發(fā)簡信
IP屬地：江蘇
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step0 宏基因組分析從頭來
笑死了，我真的笑死了分析的時候發(fā)現(xiàn)怎么宏基因組數(shù)據(jù)這么小，怎么雙端300bp,怎么拼接后這么爛才發(fā)現(xiàn)用的16s數(shù)據(jù)，無語無語從新來正好檢查一遍，...
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step3 megahit組裝
困難重重的拼接，按照軟件教程，一直報錯 隨后咨詢了朋友，seqtk排除文件損壞，排除內(nèi)存不足，最后發(fā)現(xiàn)是環(huán)境不匹配。用下面代碼就成功了 隨后使用...
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step2 宿主基因組去除
1、軟件配置KneadData 2、宿主基因組下載 3、腳本跑
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step1 宏基因組分析：數(shù)據(jù)下載+質(zhì)量控制
step1：aspera下載 step2：質(zhì)量控制FastQC + Trimmomatic：經(jīng)典組合 拿一個數(shù)據(jù)為例 fastqc后會生成一個h...
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好久沒寫，寫個提取GTF信息的
以前寫過的方法在；X9信息列因為有些基因沒有基因名而錯位更新
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cj的院服務(wù)器數(shù)據(jù)下載及平臺搭建激活環(huán)境 conda activate cj 如何看有啥軟件已經(jīng)安裝 conda list aspera下載數(shù)據(jù) 記得聯(lián)網(wǎng)（悄悄地） 查找asc...
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R獲取KEGG/GO中某一通路所有基因1、通過KEGGREST包來探索KEGG數(shù)據(jù)庫的12大代謝通路 通過觀察KEGG官網(wǎng) ：https://www.genome.jp/kegg/p...
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根據(jù)轉(zhuǎn)錄組和KEGG代謝基因計算通路活性?。?！計算方法是以前初師兄根本文獻扒的，后續(xù)把文章doi附上?。?！KEGG基因list,利用R可以很快扒下來，我后面再更新，百度一下你就知道 準...
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count轉(zhuǎn)fpkm和tpm以下列數(shù)據(jù)為例子，需要count矩陣并包含基因長度、（沒有的話從gtf提取，前面我寫過教程） count矩陣讀入 count to TPM co...