笑死了，我真的笑死了分析的時(shí)候發(fā)現(xiàn)怎么宏基因組數(shù)據(jù)這么小，怎么雙端300bp,怎么拼接后這么爛才發(fā)現(xiàn)用的16s數(shù)據(jù)，無語無語從新來正好檢查一遍，不得不說AI真好用，寫腳本很專...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：陜西
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step0 宏基因組分析從頭來
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step3 megahit組裝
困難重重的拼接，按照軟件教程，一直報(bào)錯(cuò) 隨后咨詢了朋友，seqtk排除文件損壞，排除內(nèi)存不足，最后發(fā)現(xiàn)是環(huán)境不匹配。用下面代碼就成功了 隨后使用腳本 因?yàn)樯弦徊矫恳粋€(gè)樣本在一...
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step1 宏基因組分析：數(shù)據(jù)下載+質(zhì)量控制
step1：aspera下載 step2：質(zhì)量控制FastQC + Trimmomatic：經(jīng)典組合 拿一個(gè)數(shù)據(jù)為例 fastqc后會(huì)生成一個(gè)html網(wǎng)頁文件，和一個(gè)fast...
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cj的院服務(wù)器數(shù)據(jù)下載及平臺(tái)搭建激活環(huán)境 conda activate cj 如何看有啥軟件已經(jīng)安裝 conda list aspera下載數(shù)據(jù) 記得聯(lián)網(wǎng)（悄悄地） 查找ascp鑰匙o(hù)penssh在哪 .....
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@cf7de4c43d4d 結(jié)果不是輸出為一個(gè)列表了嗎
R獲取KEGG/GO中某一通路所有基因
1、通過KEGGREST包來探索KEGG數(shù)據(jù)庫的12大代謝通路 通過觀察KEGG官網(wǎng) ：https://www.genome.jp/kegg/pathway.html[htt...
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R獲取KEGG/GO中某一通路所有基因1、通過KEGGREST包來探索KEGG數(shù)據(jù)庫的12大代謝通路 通過觀察KEGG官網(wǎng) ：https://www.genome.jp/kegg/pathway.html[htt...
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根據(jù)轉(zhuǎn)錄組和KEGG代謝基因計(jì)算通路活性?。?！計(jì)算方法是以前初師兄根本文獻(xiàn)扒的，后續(xù)把文章doi附上?。?！KEGG基因list,利用R可以很快扒下來，我后面再更新，百度一下你就知道 準(zhǔn)備好轉(zhuǎn)錄組表達(dá)矩陣，KEGG基...
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count轉(zhuǎn)fpkm和tpm以下列數(shù)據(jù)為例子，需要count矩陣并包含基因長(zhǎng)度、（沒有的話從gtf提取，前面我寫過教程） count矩陣讀入 count to TPM count to FPKM FPK...
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轉(zhuǎn)錄組服務(wù)器配置以大設(shè)施anlei01環(huán)境為例 1、配置miniconda軟件 2、設(shè)置環(huán)境 建立一個(gè)RNA-seq分析環(huán)境，這樣是為了和其他環(huán)境區(qū)分開，以免本環(huán)境損壞造成其他環(huán)境也異常，也...
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越哥服務(wù)器上分析流程留存
把sortbam文件全部上傳到越哥服務(wù)器上給服務(wù)器上安裝了bedgraphtobw,直接用就行了傳文件使用的命令是 1、合并bam 2、bam轉(zhuǎn)bw 3、callpeak
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1.CUT&Tag 數(shù)據(jù)分析實(shí)戰(zhàn)（1）跟著官網(wǎng)[https://yezhengstat.github.io/CUTTag_tutorial/]學(xué)習(xí)CUT&Tag數(shù)據(jù)分析，參考：protocol[https://w...
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conda裝好軟件后庫文件缺失問題在學(xué)校服務(wù)器上conda安裝軟件后 提示安裝成功但是bowtie2報(bào)錯(cuò)缺失庫文件 由于我是非root用戶，權(quán)限受限在兩位老師@exps和@wandering大佬的指導(dǎo)下解決了...
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越哥cuttag分析代碼留存
1、trim_galore去接頭及低質(zhì)量reads 使用nohup掛后臺(tái)后可以用jobs -l查看 跑完以后在clean文件夾下，會(huì)有val_1和val_2生成，同時(shí)有一個(gè)r...
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@大王_bf6a 大家的服務(wù)器不一樣，缺什么東西的時(shí)候sudo沒辦法看，給我難受壞了
cellphoneDB嘔心瀝血下載安裝教程
我安裝了一天之后快哭了，然后去100塊買了個(gè)老師指導(dǎo)生信自學(xué)要么哭要么花錢，就是我這個(gè)垃圾1、安裝https://github.com/ventolab/CellphoneD...
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我的count的行名是轉(zhuǎn)錄本id就不行
CellPhoneDB的使用
CellPhoneDB主要分成method、plot、query和database4個(gè)模塊。 安裝成功CellPhoneDB后，要先下載CellphoneDB databas...
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