版本鏈接在:https://github.com...
YanTao 繪制帶有誤差棒的條形圖 繪制帶有顯著性標記的條形圖 繪制兩條形圖中間帶有星號的統(tǒng)計圖 為圖形添加標題 圖形標題有圖標題、坐標軸標題、圖例標題等 上次有人問坐標軸...
litover只能提供一些熱門基因組的轉換,而西農開發(fā)的RGD只有一小部分基因組,不過非常棒的是他們提供了maf文件,這是手動創(chuàng)建chain文件中最耗時間和資源的一步。本文主...
單倍型,是單倍體[https://baike.baidu.com/item/%E5%8D%95%E5%80%8D%E4%BD%93/304058]基因型的簡稱,在遺傳學上是指...
0_1 前言 有時間再詳細寫introduction。先把我分析數(shù)據(jù)的流程記錄下來,后續(xù)持續(xù)更新。 0_2 用到的軟件或腳本 測序數(shù)據(jù)質控:fastp[https://git...
vcf文件儲存的是樣本的變異信息文件,在同一批次分析中,如果不是采用joint calling的方式進行分析,最終會獲得單個樣本的變異數(shù)據(jù)。這種文件很難對同組不同樣本進行差異...